简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-21 12:00:17

本帖最后由欢乐多于 2020-6-21 12:13 编辑

sobereva 发表于 2020-6-21 02:38
没细节没法回复
如果你的目的是把一批单帧图像文件合并成gif，不如用ffmpeg

老师，感谢回复
具体细节是这样的:
按照您博文http://sobereva.com/15里的操作步骤，我将 r3.xyz 文件放进linux的vmd安装目录下，进入安装目录，输入以下命令
# vmd r3.xyz
# source /jty/vmd/makegif.tcl
# makegif z
得到的snap.*.rgb是空文件，所以convert出的.gif文件失败。
我使用的VMD1.9.3，用的远程SSH登录linux系统。是否因为VMD与您博文里的版本差别导致的问题，或者运行linux的vmd时命令有误。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 17:33:24

CayJ 发表于 2020-6-21 10:24
老师，我有两个问题：
（1）我的输入文件放在D:\ORCA中，在cmd中，输入D:\ORCA\orca H2CO.inp，还是出现 ...

当然得有空格，都是初中程度的计算机使用常识性知识
博文里每一个空格都要看清楚
如果不懂绝对路径、相对路径、DOS形式的文件路径怎么写，先去google了解这些基本常识

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 17:35:06

欢乐多发表于 2020-6-21 12:00
老师，感谢回复
具体细节是这样的:
按照您博文http://sobereva.com/15里的操作步骤，我将 r3.xyz 文件 ...

远程说不清楚，结合屏幕上的提示、脚本内容和google试图解决

单单 · 发表于 Post on 2020-6-23 20:45:20

Problem with the distance matrix. 高斯输出文件显示这样想知道是什么原因，谢谢

biogon · 发表于 Post on 2020-6-23 20:57:33

初猜结构有问题

kay · 发表于 Post on 2020-6-23 21:00:19

L202，Problem with the distance matrix.

Small interatomic distances encountered: 6 1 7 2 8 3 9 4 10 5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l202.exe at Wed Jan 16 20:33:11 2019.
复制代码
成因：有至少两个原子间距离太近，很有可能距离是0。例如上述的报错中的一串数字写明了是：6号原子和1号原子之间太近，7号和2号太近，8号和3号太近，etc
解决：找到相应原子调整分子结构，或者删去多余的原子。一种出现这种情况的原因是在GaussView中复制粘贴了一遍自己的结构而不自知，所以在GaussView里看着特别正常，但打开原子列表就可以发现问题了。http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

thanhtam · 发表于 Post on 2020-6-23 21:00:41

估计是初猜不合理

一条君 · 发表于 Post on 2020-6-23 23:59:43

本帖最后由一条君于 2020-6-24 00:05 编辑

请问chem3d直接导出gjf文件后，1>元素旁一列0代表什么, 2>会影响gaussain的计算结果吗,谢谢。如图C:\Users\Administrator\Desktop\chem3d gjf

snljty · 发表于 Post on 2020-6-24 00:22:48

本帖最后由 snljty 于 2020-6-24 18:13 编辑

一条君发表于 2020-6-23 23:59
请问chem3d直接导出gjf文件后，1>元素旁一列0代表什么, 2>会影响gaussain的计算结果吗,谢谢。如图

记错了，笛卡尔坐标的标记...。容易被别的程序误读，建议Chem3D保存后用GaussView打开，另存为覆盖原文件，然后再用，就没有这个问题了。

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-6-24 09:17:56

检查自己的分子结构，是否有原子挨得太近（或者重叠）。
此外，你发帖发错版块了，应该发在量化板块下

单单 · 发表于 Post on 2020-6-24 15:18:17

冰释之川发表于 2020-6-24 09:17
检查自己的分子结构，是否有原子挨得太近（或者重叠）。
此外，你发帖发错版块了，应该发在量化板块下

好的谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-24 16:10:58

一条君发表于 2020-6-23 23:59
请问chem3d直接导出gjf文件后，1>元素旁一列0代表什么, 2>会影响gaussain的计算结果吗,谢谢。如图

不用管
这是明确体现用的是笛卡尔坐标，不写也完全没关系

linhai093 · 发表于 Post on 2020-6-24 18:09:20

本帖最后由 linhai093 于 2020-6-25 11:38 编辑

卢老师，您好，请教您个问题。1.像exploring和user manual这些需要初学者看么？2 我看您对exploring3的批判，书为什么会越写越后退？3 G16和G09在实际工作中，哪个表现会更好些？
非常感谢您的解答

wrtgcn · 发表于 Post on 2020-6-25 01:31:45

Sob老师，关于找过渡态时固定原子与放开，我有几个问题想请教您一下：

反应体系是催化剂表面一个气体小分子吸附并分解的过程。由于多次尝试不同初猜进行TS计算后，发现结构总是向预期不符的方向变化，并因此频繁碰到SCF不收敛的情况。于是我将除了气体分子外的所有原子固定再计算，然后很快就得到了预期的TS结构，freq计算的结果显示4个收敛限都达到了YES，虚频仅一个，且大小合理，方向正确；但当我以该结果为初猜，放开所有原子重跑TS计算时，还是碰到了结构变化不合理并SCF不收敛的情况。我想请教您：

1. 我已尝试读取收敛的波函数，再放开所有原子计算过渡态，但还是失败了。这种情况下，既然固定原子的结果本身收敛的很好，能否直接用该结果作为最终的结果使用？
2. 如果固定原子的计算结果缺乏说服力，对于这种情况，您还有推荐的解决方法吗？
3. 在固定原子的情况下，我对过渡态结果进行了IRC计算，走出了合理的能量曲线。请问对于IRC计算，是否总是有必要放开所有原子进行？

可能我表达的有些啰嗦，但是确实思考了很久也没能想通。希望Sob老师能指点一二，谢谢您！

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-6-25 19:33:31

请问老师，最近用高斯16计算，命令行只写了#p opt freq b3lyp/6-311G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ，没有什么特别，发现出现了一个fort.7文件，之前平时计算没发现有这个文件啊，请问老师这个文件是做什么的？怎么时而出现时而不出现？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

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