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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-22 22:07:23 | 只看该作者 Only view this author
小西瓜123 发表于 2020-9-22 19:07
是二聚体复合物,结构优化的时候用的B3LYP+GD3,计算单点的时候我用cam-b3lyp就没有加GD3,您的意思是用c ...

多么显然的事
CAM-B3LYP算弱相互作用体系这么垃圾,怎么可能赤果果地用这个
而且这么切换泛函完全莫名其妙,肯定要遭审稿人批
仔细看
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-22 22:10:17 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-9-22 21:13
老师您好!我尝试计算一个由三个醋酸钴组合成的配合物与一个卟啉组合的结构,但是这个配合物我画出来显示为 ...

你这个结构非常奇怪,估计稳定存在不了
总共是奇数个电子,必然被gview自动当成二重态。当+1电荷就能当闭壳层算了,然而这大概率不是这体系最稳定波函数的状态
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发表于 Post on 2020-9-22 23:08:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-9-22 23:34 编辑
tian666666 发表于 2020-9-22 16:08
能麻烦您仔细说说嘛 有点不太懂这里

你的分子有两个芳基自由基,但是数pi电子发现pi电子是奇数个,所以还有一个离域在整个稠环芳烃上的pi自由基。因此是三个自由基。你算的是二重态,也就是三个自由基两个自旋朝上一个自旋朝下。但高斯默认的初始猜测是用一个不包括自旋极化作用的模型势,可以理解为做了一个特别粗糙的RO-DFT计算,所以等于高斯强行让三个自由基里的两个电子成对了,这和你实际的电子结构相去甚远,所以不好收敛。
而如果你先收敛四重态,那么即使RO-DFT也能得到三自由基,你再以这个波函数为基准,把其中一个单电子的自旋由朝上翻转成朝下,就行了。
edit: 刚看sob老师在另一个帖子里说高斯不支持这么搞,如果这样的话可以用guess=mix,先看你现在算的二重态的轨道,找到哪两个电子被高斯强行成对了,然后新开一个计算,读取你现在这个计算的chk文件,用guess=mix把这两个电子的成键轨道和反键轨道等比例混合,作为初始猜测。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-9-22 23:16:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-9-22 23:19 编辑
yyf 发表于 2020-9-22 21:13
老师您好!我尝试计算一个由三个醋酸钴组合成的配合物与一个卟啉组合的结构,但是这个配合物我画出来显示为 ...

你的图里没有卟啉啊。。。而且三个醋酸钴不是这么简单并排摆在一起就能算的,必须找到它们的能量最低的配位方式,很可能涉及Co-O-Co桥键之类,建议参考醋酸钴的晶体结构。计算的初始结构画起来比chemdraw里画个平面结构可困难多了,需要的化学直觉也多多了。
另外“改成闭壳层单重态”凸显出你根本不了解你要算啥,做计算从来都是先知道体系有几个电子再去算的,如果是不知道该计算三重态还是单重态,还情有可原,因为电子数一样;不知道该计算二重态还是单重态,那意味着你连体系的金属总价态都不知道,那你研究什么?等于你研究课题要求算个铁离子,然后你发现三价铁不好收敛,于是改算二价,有这样做研究的吗?这个问题只能靠你自己搞清楚,到底需要算二重态还是需要算单重态,如果需要算二重态,就不能靠改成单重态来解决问题;如果需要算单重态,那一开始你就应该知道需要画成什么样的单重态分子,因为把二重态改成单重态的方法有很多种,比如加一个电子、减一个电子、加一个氢、减一个氢之类,只有其中一种是你科研真正需要的,而只有你知道你需要的是哪一种。画个二重态,然后来问我们怎么改成单重态,这种做法实在匪夷所思
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-9-23 09:29:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-22 22:07
多么显然的事
CAM-B3LYP算弱相互作用体系这么垃圾,怎么可能赤果果地用这个
而且这么切换泛函完全莫名 ...

好,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-9-23 14:47:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-22 22:10
你这个结构非常奇怪,估计稳定存在不了
总共是奇数个电子,必然被gview自动当成二重态。当+1电荷就能当 ...

谢谢老师,因为这是师兄研究的晶体,我们也都不知道他的正确的配合物结构该是怎么样的,只能尝试算算,确实是不稳定,我再尝试看看。再次谢谢老师的解答。

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发表于 Post on 2020-9-23 14:49:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-22 23:16
你的图里没有卟啉啊。。。而且三个醋酸钴不是这么简单并排摆在一起就能算的,必须找到它们的能量最低的配 ...

谢谢老师,因为卟啉那部分是没什么异议,算起来也没有错,所以就在研究不知道该如何构建配合物那部分。因为这是师兄研究的晶体,我们也都不知道他的正确的配合物结构该是怎么样的,只能尝试算算。再次谢谢老师的解答。

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发表于 Post on 2020-9-23 17:08:33 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-9-23 14:49
谢谢老师,因为卟啉那部分是没什么异议,算起来也没有错,所以就在研究不知道该如何构建配合物那部分。因 ...

只有知道正确的结构,或者知道正确结构肯定是某几个结构之一,才能算。否则是没有办法算的,计算没有那么神通广大。
另外你说有晶体却仍然不知道结构,是说没解出单晶结构吗?既然已经得到晶体了(而不是无定形固体),不如尝试长单晶,做个XRD就知道结构了,这个是实验的强项。另外一定要弄清楚这个配合物在实验上的自旋多重度,不知道自旋多重度也没办法算
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发表于 Post on 2020-9-24 11:11:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-23 17:08
只有知道正确的结构,或者知道正确结构肯定是某几个结构之一,才能算。否则是没有办法算的,计算没有那么 ...

谢谢老师,学到了很多,关于金属配合物的计算,我会再多研究研究的。

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发表于 Post on 2020-9-24 17:21:59 | 只看该作者 Only view this author

求助,gaussian报错l9999

在gaussian中计算基态,想生成wfn文件,但是报错,但是报错原因和百度到的报错原因不一样。输入文件和报错原因如下,请问,应如何更改?谢谢

01.png (57.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

01.png

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发表于 Post on 2020-9-24 17:23:19 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好

我想问一下,  我算的体系在有水分子的情况下很容易发生ESIPT,且H转移后的结构很稳定,但是实验文章说:在有水情况下 整个体系不发光 ,并且轨道排布不符合PET荧光猝灭的机理,这应该如何解释呢?是实验文章结论不正确吗

另外,我还想问,优化的时候极性和非极性混合溶液怎么写关键词呢,我的溶液环境是80%的DMSO和20%的水

谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 17:39:06 | 只看该作者 Only view this author
哎呀妈呀 发表于 2020-9-24 17:21
在gaussian中计算基态,想生成wfn文件,但是报错,但是报错原因和百度到的报错原因不一样。输入文件和报错 ...

别拿百毒这种搜八卦的非常low的搜索引擎搜学术东西
有不懂的先用本论坛首页的google框搜

你不用溶剂模型写eps、epsinf干嘛。不懂的别乱写
用cep-121g*完全莫名其妙,不被审稿人批才怪
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 17:43:26 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2020-9-24 17:23
Sob老师好

我想问一下,  我算的体系在有水分子的情况下很容易发生ESIPT,且H转移后的结构很稳定,但是 ...

根据体积比自定义eps、epsinf,这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

优化没必要考虑非极性部分,用默认的IEFPCM即可

实验那个问题我没法简单评论。不发光也可能是外转换之类机制,这和ESIPT在我来看没直接联系
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发表于 Post on 2020-9-25 13:00:47 | 只看该作者 Only view this author
哎呀妈呀 发表于 2020-9-24 17:21
在gaussian中计算基态,想生成wfn文件,但是报错,但是报错原因和百度到的报错原因不一样。输入文件和报错 ...

错误信息都说了最后没有加空行,在输入文件最后多打几个回车应该就行了。当然,先要按sob老师的建议修改输入文件。
而且百度报错原因这个做法很奇怪,你百度到的别人的输入文件必然不会和你的输入文件严格相同,既然如此那报错原因不同也是正常的啊,有什么好奇怪的吗。。。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-9-25 16:45:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-25 13:00
错误信息都说了最后没有加空行,在输入文件最后多打几个回车应该就行了。当然,先要按sob老师的建议修改 ...

在输入文件最后多加空行的做法已经尝试了,依然报错说:未加空行。
报错之后,我搜索的是相同的报错原因,而不是相同的输入文件。

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