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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-1 21:58:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,祝您中秋快乐!
我想研究Fe离子在不同比例的吡啶-乙二胺等配体存在下配离子的组成,初步打算计算各种可能的组合进行比较,不知道能不能用Gaussian做分子动力学得到我想要的结果?建模中发现加入一些大位阻的配离子模型看起来非常拥挤,用半经验方法初步优化后得到的结构也很奇怪,这种情况能不能直接排除?谢谢!

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发表于 Post on 2020-10-1 23:38:55 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用gaussian16计算的文件名为1.gjf,算完产生1.log与1.chk。接下来计算第二个任务2.gjf,如果2.gjf写%chk=1.chk,命令行写guess=read geom=chk,gaussian是先覆盖掉1.chk还是先读取1.chk?

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发表于 Post on 2020-10-2 10:30:03 | 只看该作者 Only view this author
jingnan2019 发表于 2020-10-1 21:58
sob老师您好,祝您中秋快乐!
我想研究Fe离子在不同比例的吡啶-乙二胺等配体存在下配离子的组成,初步打算 ...

你的溶剂是什么?如果溶剂不是吡啶/乙二胺里的一种,那么还要考虑溶剂的配位。此外如果溶剂是水等强极性溶剂,必须考虑显式溶剂化。
以下是在这个基础上说的:
建议用能够比较好地描述金属配合物的半经验方法优化各种可能的配合物的结构,比如ORCA里的xTB方法。分子动力学可以帮助一个特定的配合物找到最优构象,但是不适合用来sample配合物的组成,因为配体解离的时间尺度比分子动力学能跑得动的时间尺度长得多。搜索到的结构算DFT单点能,排除掉一些高能量的结构,剩下的做DFT结构优化,再排除掉一些高能量的结构,剩下的算DLPNO-CCSD(T)单点能,找到最优的配合物结构。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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11704#
发表于 Post on 2020-10-2 10:46:44 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我在跑IRC的过程中出现了l9999错误,在按照帖子自结尾处向上检索“Optimization stop”并没有找到,并且这个只跑了两步,看不出是否震荡,这个时候应该怎么修改?

1601606708(1).jpg (8.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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1601606630(1).jpg (38.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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发表于 Post on 2020-10-2 11:04:19 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-2 10:46
老师你好,我在跑IRC的过程中出现了l9999错误,在按照帖子自结尾处向上检索“Optimization stop”并没有找 ...

你好。
你这个输出文件展示得不全,看不出来问题。你要么把整个输出文件发出来,或者自行从输出文件底部向上翻,看看有什么像是报错的信息。振荡一般是几何优化的问题,不是irc的问题。另外你展示出的部分信息中,好像看不出来是l9999错误(enter /home/.../l9999.exe并不是报错)。
从你描述的情况来看,如果irc能量曲线是上升趋势,可能是因为现有的过渡态几何结构在当前的理论水平没有优化好,导致高斯以为这个结构已经是能量最小点了,就停止了。你需要在当前理论水平下先进行几何优化过渡态,再irc。

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发表于 Post on 2020-10-2 11:07:15 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-10-1 23:38
请问老师,用gaussian16计算的文件名为1.gjf,算完产生1.log与1.chk。接下来计算第二个任务2.gjf,如果2.gj ...

先读取,再覆盖。
如果你想用1.chk当作初猜,用2.gjf计算,再把波函数信息保存在2.chk里,应该这么写:
%oldchk=1.chk
%chk=2.chk
# guess=read ......

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发表于 Post on 2020-10-2 11:15:20 | 只看该作者 Only view this author
请问大家:
1、MOLPRO能不能实现在一个2.inp文件里读取别的文件算出来的1.wf文件,并把计算结果保存在自己的2.wf文件中?
2、用Multiwfn生成的MOLPRO输入文件,会有一个file,2,xxx.wf.new;命令,这里的new是做什么用的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-2 12:31:17 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-9-30 23:55
老师!节日快乐!
      请教问题,如果说反应物苯环上的羟基成糖后,对于苯环上其他位点的 ...

可以试图用平均局部离子化能、简缩福井函数、原子电荷、双描述符之类考察,但这些指标完全不考虑位阻问题,也并非总是可靠。
原则上来说应当以实际算出来的势垒作为最终判据,当然前提是必须计算方式得当,否则可能结论还不如用上述分子描述符判断的结果靠谱。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-2 12:34:43 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2020-10-2 11:15
请问大家:
1、MOLPRO能不能实现在一个2.inp文件里读取别的文件算出来的1.wf文件,并把计算结果保存在自己 ...

这种问题最好单独发帖,分类选择molpro

Multiwfn直接产生的molpro输入文件里没有这个命令
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-2 12:35:19 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-2 10:46
老师你好,我在跑IRC的过程中出现了l9999错误,在按照帖子自结尾处向上检索“Optimization stop”并没有找 ...
仔细看此文,确保该注意的都注意了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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发表于 Post on 2020-10-2 17:53:51 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 为什么我的结果一开始就报Convergence failure 按您文章的解决方法也不行是怎么回事呢? (用B3LYP能算出来,用M062X就不行了)
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UM062X) =  -2561.02733028     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.53D-07     -V/T= 2.0016
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.8852 S= 0.5655
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 2.556826318161D+03 PE=-1.102331306116D+04 EE= 3.418787984692D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.8852,   after     0.7574
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/haorui/g09/l502.exe at Fri Oct  2 17:38:46 2020.
Job cpu time:       0 days  7 hours 53 minutes  7.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    178 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      1

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发表于 Post on 2020-10-2 21:36:58 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2020-10-2 17:53
卢老师您好 为什么我的结果一开始就报Convergence failure 按您文章的解决方法也不行是怎么回事呢? (用B3 ...

建议用#p打出具体的scf迭代步骤,然后贴出最后几步迭代的能量收敛情况(会在Convergence criterion not met之前打出来,前提是输入文件必须写#p)。Convergence criterion not met后面的信息基本没有参考价值。
另外你确定所有方法都试过了吗?如果只试过sob老师的一部分方法就来发帖,他会生气的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-3 09:44:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好!
我在显性溶剂模型下优化基态时,之前在优化的时候发生了l502报错,读了之前的帖子,在.gjf文件末行加入了“surface=sas”,优化了一段时间以后又报错了。
log文件显示:
Initial guess from the checkpoint file:  "******.chk"
Skipping rotation of guess because NAtoms(RWF)=  111 differs from NAtoms(Chk)=  253.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
Error translating basis functions:  I=685 IAn=112 NAtoms=111.
Error termination via Lnk1e in /home/apps/g16/l401.exe at Fri Oct  2 17:45:49 2020.
Job cpu time:      18 days 14 hours 25 minutes 14.8 seconds.
Elapsed time:       0 days 18 hours 56 minutes 48.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2878 Int=      0 D2E=      0 Chk=    618 Scr=      1

我想问一下,这是什么原因呢?下一步应该如何改呢?

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-10-3 10:32:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-2 21:36
建议用#p打出具体的scf迭代步骤,然后贴出最后几步迭代的能量收敛情况(会在Convergence criterion not m ...

感谢老师,请问SCF迭代过程怎么解读呢?我看不懂 请问有相关的博文吗? 感谢老师的回答

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发表于 Post on 2020-10-3 22:40:41 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2020-10-3 10:32
感谢老师,请问SCF迭代过程怎么解读呢?我看不懂 请问有相关的博文吗? 感谢老师的回答

sob老师的文章里应该提过,能量和密度矩阵大幅度振荡说明需要加damp或vshift,或者用xqc等方法;几乎收敛了但是始终不能完全收敛可能是数值误差问题,可能需要加大格点或把积分阈值设严
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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