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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-9-21 16:22:18 | 只看该作者 Only view this author
这根本不是结构优化不收敛的问题,是其中某一步自洽场迭代没收敛的问题。相关问题论坛里讨论过太多了,建议先搜一下。
这个问题看卢老师的博文《解决SCF不收敛问题的方法》 http://sobereva.com/61 就行了。
几何优化不收敛是另一个问题,遇到了再说,看卢老师的博文 《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》 http://sobereva.com/164

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发表于 Post on 2020-9-21 17:10:00 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-21 15:35
基组太小,没加D3
至少应该用B3LYP 6-31G* em=gd3bj

好的谢谢 我试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-21 18:08:23 | 只看该作者 Only view this author
tian666666 发表于 2020-9-21 15:16
用G09计算聚合物四臂聚乳酸,有两个问题
1.选用#opt b3lyp/3-21g 进行优化,优化完是下面这个图,我的核是 ...

以后大段输出信息不要直接贴,而应当直接上传输出文件

仔细看这些文章再做和弱相互作用有关的计算,当前体系用B3LYP/3-21G优化是极度荒诞的
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
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发表于 Post on 2020-9-21 20:49:23 | 只看该作者 Only view this author

在gaussian输出文件中,寻找配分函数

在用过渡态理论算反应速率常数的时候,需要用的配分函数,想请教一下各位老师,应该选取哪个值

}`7LM4P6VKH[VJ6{2_POP0D.png (41.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

}`7LM4P6VKH[VJ6{2_POP0D.png

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发表于 Post on 2020-9-21 20:51:23 | 只看该作者 Only view this author

这是一个三自由基,而你需要的自旋多重度却是2,所以从默认初猜出发的话不好收敛(程序会试图收敛到单自由基)。建议先收敛4重态,然后读取4重态波函数作为初猜来收敛2重态。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-9-21 20:59:02 | 只看该作者 Only view this author
tian666666 发表于 2020-9-21 15:16
用G09计算聚合物四臂聚乳酸,有两个问题
1.选用#opt b3lyp/3-21g 进行优化,优化完是下面这个图,我的核是 ...

检查一下硬盘是不是满了。硬盘满了I/O就会失败,最后报错提到I/O错误可能是这个原因。
频率计算非常消耗内存,内存不够就会去用硬盘,如果硬盘也不够大就崩了。
另外B3LYP/3-21G是一个非常不搭配的理论级别,3-21G太小了,完全不能发挥出B3LYP的潜力,如果比3-21G大的基组算不动,不如用(加了色散和氢键校正的)PM6、PM7,或者如果你愿意改用orca的话可以用XTB。这些半经验方法的一个额外优势在于你不仅可以做结构优化,还能做构象搜索,一并解决你希望算出来结果对称的问题(当然前提是真实结构确实对称,chemdraw画出来纸面上对称但是实际优势构象破坏了对称性的情况也多得是)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-9-22 15:58:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-21 18:08
以后大段输出信息不要直接贴,而应当直接上传输出文件

仔细看这些文章再做和弱相互作用有关的计算,当 ...

好的好的 谢谢 下次我会注意的

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发表于 Post on 2020-9-22 16:08:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-21 20:51
这是一个三自由基,而你需要的自旋多重度却是2,所以从默认初猜出发的话不好收敛(程序会试图收敛到单自 ...

能麻烦您仔细说说嘛 有点不太懂这里

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发表于 Post on 2020-9-22 16:50:26 | 只看该作者 Only view this author

求助老师Gaussian 09计算单点能和频率问题

老师您好,我用g09计算一个双体分子的单点能和频率,一共128个原子,基组泛函如图1 所示,从早上9点到现在已经7个小时了,一直没有变,如图2所示。请问老师 是单纯计算慢还是已经停了呢?需要kill掉然后重新提交吗?

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喵星人

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发表于 Post on 2020-9-22 16:53:47 | 只看该作者 Only view this author
1. 输入文件中用#p输出更完整的内容2. 在不在算你top一下看看进程在不在跑步就行了,而且你没有指定chk文件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-22 17:56:25 | 只看该作者 Only view this author
小西瓜123 发表于 2020-9-22 16:50
老师您好,我用g09计算一个双体分子的单点能和频率,一共128个原子,基组泛函如图1 所示,从早上9点到现在 ...

核数这么少,还带弥散函数,耗时高是必然的。当前正在做的这个步骤本身就是最耗时阶段。
通过top查看如果程序还在跑着,继续等着就完了。

另外,如果没有特殊原因,很不建议用CAM-B3LYP算基态问题。用B3LYP明显更快。

我不清楚你说的“双体分子”是指什么,如果是二聚体复合物,用CAM-B3LYP纯粹是搞笑,碰见内行审稿人,文章绝对发不出去。补充相关知识再做计算
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郭德来 发表于 2020-9-21 20:49
在用过渡态理论算反应速率常数的时候,需要用的配分函数,想请教一下各位老师,应该选取哪个值

表格中的注释里明确说了
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html
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发表于 Post on 2020-9-22 19:07:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-22 17:56
核数这么少,还带弥散函数,耗时高是必然的。当前正在做的这个步骤本身就是最耗时阶段。
通过top查看如 ...

是二聚体复合物,结构优化的时候用的B3LYP+GD3,计算单点的时候我用cam-b3lyp就没有加GD3,您的意思是用cam-b3lyp也加上GD3吗?

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发表于 Post on 2020-9-22 19:09:09 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-22 16:53
1. 输入文件中用#p输出更完整的内容2. 在不在算你top一下看看进程在不在跑步就行了,而且你没有指定chk文件 ...

谢谢老师,我下次注意输入文件中用#P,刚刚top了一下在跑的,这里的计算我没有指定CHK,在需要相应的chk文件的时候我有指定

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发表于 Post on 2020-9-22 21:13:10 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!我尝试计算一个由三个醋酸钴组合成的配合物与一个卟啉组合的结构,但是这个配合物我画出来显示为二重态的开壳层,在计算时SCF无法收敛。我认为是结构构建的问题,想请问老师,在仅考虑如何计算出结果更容易的情况下,这个配合物的结构该如何修改。如把其改成闭壳层单重态之类的。

1600779794(1).png (61.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

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