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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-4 10:40:07 | 只看该作者 Only view this author
老师,我用高斯做能量分解时,对new.out用grep -A 4 Cycle 1 new.out时没有看到您在multiwfn手册里写的“Cycle   1  Pass 1  IDiag  1”,而仅仅有“Cycle   1  Pass 0  IDiag  1”,请问这块的能量可以拿来用作E_scf_1st吗?

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发表于 Post on 2020-10-4 14:14:16 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-10-4 10:40
老师,我用高斯做能量分解时,对new.out用grep -A 4 Cycle 1 new.out时没有看到您在multiwfn手册里写的“Cy ...

没准是算Pass 1之前报错退出了。建议打开输出文件检查一下有没有报错
如果有报错但是不知道怎么解决,务必贴出从Pass 0到最后的所有输出信息,而不要只贴出报错信息
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-4 14:57:12 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-10-4 10:40
老师,我用高斯做能量分解时,对new.out用grep -A 4 Cycle 1 new.out时没有看到您在multiwfn手册里写的“Cy ...

上传输出文件,否则不好判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-4 14:58:38 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2020-10-3 10:32
感谢老师,请问SCF迭代过程怎么解读呢?我看不懂 请问有相关的博文吗? 感谢老师的回答

注意看能量、密度矩阵的变化情况

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-4 15:01:07 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-3 09:44
sob老师好!
我在显性溶剂模型下优化基态时,之前在优化的时候发生了l502报错,读了之前的帖子,在.gjf文 ...

上传完整输入文件
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发表于 Post on 2020-10-4 15:34:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-4 14:57
上传输出文件,否则不好判断

老师,输出文件已经上传,请老师看下

new.rar

79.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

能量分解输出

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发表于 Post on 2020-10-5 00:20:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanz 于 2020-10-5 00:26 编辑
sobereva 发表于 2020-10-2 12:31
可以试图用平均局部离子化能、简缩福井函数、原子电荷、双描述符之类考察,但这些指标完全不考虑位阻问题 ...

    谢谢老师回复!我是用M06-2X/6-31G**优化的有机小分子,ORCA PWPB95 D3 def2-TZVPP计算能量,其实只是会按照套路来计算势垒,大家都说势垒是最可靠的,那我应该从哪些方面来重新审视和优化势垒的计算过程?是反应的机理么?因为考虑的机理是没有显式溶剂分子参与的,所有的隐式溶剂模型都是PCM methanol,构象是采用molclus+xtb联用取能量最小的构象来计算的。

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发表于 Post on 2020-10-5 00:25:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-1 11:12
首先什么叫成糖?指的是成糖苷吗?
如果是的话,溶剂效应和构象非常重要,可以考虑增加显式溶剂分子,并 ...

     谢谢老师回复!计算中,构象是采用molclus+xtb联用采用能量最小的构象,没有成苷的时候考虑的机理是没有显式溶剂分子参与的,所有的隐式溶剂模型都是PCM methanol,实验中也没有酸碱的参与,可能还是之前推导的的机理有问题么?
     谢谢老师指教!

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发表于 Post on 2020-10-5 10:33:26 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-10-5 00:25
谢谢老师回复!计算中,构象是采用molclus+xtb联用采用能量最小的构象,没有成苷的时候考虑的机理是 ...

显式溶剂分子参与反应的可能性还是很大的。我不清楚你具体算的是什么反应,但是有的反应里显式溶剂分子可以催化反应,比如https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja9086566这篇文章,一个水分子断一根O-H键的同时成一根O-H键,相当于催化了质子转移反应
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-5 20:48:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-5 10:33
显式溶剂分子参与反应的可能性还是很大的。我不清楚你具体算的是什么反应,但是有的反应里显式溶剂分子可 ...

      谢谢您的回复!您说的这个质子转移其实我算过,但是势垒比较高,所以后来排除了,会不会是优化的时候M06-2X适合小分子,但是并不适合糖苷,糖的羟基更多,弱相互作用是否会影响?

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发表于 Post on 2020-10-5 22:24:59 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-10-5 20:48
谢谢您的回复!您说的这个质子转移其实我算过,但是势垒比较高,所以后来排除了,会不会是优化的时 ...

M06-2X对于弱相互作用不至于有定性误差,如果机理找对了,构象也找对了,不至于势垒定性错误。
也许是有一些反应途径还是没找到。如果是成糖苷,一般都得有酸催化才对(这里指的是你的底物是没有活化的糖,如果是比如说OTf取代的活化糖那另说),可能比如说体系里有微量酸你没有考虑
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-5 23:34:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-5 22:24
M06-2X对于弱相互作用不至于有定性误差,如果机理找对了,构象也找对了,不至于势垒定性错误。
也许是有 ...

      
      好的!谢谢您!结合您的意见我再好好想想反应机理!

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发表于 Post on 2020-10-6 21:26:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 劲仔小鱼干 于 2020-10-6 21:28 编辑

Sob老师您好!
我的激发态势能曲线结果如图(O-H...N)结果表明此时是一个无垒反应,

我想请教一下,这样的势能曲线结果说明了什么?我应该如何分析呢?这是否与荧光或者荧光猝灭有关呢?
谢谢Sob老师!

屏幕截图 2020-10-06 212255.png (29.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

屏幕截图 2020-10-06 212255.png

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发表于 Post on 2020-10-7 08:14:22 | 只看该作者 Only view this author
算单点时的基组往往选的比几何优化振动分析大一点,请问老师,如果只谈赝势基组的话,我在几何优化时赝势用的def2tzvp,而我在算单点用def2tzvpp是否可以?

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发表于 Post on 2020-10-7 10:49:31 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-6 21:26
Sob老师您好!
我的激发态势能曲线结果如图(O-H...N)结果表明此时是一个无垒反应,

你起码得给出你的scan coordinate的定义,我们才能讨论
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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