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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-14 01:14:15 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2020-7-13 23:10
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带 ...

看你要做什么,就算单点能还是要优化结构啥的。对于这种体系,半经验级别可以选GFN1/2-xTB,进一步可以选用b97-3c,orca里速度还不错,对于有机金属体系精度也还不错,但如果要做几何优化的话这个级别估计算不动。

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发表于 Post on 2020-7-14 07:13:52 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-7-14 01:14
看你要做什么,就算单点能还是要优化结构啥的。对于这种体系,半经验级别可以选GFN1/2-xTB,进一步可以选 ...

计算自由能很明显需要几何优化+振动分析,所以现在一直没想到特别合理的计算级别可以用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 07:45:41 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2020-7-13 23:10
请教各位老师,最近需要算一个巨大体系的自由能数据(大概400个原子,包含有机配体和过渡金属离子,同时带 ...

只有GFN-xTB或者半经验方法可以用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 08:03:47 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-14 00:24
多谢老师指点,还有个问题请教,就是做stable出现“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”和 ...

前一半说对了,后一半错误。比如实际基态是5重态,你用三重态计算,可能会出The wavefunction has an internal instability
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发表于 Post on 2020-7-14 10:43:06 | 只看该作者 Only view this author

本人纯小白请教一些G16W基础问题


1、 在chemdraw中画出分子结构式



2、 将画好的结构式导入chem3D中(二维变三维的过程),保存为 .gjf(.gjf为gaussian输入文件)为后缀的文件



3、 将导出的文件内容修改为以下格式,稳定性检测

%chk=C.chk    #输出的chk文件,等号后可加绝对路径。

%nprocshared=28  #计算所用核数

%mem=80GB   #计算所用内存

#p b3lyp/6-311g** stable=opt  EmpiricalDispersion=GD3BJ #关键词




第三部分怎么操作?希望老师们可以解答一下,本人大二学生纯小白

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 11:25:58 | 只看该作者 Only view this author
Magicte 发表于 2020-7-14 10:43
1、 在chemdraw中画出分子结构式

自己用文本编辑器编辑gjf文件
如果是普通有机体系,没必要用stable=opt
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发表于 Post on 2020-7-14 11:48:34 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想请教一下如何用程序大批量地从Gaussian输入/输出文件识别出分子的羰基(R-CO-R, 需要C,O和两个R上直接连接羰基碳的原子的坐标)?
下面的伪代码的逻辑正确吗?有没有更简单一些的方法?先谢过老师了

  1. Find O 原子, 存入到数组 ArrO 中
  2. for each O_i in ArrO:
  3.         Find 与 O_i 最近的 C 原子 C_x
  4.         FInd 与 C_x 距离落在[1.2,1.8]的所有原子, 存到数组 ArrC 中
  5.         if ArrC.size==3 && 有一个O两个C
  6.                 对 ArrC 中所有原子做标记
  7.         else continue
复制代码

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发表于 Post on 2020-7-14 11:49:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-14 08:03
前一半说对了,后一半错误。比如实际基态是5重态,你用三重态计算,可能会出The wavefunction has an int ...

谢谢老师,比如实际基态只可能是3重态或5重态之一,这时用三重态计算出现The wavefunction has an internal instability,我需要做如下两步计算:
(1)保持三重态几何结构不变,做stable=opt得到能量。
(2)5重态下重新优化几何结构,之后做stable,与三重态能量比较。
请问老师只做(2),还是需要(1)、(2)都需要做?

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发表于 Post on 2020-7-14 15:01:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-11 12:31
真空中左边的结构会自发变化到右边的结构。注意考虑溶剂模型

sob老师,我是根据您的教程,金属离子与短肽的初始结构是在GFN0-xTB方法下跑动力学模拟,之后在GFN2-xTB下考虑GBSA溶剂模型进行优化。如果考虑显示溶剂模型,是不是只需要在初始结构中添加水分子?如果是,应该添加几个水分子?

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发表于 Post on 2020-7-14 15:42:41 | 只看该作者 Only view this author

新手求助一个正整数的报错问题

本帖最后由 wuhuhy 于 2020-7-14 16:10 编辑

今天我计算中报错了一个问题,输出文件里面报错显示:
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=         867510.4907
Charge=             -0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=             -2.1491    Y=             -9.1451    Z=            -16.6622  Tot=             19.1280
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=           -526.0869   YY=           -619.6342   ZZ=          -1057.5201
   XY=            -32.5112   XZ=            -38.7290   YZ=           -224.1675
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=            208.3268   YY=            114.7795   ZZ=           -323.1064
   XY=            -32.5112   XZ=            -38.7290   YZ=           -224.1675
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=           -446.5984  YYY=          -7532.7598  ZZZ=         -40124.9968  XYY=           -268.9371
  XXY=          -2297.2723  XXZ=          -9402.5259  XZZ=           -778.4945  YZZ=          -7017.2563
  YYZ=         -11126.8832  XYZ=           -498.7619
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=         -33473.2301 YYYY=         -95606.4906 ZZZZ=       -1247658.0661 XXXY=           -664.6570
XXXZ=          -5688.5791 YYYX=           -555.8005 YYYZ=        -134402.7458 ZZZX=         -14978.1760
ZZZY=        -212599.8833 XXYY=         -20621.7516 XXZZ=        -176997.3764 YYZZ=        -216559.1350
XXYZ=         -41371.0613 YYXZ=          -3387.6211 ZZXY=          -7238.2639
N-N= 2.350777675245D+04 E-N=-5.766220745365D+04  KE= 4.337635257393D+03
Leave Link  601 at Tue Jul 14 15:17:27 2020, MaxMem=  5368709120 cpu:               0.7 elap:               0.7
(Enter /home/CZ-PSII/g16/l107.exe)
Allocation:
     ICR=      1    ICP=    565 IAnSav=   1129
     IRI=   1317    IWt= 160647    IDP= 319977  ICScr= 320541
     IRC= 321105     IC= 480435     IX= 640329    IDF= 640893
    IDDF= 641457  IXInc= 959553  IEVal= 960117  IEVec= 960681
   IScr1=1278777  IScr2=1279341   IEnd=1279904
Recover reactant geometry.  Energy = -0.45643076D+04
Leave Link  107 at Tue Jul 14 15:17:27 2020, MaxMem=  5368709120 cpu:               0.1 elap:               0.1
(Enter /home/CZ-PSII/g16/l101.exe)

Charge and Multiplicity card seems defective:
Wanted an integer as input.
                                                                                 
?
Error termination via Lnk1e in /home/CZ-PSII/g16/l101.exe at Tue Jul 14 15:17:28 2020.
Job cpu time:       0 days  1 hours 23 minutes 17.8 seconds.
Elapsed time:       0 days  1 hours 23 minutes 20.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    997 Int=      0 D2E=      0 Chk=   1321 Scr=      1
Sender: jhscheduler System <jhadmin@c7212>
Subject: Job 9119370: <mpijob.intelmpi ./gauss.pbs> Done

从输出文件来看,程序认为我输入的电荷以及自旋多重度不是正整数,但是我确认我的输入文件中这两个值输入的是正整数,
我的输入文件的部分如下:
#p opt=loose b3lyp/lanl2dz scf(conver=6,maxcyc=300,vshift=200) opt=loose
Mn4CaO4(piv)8(pivH)
0 15
Mn                 1.92660000    5.39560000   18.38380000
Mn                -0.16710000    6.97620000   17.49370000
Mn                 0.59920000    5.13440000   15.61080000
Mn                 2.10420000    2.38520000   16.37850000
Ca                -1.21310000    3.90500000   18.29550000
请问我是遇到了什么样的问题?我该怎么改正呢?
谢谢大家!

Mn4CaMS_8.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 15:49:24 | 只看该作者 Only view this author
wuhuhy 发表于 2020-7-14 15:42
今天我计算中报错了一个问题,输出文件里面报错显示:
Electronic spatial extent (au):  =         8675 ...

opt=loose怎么能写两遍

贴文件内容的时候别把该有空行的地方把空行弄没了,最好直接上传输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 15:50:47 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-7-14 15:01
sob老师,我是根据您的教程,金属离子与短肽的初始结构是在GFN0-xTB方法下跑动力学模拟,之后在GFN2-xTB ...

是。怎么添加看具体目的。如果只是诸如想把金属离子包住,该加几个试试便知
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 15:52:05 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2020-7-14 11:48
老师您好,想请教一下如何用程序大批量地从Gaussian输入/输出文件识别出分子的羰基(R-CO-R, 需要C,O和两个 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 15:54:33 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-14 11:49
谢谢老师,比如实际基态只可能是3重态或5重态之一,这时用三重态计算出现The wavefunction has an intern ...

如果当前是对三重态优化的结构,用五重态算个单点,同时带着stable,如果能量比三重态低,而且提示稳定,且已知不可能是单重态,就说明五重态是基态
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发表于 Post on 2020-7-14 16:02:41 | 只看该作者 Only view this author

新人求助大家一个整数报错的问题

本帖最后由 wuhuhy 于 2020-7-14 16:09 编辑

大家好,我们提交的一个gauss的作业,在正常的运算已经出现了scf done 的情况下,后面出现了报错:
Charge and Multiplicity card seems defective:
Wanted an integer as input.
                                                                                 
?
Error termination via Lnk1e in /home/CZ-PSII/g16/l101.exe at Mon Jul 13 11:49:21 2020.
从输出文件来看,gauss认为我们输入的电荷以及自旋多重度不是整型数,但是我们的输入文件里这一部分是整形数:
#p opt=loose b3lyp/lanl2dz scf(conver=6,maxcyc=300,vshift=200) opt=loose
Mn4CaO4(piv)8(pivH)
0 15
Mn                 1.92660000    5.39560000   18.38380000
请问我们这是遇到了什么样的问题?非常感谢大家的帮助!

Mn4CaMS_8.gjf

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本版积分规则 Credits rule

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