简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-6 11:47:49

Zhangpc 发表于 2020-7-5 22:37
看到一文献中用gaussian做计算，关键词写了scrf=(SMD,IEFPCM)，我不懂为什么同时用两种隐式溶剂模型[/backc ...

这文献作者根本没基本常识。SMD的极性部分本来就是用的IEFPCM。这种本来就是错误的文章绝对不要效仿。

Yan_njit · 发表于 Post on 2020-7-7 07:56:41

GoldenBaby 发表于 2020-7-6 10:02
http://sobereva.com/214链接给你了

好的，非常感谢老师

Yan_njit · 发表于 Post on 2020-7-7 07:57:38

GoldenBaby 发表于 2020-7-6 10:05
还有问一句，你Co没用赝势吗？以及有没有出现震荡，如果有请参考这篇http://sobereva.com/164

优化过程没有出现震荡，现在已优化完成，感谢老师的帮助

Yan_njit · 发表于 Post on 2020-7-7 07:58:27

thanhtam 发表于 2020-7-6 10:20
要注意监控收敛趋势，看看算了多少圈、是否接近收敛标准了、是否震荡。否则算两个月也算不完。

好的，老师，感谢老师指点，以后会注意

Yan_njit · 发表于 Post on 2020-7-7 07:59:58

sobereva 发表于 2020-7-6 11:46
优化大体系显然应当先想着监控优化过程，这是做计算的人最最最基本的常识，倘若震荡再怎么算下去也是白费 ...

非常感谢sob老师的指导，会把这个常识贯彻到以后的计算工作当中

aaq2800 · 发表于 Post on 2020-7-7 10:48:46

本帖最后由 aaq2800 于 2020-7-7 10:50 编辑

对Gauss不熟，偶尔用算单点能什么，也都请别人算。这次用ccsd(T)算单点能，遇到L801错误，请高手们看看输入文件错的哪里？多谢了
输入文件如下：
%chk=7d.chk
%mem=50Gb
%nproc=24
# ccsd(T)(maxcyc=200)/gen scf=(maxcyc=600,xqc,conver=6) sp

7d

-2 1
B          5.611418          1.933797          0.376608
B          3.900319          2.459868          0.195193
B          5.115092          -0.901211          0.159315
B          0.080223          -0.088489          -0.059474
B          3.965872          4.280743          0.234774
B          1.190410          -2.699910          -0.346188
B          1.126931          4.420126          0.350967
B          0.611581          2.923667          0.190534
B          5.300782          3.464329          0.213984
B          2.396574          3.317006          0.299670
B          5.950261          0.390480          0.566658
B          1.621448          -1.078498          -0.085864
B          0.031006          1.476387          0.031544
Rh          2.204324          1.085763          0.114876
B          4.351614          0.710288          0.045432
B          0.051553          -1.672935          -0.201573
B          3.330649          -0.775687          -0.069755
B          4.300976          -2.188238          -0.225817
B          2.548675          5.007577          0.351019
B          2.771094          -2.488217          -0.343222

0 0

B
6-311g(d)
****
Rh
def2TZVP
****

最后的输出文件如下：
SCF Done:  E(RHF) =  -1867.41970587    A.U. after 32 cycles
         NFock= 32  Conv=0.71D-06    -V/T= 3.5362
QCSCF skips out because SCF is already converged.
ExpMin= 3.70D-02 ExpMax= 2.86D+03 ExpMxC= 4.28D+02 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV=-2 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 12500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Largest valence mixing into a core orbital is  7.76D-01
Largest core mixing into a valence orbital is  1.84D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l801.exe at Mon Jul  6 15:34:01 2020.
Job cpu time:    0 days  0 hours  8 minutes 22.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    54 Int=    0 D2E=    0 Chk=    3 Scr=    1

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-7 11:02:25

aaq2800 发表于 2020-7-7 10:48
对Gauss不熟，偶尔用算单点能什么，也都请别人算。这次用ccsd(T)算单点能，遇到L801错误，请高手们看看输入 ...

论坛首页google框搜Excessive mixing of frozen core and valence orbitals
遇到问题别急着发帖问，先拿首页google框搜索，所有Gaussian一般能碰到的报错论坛里早就回答过无数次了

你的关键词全是错误。

你这么写Rh都没有定义赝势，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

scf=几百是极为荒唐的，仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

当前都CCSD(T)了，居然还conver=6这么糙，完全无法接受

SP关键词完全多余
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

0 0完全莫名其妙

不懂的关键词都不要写

你这种大小的体系CCSD(T)根本算不动，连试都不用试

aaq2800 · 发表于 Post on 2020-7-7 11:15:30

sobereva 发表于 2020-7-7 11:02
论坛首页google框搜Excessive mixing of frozen core and valence orbitals
遇到问题别急着发帖问，先拿 ...

谢谢sobereva老师，因为不懂，是搜索的现在输入文件，只是把自己的结构文件复制上去的

xxu若白 · 发表于 Post on 2020-7-7 16:38:22

sob老师您好，有两个关于短肽与金属离子（比如Fe2+）螯合形成配合物的问题请教一下您。我的计算过程是参考您的文章《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》。
（1）我是用GaussView将金属离子加到短肽中，金属离子位置是随意选的，但尽量靠近能形成配位键的位置。这样做可不可以？如果不可以，又该怎么做？
（2）然后通过Molclus筛选得到了能量相差5kcal/mol以内的四个结构，现在正在使用Gaussian和ORCA计算。假设能得到能量最低的构象，又该如何计算金属离子与短肽的配位结合能？

小磊磊爱无机 · 发表于 Post on 2020-7-7 16:52:21

请教各位专家一个问题，在分子中有两个苯环（不相连），结构已经优化好，有没有什么软件可以测出两个环所成的二面角，望各位专家老师给予帮助

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-7 19:48:46

小磊磊爱无机发表于 2020-7-7 16:52
请教各位专家一个问题，在分子中有两个苯环（不相连），结构已经优化好，有没有什么软件可以测出两个环所成 ...

GaussView就可以

小磊磊爱无机 · 发表于 Post on 2020-7-7 21:26:52

hebrewsnabla 发表于 2020-7-7 19:48
GaussView就可以

您好，我知道GV可以选择4个原子看二面角，但是如果两个苯环分别连在两个不同的碳原子呢，它们不直接相连，怎么操作看这两个平面的夹角？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-7 21:35:00

小磊磊爱无机发表于 2020-7-7 21:26
您好，我知道GV可以选择4个原子看二面角，但是如果两个苯环分别连在两个不同的碳原子呢，它们不直接相连 ...

那还是提取坐标自己写程序算一下吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 03:49:56

小磊磊爱无机发表于 2020-7-7 21:26
您好，我知道GV可以选择4个原子看二面角，但是如果两个苯环分别连在两个不同的碳原子呢，它们不直接相连 ...

计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302（http://bbs.keinsci.com/thread-1623-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 03:51:26

xxu若白发表于 2020-7-7 16:38
sob老师您好，有两个关于短肽与金属离子（比如Fe2+）螯合形成配合物的问题请教一下您。我的计算过程是参考 ...

1 可以

2 E(整体) - E(金属离子) - E(短肽)

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求教L801的错误

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