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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-6-29 12:09:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 李文桃 于 2020-6-29 12:10 编辑
sobereva 发表于 2020-6-28 23:52
要贴就贴输出文件里的报错提示,贴shell里的出错信息毫无意义
8成是几何优化不收敛,或者优化中途原子间 ...

G:1
G:2
老师,我这个计算一开始就报错,我把log文件的输出导成图片了,麻烦您看一下;我这里用的结构是S0的优化结构坐标。

2.png (25.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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发表于 Post on 2020-6-29 14:06:13 | 只看该作者 Only view this author
李文桃 发表于 2020-6-29 12:09
老师,我这个计算一开始就报错,我把log文件的输出导成图片了,麻烦您看一下;我这里用的结构是S0的 ...

你的输入文件路径存在奇怪字符(括号、空格)。换个正常的路径。

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发表于 Post on 2020-6-29 15:39:00 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-6-29 14:06
你的输入文件路径存在奇怪字符(括号、空格)。换个正常的路径。

不太明白您说的,我检查了一下,并未出现所谓的奇怪字符?

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发表于 Post on 2020-6-29 15:59:15 | 只看该作者 Only view this author
李文桃 发表于 2020-6-29 15:39
不太明白您说的,我检查了一下,并未出现所谓的奇怪字符?

小括号就属于奇怪字符。计算机小常识,为了避免各种懒得考虑那么多的软件的bug,所有文件夹名文件名都应该只用数字大小写英文字母以及下划线。不宜带空格和其他的。

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发表于 Post on 2020-6-29 16:19:46 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-6-29 15:59
小括号就属于奇怪字符。计算机小常识,为了避免各种懒得考虑那么多的软件的bug,所有文件夹名文件名都应 ...

谢谢,已解决。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-29 20:53:40 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-6-29 09:28
老师,我算了个体与组成片段的密度差分图,发现下图中虚线的数量明显要多于实线的数量,请问为什么会出现这 ...

此类波函数分析相关的问题应当在本帖1L提到的波函数分析专门答疑专贴里问

我不知道你具体怎么绘制的,没法具体回复。你最好看看密度差的等值面图,这样更能把握全空间的分布特征,而不会因为只考察一个平面而产生错误的认识。
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发表于 Post on 2020-6-30 03:08:30 | 只看该作者 Only view this author
请问老师用xtb提交任务时用命令xtb *.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess tight屏幕会显示计算过程,想让它后台执行,加了个&不管用,请问老师如何操作让它后台执行?谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-6-30 12:03:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanz 于 2020-6-30 12:16 编辑

       老师好!请问在计算反应能级势垒的时候,计算单点能的级别是完全一致的,
1.  搜索优化过渡态的泛函和机组必须要和优化反应物产物的级别完全一致?
2.  不同反应路径作比较时优化的计算机别也应该完全一致?不同优化级别会产生不同构象,频率计算中自由能校正值也不一样,对于讨论反应能级影响很大吧?  3.  不同的Hessian矩阵,有1个过渡态一直不好找,所以用了calcall关键词,别的过渡态搜索用的都是calcfc,在讨论反应能级时是否会造成误差?
       菜鸟一枚,自己不太肯定,先谢谢老师了!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-30 21:50:55 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-6-30 12:03
老师好!请问在计算反应能级势垒的时候,计算单点能的级别是完全一致的,
1.  搜索优化过渡态的泛 ...

1 是
2 是
3 不会

注意看此文
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
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发表于 Post on 2020-6-30 23:15:05 | 只看该作者 Only view this author

     感谢sob老师!对我帮助太大了!

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发表于 Post on 2020-7-1 10:01:41 | 只看该作者 Only view this author

求助计算二面角时分子成直线解决方法

新人求助:计算如图(分子中一部分)的原子,苯环和炔基相连,想要计算如图标出的二面角证明分子的平面性,但由于炔基本身存在直线型,无法计算,请问有没有解决方法?
错误提示为: User requested dihedral      2      1     73     72 involves a near-linear angle.
Error in added dihedral.

QQ图片20200701095459.png (13.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

QQ图片20200701095459.png

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发表于 Post on 2020-7-1 10:18:02 | 只看该作者 Only view this author
没看懂,你是想仅算一个二面角的数值,还是要对这个分子进行DFT计算?
前者的话,已经证明是平面了,无需算。
后者的话,你可以用opt=Cartesian解决;当然还有其他稍微麻烦一点的解决方案。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-1 10:40:07 | 只看该作者 Only view this author
renxka 发表于 2020-7-1 10:01
新人求助:计算如图(分子中一部分)的原子,苯环和炔基相连,想要计算如图标出的二面角证明分子的平面性, ...

算单点不受影响
此问题只影响优化,opt加个cartesian就完了
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发表于 Post on 2020-7-1 12:49:57 | 只看该作者 Only view this author
新手求助;Gview需要安装linux版本么?还是说用Win版的导出输入文件转化后到Linux里面计算,之前用的都是Win版的,没接触过Linux,现在想安装Linux的高斯计算小分子,所以有些疑问
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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发表于 Post on 2020-7-1 13:05:10 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2020-7-1 12:49
新手求助;Gview需要安装linux版本么?还是说用Win版的导出输入文件转化后到Linux里面计算,之前用的都是Wi ...

不是必要的。gjf,log,fchk等文件是通用的。

当然,linux有图形界面的话,装个gview会方便一点,省得传文件。

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