简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

niubaotian85 · 发表于 Post on 2020-7-4 13:02:31

大神，我想问一个问题。对于我们自己设计的团簇，一般要找异构体和势能面去确定构型是否稳定。请问可不可以使用动力学模拟ADMP去替代它呢。在不同的温度下看它的稳定性可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-4 15:30:53

你都没给氧指定基组，显然O-H键长会严重不合理

Sean_z · 发表于 Post on 2020-7-4 15:36:01

sobereva 发表于 2020-7-4 15:30
你都没给氧指定基组，显然O-H键长会严重不合理

谢谢sob老师！明白了

单单 · 发表于 Post on 2020-7-4 19:54:32

Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/iamp/software/g09/l9999.exe at Sat Jul 4 21:33:42 2020.

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-5 01:51:18

单单发表于 2020-7-4 19:54
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/iamp/softwa ...

提问方式也太懒了

Yan_njit · 发表于 Post on 2020-7-5 16:03:52

本帖最后由 Yan_njit 于 2020-7-5 16:06 编辑

各位老师，您好，研究磺化酞菁钴+石墨烯+过氧化氢体系（三个分子优化计算，257个原子左右，研究相互作用力, 含Co ，C ，N ，O， S ，H），
在 B3LYP-D3(BJ)/6-31G*的计算级别下，36核心，分配内存20GB下，优化9天，还没优化完后，超出我的预期。再算下去觉得有点浪费时间，各位老师，
有没有更加有效率的方法？

Zhangpc · 发表于 Post on 2020-7-5 22:37:52

本帖最后由 Zhangpc 于 2020-7-6 11:39 编辑

看到一文献中用gaussian做计算，关键词写了scrf=(SMD,IEFPCM)，我不懂为什么同时用两种隐式溶剂模型（但是google一下确实有少数人这么写），就用这个关键词试算，结果输出文件中显示“Model: C-PCM”。我想这不是和关键词写成scrf=CPCM用了同样的Model？sob老师博文(http://sobereva.com/327)中说了绝对不要在Gaussian里用CPCM！我想一般溶剂模型用单用IEFPCM或SMD方法就可以了，那文献这么写关键词是不是有一定的原因？感谢指点！
以下是使用关键词scrf=(SMD,IEFPCM)的部分输出文件信息（并附上一个试算的.log输出文件）：
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model             : C-PCM.
Atomic radii       : SMD-Coulomb.
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method    : On-the-fly selection.
Cavity type       : VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
Cavity algorithm    : GePol (No added spheres)
还有测试不同关键词的部分输出文件信息：

	Model	Atomic radii	Cavity type
scrf=(SMD)	PCM (using non-symmetric T matrix).	SMD-Coulomb.	VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
scrf=(SMD,IEFPCM)	C-PCM.	SMD-Coulomb.	VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
scrf=(IEFPCM)	PCM (using non-symmetric T matrix).	UFF (Universal Force Field).	Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100).
scrf=(CPCM)	C-PCM.	UFF (Universal Force Field).	Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100).

naonao5205 · 发表于 Post on 2020-7-6 02:04:01

sob老师，请问TD-DFT中的nstates和root，是不是仅当信息是针对特定态的时候才需要设置root呢？比如我想得到基态的S0到S5的激发能只需要nstates=5，而如果要优化S5结构的话需要设置root=5 nstates=8？

jslo · 发表于 Post on 2020-7-6 09:40:25

sobereva 发表于 2020-7-3 02:15
说计算耗时、资源这种问题的时候，必须把前提条件说得尽量清楚，否则没有可比性

谢谢老师！

GoldenBaby · 发表于 Post on 2020-7-6 10:02:14

http://sobereva.com/214链接给你了

GoldenBaby · 发表于 Post on 2020-7-6 10:05:00

还有问一句，你Co没用赝势吗？以及有没有出现震荡，如果有请参考这篇http://sobereva.com/164

thanhtam · 发表于 Post on 2020-7-6 10:20:56

要注意监控收敛趋势，看看算了多少圈、是否接近收敛标准了、是否震荡。否则算两个月也算不完。

thanhtam · 发表于 Post on 2020-7-6 10:23:02

Zhangpc 发表于 2020-7-5 22:37
看到一文献中用gaussian做计算，关键词写了scrf=(SMD,IEFPCM)，我新手没试过这么写，就用这个关键词试算， ...

SMD和IEFPCM本来就是矛盾的……只能用一个。认真看http://sobereva.com/327

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-6 11:44:28

naonao5205 发表于 2020-7-6 02:04
sob老师，请问TD-DFT中的nstates和root，是不是仅当信息是针对特定态的时候才需要设置root呢？比如我想得到 ...

是

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-6 11:46:14

Yan_njit 发表于 2020-7-5 16:03
各位老师，您好，研究磺化酞菁钴+石墨烯+过氧化氢体系（三个分子优化计算，257个原子左右，研究相互 ...

优化大体系显然应当先想着监控优化过程，这是做计算的人最最最基本的常识，倘若震荡再怎么算下去也是白费功夫
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
你若不监控优化过程，也没法预料大概还要算多久才能完事。

对于Gaussian来说，计算级别没法更低了，要想更快用ORCA在B97-3c下优化，看
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

大体系弱相互作用计算,B3LYP-D3(BJ)

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