计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11296#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 10:11:19 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-7-12 11:02
感谢老师的回复,我也用了B3LYP和PBE0来计算他的激发态,第一激发态没有纯泛函的波长差别这么远,但也是 ...

和实验对比有很多因素都可能导致显著差异
诸如溶剂效应、复合物的形成等等。你用S2就相当于假定违背Kasha规则,然而想严格证明一个体系是反kasha规则的不是容易事

TDA下激发态振子强度根本不准,此文明确说了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265http://bbs.keinsci.com/thread-415-1-1.html

用BP86计算有机体系激发态完全是不可接受的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11297#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 10:15:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-13 00:02
请问老师关于用PBEPBE/Def2SVP计算过渡金属配合物自旋态的问题,读过老师的帖子“谈谈片段组合波函数与自旋 ...

描述的时候一定要说清楚“闭壳层单重态”还是“自旋极化单重态”。自旋极化单重态本来就是单重态

闭壳层单重态不稳定时亦有可能是4、5、6重态等情况,根据实际情况判断

本来如果自旋极化单重态是基态的时候,stable=opt自动就能给你找到自旋极化单重态波函数。stable=opt只不过是一种比较昂贵的自动寻找当前稳定波函数的方法,这不是唯一选择。

3 可以
4 不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11298#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 10:20:23 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2020-7-12 23:28
sob老师好!我是一名高中化学老师,开了一门计算化学选修课,原本的学习内容主要是通过Gaussian、GaussView ...

PWmat不属于量子化学程序,和Gaussian完全没有可比性。若非要讲第一性原理程序的话,中科大的ABACUS倒算是纯正中国开发的,而且还不要钱。

建议你就用Gaussian。如果换成非美国的,德国开发的ORCA是不二之选,免费,安装容易,而且也能用Multiwfn可视化、看轨道、绘制光谱,并且可以用avogadro代替gview建模。我也写过不少教程。
国产量化程序没有适合你的目的的。BDF虽然在相对论量子化学方面很出色,但是一般搞应用性计算的内行人都不用,就更别提高中阶段了。PySCF虽然是中国人为首开发的,但是也有很多外国人参与,而且用那个还得学Python,也明显不适合高中阶段,PySCF主要是面向搞理论的人的。

各国合作才是大型计算化学程序开发未来的主流趋势,没必要强求非得是纯粹中国开发,Gaussian里面也有一些中国人参与。就算程序是中国人写的,那操作系统、编译器还是外国人开发的。我认为只要在高中阶段介绍一下有哪些中国人开发的计算化学类程序,在哪些方面有特点、优势就够了,没必要非得让学生自己也非得去用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

517

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

11299#
发表于 Post on 2020-7-13 11:44:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 10:11
和实验对比有很多因素都可能导致显著差异
诸如溶剂效应、复合物的形成等等。你用S2就相当于假定违背Kash ...

感谢老师的指导,我再研究一下方法,优化一下这个结果。

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

11300#
发表于 Post on 2020-7-13 12:31:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2020-7-13 15:31 编辑
sobereva 发表于 2020-7-13 10:15
描述的时候一定要说清楚“闭壳层单重态”还是“自旋极化单重态”。自旋极化单重态本来就是单重态

闭壳 ...

多谢老师,还有一点疑问,就是如果stable测试闭壳层单重态不稳定,用stable=opt可自动找自旋极化单重态,如果找到的与闭壳层单重态能量完全相同,就说明不存在自旋极化单重态。如果找到的能量比闭壳层单重态的能量低,则说明此体系基态不可能是闭壳层的,这时自旋极化单重态是否为基态还未可知,还需要与三重态、五重态能量再比较后才能得出。
(1)请问老师对未知体系这样尝试的流程对吗?
(2)做三重态和五重态时也需要做stable测试波函数稳定性吗?
(3)是不是波函数稳定与几何结构是否为基态无关,优化好的无虚频的任意几何结构每个自旋态下都有稳定的波函数?(4)闭壳层单重态波函数不稳定可用stable=opt自动找自旋极化单重态,而stable=opt不对几何结构改变,是否说明任意体系自旋极化单重态与闭壳层单重态的几何结构相同?
(5)用guess=mix nosymm找自旋极化单重态适用于几何优化还是单点计算?
这几个问题困扰了好久,谢谢老师!!!

99

帖子

0

威望

1556

eV
积分
1655

Level 5 (御坂)

11301#
发表于 Post on 2020-7-13 13:15:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问高斯SCF完了势能和动能之比有参考意义吗?如果显著偏离2(比如到3.2)是否暗示该计算级别不合理呢? M062X/def2SVP I取代有机体系

39

帖子

0

威望

135

eV
积分
174

Level 3 能力者

11302#
发表于 Post on 2020-7-13 14:48:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 10:20
PWmat不属于量子化学程序,和Gaussian完全没有可比性。若非要讲第一性原理程序的话,中科大的ABACUS倒算 ...

谢谢您~我去试试!

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

11303#
发表于 Post on 2020-7-13 19:28:09 | 只看该作者 Only view this author

几何优化时link died

在做多孔煤体吸附甲烷时,想寻找甲烷与煤体(用简单苯环结构代替)的吸附平衡位置,查看文献时处理是将煤体与甲烷进行几何优化,得到的即为吸附平衡位置,但我在进行几何优化时总是link died。输入文件如下 ch4.gjf (1.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) 结构如下
出错后用view查看chk文献,

出错后的out最后一页是下面这样的

接触不深想请教一些是什么原因

4289

帖子

4

威望

9546

eV
积分
13915

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

11304#
发表于 Post on 2020-7-13 19:47:00 | 只看该作者 Only view this author
还没入门。急需恶补sob老师博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
自动做多参考态计算的程序MOKIT

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

11305#
发表于 Post on 2020-7-13 19:57:47 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-7-13 19:47
还没入门。急需恶补sob老师博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈量 ...

是,需要恶补,自己不知道补哪方面,我这个问题是基组选择的问题有问题吗,我看看你发的文章先,谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11306#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:20:02 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-7-13 13:15
sob老师 请问高斯SCF完了势能和动能之比有参考意义吗?如果显著偏离2(比如到3.2)是否暗示该计算级别不合 ...

不能说明什么,实际意义不大。不用管
尤其是用了赝势的时候,维里系数肯定严重偏离2.0。当前def2-SVP对I是赝势基组,所以出现这种情况。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
naonao5205 + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11307#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:22:11 | 只看该作者 Only view this author
JXYLZLX 发表于 2020-7-13 19:28
在做多孔煤体吸附甲烷时,想寻找甲烷与煤体(用简单苯环结构代替)的吸附平衡位置,查看文献时处理是将煤体 ...

你当前用的计算级别完全是搞笑的。

仔细看了这些再做和弱相互作用有关的计算
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

你对基组和理论方法的选用也完全没入门,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

用个像样级别重新优化。诸如B3LYP-D3(BJ)/6-311G**。当然你别试图直接写B3LYP-D3(BJ)关键词,根本没这个关键词。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11308#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 20:26:08 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-13 12:31
多谢老师,还有一点疑问,就是如果stable测试闭壳层单重态不稳定,用stable=opt可自动找自旋极化单重态, ...

1 对。但如果就一个过渡金属,根本不需要考虑自旋极化单重态的可能
2 应当注意的是,对n重态做stable=opt,并非总是给你优化出n重态基态。所以并不一定要做。也不是stable=opt最后提示是稳定的波函数就一定说明当前波函数就是当前结构下真正基态的波函数,stable=opt没那么智能和绝对可靠。只有尝试各种计算方式,都算不出来能量更低的结果,才说明之前的能量一定是当前结构下当前级别的基态能量。
3 是
4 显然不是。闭壳层单重态和自旋极化单重态相当于不同的势能面,各有各的极小点
5 皆可

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

203

帖子

0

威望

3454

eV
积分
3657

Level 5 (御坂)

11309#
发表于 Post on 2020-7-13 23:10:03 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带电荷),请问有什么合适的半经验方法或者可用的纯泛函可以用于计算吗?

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

11310#
发表于 Post on 2020-7-14 00:24:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 20:26
1 对。但如果就一个过渡金属,根本不需要考虑自旋极化单重态的可能
2 应当注意的是,对n重态做stable=op ...

多谢老师指点,还有个问题请教,就是做stable出现“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”和“The wavefunction has an internal instability”的区别?我的理解是“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”表明当前体系基态不是闭壳层的,应改变自旋态为自旋极化单态、3态、5态.....方式处理问题;而出现“The wavefunction has an internal instability”则不要改变自旋态,必须在此结构和自旋态不变下,加stable=opt进行处理?老师,这么理解对吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 19:43 , Processed in 0.269069 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list