计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11776#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 06:26:47 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-10-13 03:15
Sob老师,我计算带有缺陷的碳材料体系时,发现虽然单重态下能量最低,但是体系中有些地方可能具有不成对的 ...

1 是
2 否。guess里再写always才是这样。默认情况优化的每一步都用上一步收敛的波函数当初猜
3 如果明确知道肯定是闭壳层的,加上那些会导致收敛所需步数增多,徒增耗时。另外,也不是光靠guess=mix就总能保证收敛到对称破缺态,很多时候还得靠片段初猜、stable=opt才能达到目的。拿不准的时候先当闭壳层算,同时用stable测试一下稳定性。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
wrtgcn + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

31

eV
积分
46

Level 2 能力者

11777#
发表于 Post on 2020-10-13 11:49:45 | 只看该作者 Only view this author

gaussian计算铬类MOF催化剂以及溴阴离子过渡态需要用赝势基组吗?还是6-31G就行?

计算反应机理过渡态一直失败,原子数不多三十几个

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

11778#
发表于 Post on 2020-10-13 13:49:47 | 只看该作者 Only view this author
你为什么发到分子模拟板块来

首先无论什么情况都不回去用6-31G,极化函数都没有的基组连水分子都不能准确描述,至少6-31G*

第二就是MOF催化你用的什么模型,团簇模型是怎么扣的,有没有考虑溶剂效。

MOF扣团簇需要处理好边缘,做好固定并处理好电荷问题。

113

帖子

0

威望

1822

eV
积分
1935

Level 5 (御坂)

11779#
发表于 Post on 2020-10-13 14:18:30 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,优化钒酸盐,对钒用的是SDD及其赝势基组,对前三周期元素用的是6-311g**;单点能用的是B2PLYP-D3/def2-QZVP,用的是全电子基组;想问一下这样的搭配---优化中用到了赝势,而单点能是全电子基组,是否合适?

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11780#
发表于 Post on 2020-10-13 17:13:14 | 只看该作者 Only view this author
a770673325 发表于 2020-10-12 20:39
老师好,我在统记能量的时候发现一个问题,就是像图中一样优化结构的log文件中的能量与该结构算单点能的log ...

你的结构优化对Co和I都用了赝势,但是单点能计算只对I用了赝势,所以单点能计算多了钴的内层电子的能量,因而能量低了很多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11781#
发表于 Post on 2020-10-13 17:15:56 | 只看该作者 Only view this author
409407227 发表于 2020-10-13 14:18
卢老师您好,优化钒酸盐,对钒用的是SDD及其赝势基组,对前三周期元素用的是6-311g**;单点能用的是B2PLYP- ...

对于钒而言,尤其不是CCSD(T)这种高精度的计算,问题不大。
但对于第二过渡周期或更重的元素,赝势提供的相对论效应一般是不可忽略的,这时应该始终用赝势,或用全电子基组配合标量相对论方法。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11782#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 17:49:49 | 只看该作者 Only view this author
ljk 发表于 2020-10-13 11:49
计算反应机理过渡态一直失败,原子数不多三十几个

看清楚板块再发贴,量化问题别发到分子模拟版

仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

是否失败跟基组没必然关系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11783#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 17:50:46 | 只看该作者 Only view this author
409407227 发表于 2020-10-13 14:18
卢老师您好,优化钒酸盐,对钒用的是SDD及其赝势基组,对前三周期元素用的是6-311g**;单点能用的是B2PLYP- ...

没有问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

11784#
发表于 Post on 2020-10-13 18:20:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-10-13 18:21 编辑
wzkchem5 发表于 2020-10-13 17:15
对于钒而言,尤其不是CCSD(T)这种高精度的计算,问题不大。
但对于第二过渡周期或更重的元素,赝势提供 ...

反正是算相对能量,基组层面不影响,前后电子数总是一样的。方法嘛那是另一回事了

5

帖子

0

威望

35

eV
积分
40

Level 2 能力者

11785#
发表于 Post on 2020-10-13 18:47:51 | 只看该作者 Only view this author

[新手求助] Gaussian计算后LUMO和HOMO出现α和β两组,如何比较?

本帖最后由 each17 于 2020-10-13 19:27 编辑

[新手求助] 请问Gaussian计算后LUMO和HOMO出现α和β两组,能隙gap怎么比较?是对比α和β的HOMO,最大(带负号比较)选为最终HOMO,LOMO同理,然后相减算能隙吗?求参考文献,谢谢

113

帖子

0

威望

1822

eV
积分
1935

Level 5 (御坂)

11786#
发表于 Post on 2020-10-13 21:01:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-13 17:15
对于钒而言,尤其不是CCSD(T)这种高精度的计算,问题不大。
但对于第二过渡周期或更重的元素,赝势提供 ...

谢谢你的解答,我的问题是优化采用赝势,而单点计算采用了全电子基组是否合适?

113

帖子

0

威望

1822

eV
积分
1935

Level 5 (御坂)

11787#
发表于 Post on 2020-10-13 21:02:20 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-10-13 18:20
反正是算相对能量,基组层面不影响,前后电子数总是一样的。方法嘛那是另一回事了

谢谢你的解答

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11788#
发表于 Post on 2020-10-13 21:51:22 | 只看该作者 Only view this author
409407227 发表于 2020-10-13 21:01
谢谢你的解答,我的问题是优化采用赝势,而单点计算采用了全电子基组是否合适?

没什么问题,这方面没有特别的统一要求,只要赝势和全电子基组对于你的体系算得都准就行了,而我刚才说了因为你的体系相对论效应比较弱,所以确实是都可以用的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11789#
发表于 Post on 2020-10-13 21:55:58 | 只看该作者 Only view this author
each17 发表于 2020-10-13 18:47
[新手求助] 请问Gaussian计算后LUMO和HOMO出现α和β两组,能隙gap怎么比较?是对比α和β的HOMO,最大(带 ...

取决于你需要研究的性质,不同情况下需要取的HOMO和LUMO不同
如果是和电化学氧化峰还原峰的距离相比较,那么应该取两个HOMO中较高的,和两个LUMO中较低的,求差
如果是和UV-Vis比,那么应该取(alpha HOMO和alpha LUMO的差)和(beta HOMO和beta LUMO的差)中较小的,因为UV-Vis有自旋选律,跃迁前后的自旋必须相同
但是两种情况下,用gap去对实验都是非常粗糙的,建议对于电化学,应该做阳离子自由基和阴离子自由基的单点能计算,对于UV-Vis应该做TDDFT计算,而不要过度依赖HOMO-LUMO gap。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

5

帖子

0

威望

35

eV
积分
40

Level 2 能力者

11790#
发表于 Post on 2020-10-13 22:57:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-13 21:55
取决于你需要研究的性质,不同情况下需要取的HOMO和LUMO不同
如果是和电化学氧化峰还原峰的距离相比较, ...

谢谢老师,我是想看掺氮石墨烯化学吸附性能,已经做了单电能计算吸附能,再用gap和亲电指数做吸附催化性能分析,可以么?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 21:51 , Processed in 0.214760 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list