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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-8 11:11:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanz 于 2020-7-8 11:12 编辑

       老师好!请问搜索过渡态的时候气相条件下可以找到,我用气相下的过渡态结构在隐式溶剂模型下#p opt=(calcall,noeigen,ts,maxstep=10) m062x/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=methanol) empiricaldispersion=gd3 int=ultrafine就会错过过渡态,比如气相下反应两原子距离是1.6埃,溶剂模型中就会变成2.1埃,是一步夺质子的反应,也可以收敛,但不是要找的过渡态,产物已知,反应是真实存在的。我需要再设置maxstep=5或者2吗?还是再尝试gdiis呢?
       本来应该自己去试,但是三十几个原子只能用笔记本算,还请老师见谅!

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发表于 Post on 2020-7-8 14:14:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 03:51
1 可以

2 E(整体) - E(金属离子) - E(短肽)

谢谢sob老师的回复,金属离子和短肽的能量该怎么算呢?

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发表于 Post on 2020-7-8 22:49:50 | 只看该作者 Only view this author
有个基本的gromacs问题想问,对有机分子a的系统进行溶剂化的时候用的a的.top文件。向体系中加了一个多肽b后,再对这个组合体系进行溶剂化时应该用的a的.top文件还是对a+b体系从新生成一个.top文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-9 06:41:13 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-7-8 14:14
谢谢sob老师的回复,金属离子和短肽的能量该怎么算呢?

照常算呗
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-9 06:41:37 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-8 22:49
有个基本的gromacs问题想问,对有机分子a的系统进行溶剂化的时候用的a的.top文件。向体系中加了一个多肽b后 ...

这不属于量化问题,应当到分子模拟板块提问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-9 06:44:02 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-7-8 11:11
老师好!请问搜索过渡态的时候气相条件下可以找到,我用气相下的过渡态结构在隐式溶剂模型下#p opt= ...

本来对于某些反应,溶剂下的势能面和气相下就相差非常大。如果实际反应就是在溶剂下发生的,即便气相找到了过渡态也什么都说明不了
用gdiis没用,改maxstep也没什么用
如果你觉得理应存在的过渡态就是找不到,考虑借用柔性扫描等方式帮助判断过渡态初猜以及过渡态的存在性,也可能你预想的机理本来就不对
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发表于 Post on 2020-7-9 09:40:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-9 06:44
本来对于某些反应,溶剂下的势能面和气相下就相差非常大。如果实际反应就是在溶剂下发生的,即便气相找到 ...

       好的!sob老师,我再仔细考虑下!谢谢sob老师啊!

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发表于 Post on 2020-7-9 11:35:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxu若白 于 2020-7-9 12:22 编辑

谢谢sob老师,还有一个问题,我对筛选出来的第一个能量最低结构进行Gaussian几何优化和频率分析,得到下图的结构,没有虚频,而且正常结束。但是有个氢原子跑到金属上去了,这是什么原因?



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发表于 Post on 2020-7-9 13:22:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2020-7-9 23:51 编辑

社长您好

我的体系是酶水解一个有三个水解位点的底物 酶对底物中的一个水解位点有着非常强的偏好性 我去算了一下底物分子的Hirshfeld电荷 发现三个水解位点只有0.01的差别 我又用簇模型去做了一下对三个水解位点的自由能能垒 折腾了一个半月发现实验中最偏好的位点竟然能垒最高 现在心态好崩溃- -

1. 请教一下社长 除了这两种方法 还有什么其他的角度可以解释酶对底物的位点偏好性 谢谢

2. 还想请教一下社长 0.01Hirshfeld电荷的差距 可以说明两个位点之间亲和反应强弱的区别吗? 我的计算级别是在Multifwn产生N N+1 N-1时默认的B3LYP(D3)/6-31G*


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发表于 Post on 2020-7-9 18:25:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jslo 于 2020-7-9 18:44 编辑

老师,在DFT的约束搜索中,如果遇到基态简并的情况,那两个基态波函数给出的F[ρ]应是一样的,但是parr,yang的《Density-Functional Theories of Atoms and Molecules》里面说到:               “对于约束搜索,在这些简并的波函数中,仅有一个波函数被选取,该波函数与基态密度相联系。”
那这是如何选取出来的?为什么要舍弃其他简并的基态波函数,他们不也是在描述这个体系的基态吗?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-7-9 19:44:12 | 只看该作者 Only view this author
想要一个高斯的脚本

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 05:10:02 | 只看该作者 Only view this author
单单 发表于 2020-7-9 19:44
想要一个高斯的脚本

谁猜得到你具体想要什么脚本
你这种提问方式没有丝毫意义
仔细把此文看了再发帖
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 05:12:08 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-9 18:25
老师,在DFT的约束搜索中,如果遇到基态简并的情况,那两个基态波函数给出的F[ρ]应是一样的,但是parr,yan ...

我想不起来了,你可以看看Levy的约束性搜索的原文,应该有更多解释
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xxu若白 发表于 2020-7-9 11:35
谢谢sob老师,还有一个问题,我对筛选出来的第一个能量最低结构进行Gaussian几何优化和频率分析,得到下 ...

本身氢就可以直接和金属成键
可能是初始结构不合理,或者体系实际上本身就倾向于形成这个结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 05:49:37 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-7-9 13:22
社长您好

我的体系是酶水解一个有三个水解位点的底物 酶对底物中的一个水解位点有着非常强的偏好性 我 ...

这种程度的原子电荷差异说明不了什么
自由能垒是最直接的衡量标准,考虑计算方式、模型是否还有改进的可能,以及在于实验现象的可比性方面是否有什么疏漏。
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