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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-10 09:01:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-10 05:12
我想不起来了,你可以看看Levy的约束性搜索的原文,应该有更多解释

嗯嗯,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-7-10 09:08:29 | 只看该作者 Only view this author
老师,在libxc库计算GGA的时候,为什么输出的结果是关于sigma的微分,(sigma(1)=(\delta \rho_(\alpha))^2,sigma(2)=\delta \rho_(\alpha)*\delta \rho_(\beta)...),是因为能量泛函对密度一阶梯度的依赖实际上是通过对sigma的依赖实现的吗?

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发表于 Post on 2020-7-10 14:38:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 03:49
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302(http://bbs.keinsci.com/thread-1623-1-1.html)

谢谢sob老师,这个东西真的很好用,给大家提供福利了

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发表于 Post on 2020-7-10 15:33:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-10 05:13
本身氢就可以直接和金属成键
可能是初始结构不合理,或者体系实际上本身就倾向于形成这个结构

谢谢sob老师,因为研究的是水环境下短肽与过渡金属离子的螯合,所以短肽跑xtb动力学模拟时的初始结构是类似下图左边的双电性结构。跑到金属离子上的H是氨基基团上的。我是应该用短肽的中性结构作为初始结构吗?


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发表于 Post on 2020-7-10 19:52:40 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在尝试按照您http://sobereva.com/314这个帖子用G09对苯丙氨酸进行荧光光谱的计算。用了四种泛函计算得到的第一激发态波长数据与实验值相差很多,且振子强度很低。同样的计算另外两种氨基酸的荧光光谱,结果第一激发态的波长同样与实验值相差很多,且振子强度很小。第二个激发态与实验数据较为吻合。
       在之前用ORCA以相同的过程计算他们的荧光光谱,第一激发态结果与实验数据就比较吻合。想请问老师,高斯出现这种结果的原因。

1594381636(1).png (6.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

输入文件

输入文件

1594381691(1).png (49.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

高斯最后的输出

高斯最后的输出

1594381599(1).png (8.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

Multiwfn显示的

Multiwfn显示的

1594381728(1).png (8.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

ORCA同样级别的结果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-11 12:28:05 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-10 09:08
老师,在libxc库计算GGA的时候,为什么输出的结果是关于sigma的微分,(sigma(1)=(\delta \rho_(\alpha))^2 ...

这里有详述
DFT交换相关泛函库的使用方法
http://sobereva.com/211
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-11 12:29:54 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-7-10 19:52
老师您好,我在尝试按照您http://sobereva.com/314这个帖子用G09对苯丙氨酸进行荧光光谱的计算。用了四种泛 ...

本来纯泛函就特别不适合算激发态

而且没具体关键词没法说Gaussian和ORCA的差异。ORCA默认用TDA,光是这点就相差很多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-11 12:31:01 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-7-10 15:33
谢谢sob老师,因为研究的是水环境下短肽与过渡金属离子的螯合,所以短肽跑xtb动力学模拟时的初始结构是类 ...

真空中左边的结构会自发变化到右边的结构。注意考虑溶剂模型
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发表于 Post on 2020-7-11 17:28:43 | 只看该作者 Only view this author
如果想要考察分子内的 electrostatic interaction, 应该怎么做比较合适?(因为分子内有两个官能团靠得比较近,除了用RDG看弱相互作用,也想了解一下静电有没有参与,哪个比较主导)

1.        我应该先把原子的电荷都算出来吗?如果是,什么方式比较合适?NPA 还是 CHelpG?后者好像对于静电势能图描述比较好,但是听说藏在分子里埋藏的部分会描述不好。
2.        NPA对基组不太敏感,是否小基组就足够?6-31G* 合理吗?还要更大吗?(120多个原子的体系)
3.        毕竟每一个原子都有电荷,有时候也不容易判断哪一组原子间的静电力比较重要。除了把电荷都算出来之外,还有更适合的方法去考察这种问题吗?静电势能图适合吗?

謝謝!

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发表于 Post on 2020-7-11 22:19:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问RI-JK和RIJCOSX的结果在一系列中有可比性吗?
因为Te没有aug-cc-pVQZ-pp/JK的定义 但是我系列中只有一个路径中有Te
比如其他用!RI-DSD-PBEB95 D3BJ RI-JK aug-cc-pVQZ aug-cc-pVQZ/JK aug-cc-pVQZ/C TightSCF noautostart miniprint nopop
然后有一条有Te的比较项用 !RI-DSD-PBEB95 D3BJ RIJCOSX grid5 gridx5 aug-cc-pVQZ-pp aug-cc-pVQZ-pp/C TightSCF noautostart miniprint nopop

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-12 09:08:27 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-7-11 22:19
sob老师,请问RI-JK和RIJCOSX的结果在一系列中有可比性吗?
因为Te没有aug-cc-pVQZ-pp/JK的定义 但是我系 ...

从误差角度可以接受,但审稿人可能bb

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-12 09:17:23 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-7-11 17:28
如果想要考察分子内的 electrostatic interaction, 应该怎么做比较合适?(因为分子内有两个官能团靠得比较 ...

没有你的体系的具体结构我不好确切回答

如果你只需要研究两个官能团整体的静电作用,被包埋部分原子电荷计算不准对于当前问题不是什么大问题,毕竟关键是是能否表现好官能团对周围的静电作用,研究对象不是原子。如果研究对象是原子,得看具体结构才能说。

NPA是绝对不能用的,对静电作用表现太烂。用Multiwfn算ADCH或CM5都比NPA对这种目的强得多。详见《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)里面对静电势重现性的测试。

某些情况下静电势图可以(不叫”静电势能“图)
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发表于 Post on 2020-7-12 11:02:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-11 12:29
本来纯泛函就特别不适合算激发态

而且没具体关键词没法说Gaussian和ORCA的差异。ORCA默认用TDA,光是 ...

感谢老师的回复,我也用了B3LYP和PBE0来计算他的激发态,第一激发态没有纯泛函的波长差别这么远,但也是与实验值相差了很大的波长,同样的振子强度也很低。
      再请问一下老师,高斯的这种计算过程没有问题的话,我要绘制荧光光谱,是否能把第一个振子强度很低,波长差距较大的激发态忽略掉,选择第二个激发态来绘制荧光光谱。或者高斯是否有关键词可以解决这种问题。
      另附上ORCA计算激发态的关键词,请老师看下是否TDA是主要原因,是的话我再仔细研究下TDA。

1594522728(1).jpg (9.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

B3LYP关键词

B3LYP关键词

1594522775(1).png (10 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

B3LYP输出结果

B3LYP输出结果

1594522849(1).png (13.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

ORCA的关键词

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发表于 Post on 2020-7-12 23:28:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好!我是一名高中化学老师,开了一门计算化学选修课,原本的学习内容主要是通过Gaussian、GaussView和Multiwfn实现的,但是现在中美打科技战,在高中阶段还是想更多实现国产软件的使用,哪怕使用起来不似gaussian功能那么强大,也想让学生知道我国科学家在这方面的努力。

我想知道国产有没有可以替代Gaussian的软件,不需要全部功能替代,我执行的计算特别简单,基本就是求能量,几何优化,偶极矩,最多加个过渡态寻找,只要能执行以上计算就行。学校很难报销购买费用,我只能自费购买版权,目前了解到的PWmat,但是如果是软硬件一起买的话,对我一个小小的高中老师经济压力太大了,想问下有没有其他更高性价比的选择。谢谢您~

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发表于 Post on 2020-7-13 00:02:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2020-7-13 00:40 编辑

请问老师关于用PBEPBE/Def2SVP计算过渡金属配合物自旋态的问题,读过老师的帖子“谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态”,我的做法是:对于未知过渡金属配合物,我的计算流程为:先做单重态几何优化+频率,之后在此结构上做单点+stable关键词,如果显示“The wavefunction has an RHF -> UHF instability.”就表明单重态不是基态,需要再计算自选极化单重态和三重态。如果显示“The wavefunction is stable under the perturbations considered.”则表明单重态是基态,不需要再计算自选极化单重态和三重态。
(1)请问老师这样做对吗?(2)如果波函数不稳定,这时该用stable=opt继续做,还是改成三重态或自旋极化单重态做?

(3)做stable时可以和scf=xqc一起使用吗?
(4)stable可以在opt+freq中一起使用吗,还是必须在单点任务中使用stable?
谢谢老师!!

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