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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-9-25 21:53:44 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想请问下:
我在打算使用gview软件来建立β-乳清蛋白的二级结构(β折叠)时,并通过Gaussian计算它的拉曼光谱时,发现很难通过gview来得到一个较精确的β-折叠结构;请问有什么办法能够得到一个较精确的结构并通过Gaussian来计算其拉曼光谱,或者有其他什么软件能做这项工作吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-26 19:12:21 | 只看该作者 Only view this author
阿萨大厦 发表于 2020-9-25 21:53
老师你好,我想请问下:
我在打算使用gview软件来建立β-乳清蛋白的二级结构(β折叠)时,并通过Gaussian ...

蛋白质-肽链构建工具:
ProBuilder:http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm(挂了)
gabedit
Avogadro中的build-Insert-Peptide
AmberTools中的leap

用gview也不是一定不能构建,但需要自行把phi、psi二面角调成对应beta折叠的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-26 19:15:48 | 只看该作者 Only view this author
哎呀妈呀 发表于 2020-9-25 16:45
在输入文件最后多加空行的做法已经尝试了,依然报错说:未加空行。
报错之后,我搜索的是相同的报错原因 ...

先按我说的改过之后,还不行再继续提问
继续提问时候把输入文件直接上传。
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发表于 Post on 2020-9-27 21:44:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-26 19:12
蛋白质-肽链构建工具:
ProBuilder:http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm(挂了)
gabedit
...

十分感谢!

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发表于 Post on 2020-9-29 22:28:33 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian的输入文件命令行中方法与基组之间要有/,例如b3lyp/def2tzvp。请问老师,如果不加/,只加空格,写成def2tzvp b3lyp可以吗?

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发表于 Post on 2020-9-30 12:38:07 | 只看该作者 Only view this author
老师,中秋节节日快乐,
J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 7462−7473文献给了一个相对自由能计算ee值的公式,这个公式怎么用,不会用,

屏幕快照 2020-09-30 上午11.23.31.png (25.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

屏幕快照 2020-09-30 上午11.23.31.png

Xue, Xiao-Song et al_2013_Mechanism and Selectivity of Bioinspired Cinchona Alka.pdf

3.41 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

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发表于 Post on 2020-9-30 13:15:15 | 只看该作者 Only view this author

片段opt不收敛的问题!!

本帖最后由 linima 于 2020-9-30 13:16 编辑

%nprocshared=28
%mem=40GB
%chk=BDTP-.chk
#p opt b3lyp scrf=(solvent=water,smd) geom=connectivity def2svp
Title Card Required
-1 2

以上是优化用的关键词,我是想计算带一个负电荷时候的能量,电荷就是-1,自旋多重度根据α-β+1应该是2,然后用隐式溶剂模型计算在水溶剂中的能量。但是出现这个不收敛的情况。如果计算不带电荷的,或者带正电荷的情况都是收敛的,还请sob老师和大家帮忙看看该怎么处理。

Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7630,   after     0.7501
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/users_home/201962104012/g09/l502.exe at Tue Sep 29 18:47:57 2020.
Job cpu time:       0 days 23 hours 32 minutes 46.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   3308 Int=      0 D2E=      0 Chk=    112 Scr=      1

以上是返回的log文件。

分子的结构如图:

BDTP-.com

7.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

计算的输入文件

BDTP-.log

461.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

返回的log文件

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发表于 Post on 2020-9-30 13:19:18 | 只看该作者 Only view this author
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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发表于 Post on 2020-9-30 15:36:06 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-9-30 12:38
老师,中秋节节日快乐,
J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 7462−7473文献给了一个相对自由能计算ee值的 ...

指数上Grel(Si)、Grel(Ri)(非字母符号懒得打了)分别是顺着第i条路径生成S手性产物的活化Gibbs自由能,和顺着第i条路径生成R手性产物的活化Gibbs自由能。
活化Gibbs自由能等于过渡态的Gibbs自由能减去反应物的Gibbs自由能。
至于如何读取Gibbs自由能,那和你用的计算软件有关了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-9-30 15:38:06 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-9-29 22:28
请问老师,gaussian的输入文件命令行中方法与基组之间要有/,例如b3lyp/def2tzvp。请问老师,如果不加/,只 ...

这种问题试一下不就知道了
要是linux命令不确定怎么写,那还值得问一下,因为操作不当可能把系统文件删了
计算的输入文件再怎么写错也不会有什么后果
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-30 16:38:21 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-9-30 12:38
老师,中秋节节日快乐,
J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 7462−7473文献给了一个相对自由能计算ee值的 ...

搞懂反应速率常数怎么算的,自然就能理解了,看
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-30 16:38:56 | 只看该作者 Only view this author
linima 发表于 2020-9-30 13:15
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-30 16:39:33 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-9-29 22:28
请问老师,gaussian的输入文件命令行中方法与基组之间要有/,例如b3lyp/def2tzvp。请问老师,如果不加/,只 ...

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发表于 Post on 2020-9-30 23:55:27 | 只看该作者 Only view this author
     
      老师!节日快乐!
      请教问题,如果说反应物苯环上的羟基成糖后,对于苯环上其他位点的取代或者加成反应活性的影响从理论计算角度该如何考察?反应势垒的计算结果和实验并不符合,是否应该用静电势和平均局部离子化能?还是从电子云密度的角度说明?除此之外,是否还有其他的方法?     谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-10-1 11:12:50 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-9-30 23:55
老师!节日快乐!
      请教问题,如果说反应物苯环上的羟基成糖后,对于苯环上其他位点的 ...

首先什么叫成糖?指的是成糖苷吗?
如果是的话,溶剂效应和构象非常重要,可以考虑增加显式溶剂分子,并且充分搜索构象。此外有的反应可能会被H+、OH-或水分子催化,如果没有注意这种问题,计算结果很容易定性错误。类似静电势之类的判据远不如势垒靠谱,你的重心应该放在如何解释势垒和实验的区别(不一定是计算的问题,也可能是实验结果解读有误)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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