计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11761#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 20:01:53 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-7 22:28
非常感谢您的回复!

还有个问题想请教一下:从S1-S0态,是指分析激发态势能曲线能量最低点的优化后的 ...

优化S0-S1的势能面极小交叉点,从S1到这个点的能量差就能在一定程度上考察内转换的难易。至少如果能量差很大的话肯定在常温下难以发生。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11762#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 20:03:33 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-8 02:30
打开输出文件后显示如下:

把输出文件中任务正常结束后又接着算的那部分文字删掉后就能用高斯view打开 ...

贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

IRC和freq任务写在一起没意义

chk比rwf小得多得多,不可能因为chk占满硬盘跑不了,硬盘被写满那也是rwf的锅
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11763#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 20:07:31 | 只看该作者 Only view this author
wangchunchun 发表于 2020-10-9 11:10
老师 请问用shermo算分子在溶剂下的构象权重比例的时候,我知道单点能是需要溶剂下计算的结果,那优化振动 ...

只要体系没有局部带显著电荷,在真空下做opt freq也可以。拿不准的话就在溶剂模型下做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

19

帖子

0

威望

257

eV
积分
276

Level 3 能力者

11764#
发表于 Post on 2020-10-10 19:13:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-9 20:01
优化S0-S1的势能面极小交叉点,从S1到这个点的能量差就能在一定程度上考察内转换的难易。至少如果能量差 ...

谢谢老师的回答!但是我好像不太明白您的意思,
是用这个软件sobMECP算S0-S1的势能面极小交叉点么?但是用这个软件的前提是“两种不同自旋多重度的态之间”,同一个物质的S0态和S1态的自旋多重度应该是相同的吧,那我是不是就要用CASSCF来做?
还有就是,如果可以用sobMECP计算的话,我的激发态构型无法通过优化得到,在优化过程中会直接变成酮结构,那要如何计算S0-S1的势能面极小交叉点呢?

计算新手,希望得到您的回答!
谢谢sob老师!

3

帖子

0

威望

342

eV
积分
345

Level 3 能力者

11765#
发表于 Post on 2020-10-11 10:28:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-9 17:53
第一个图显然1.gjf不在当前目录,提示说得非常明白

g09: command not found显然是Gaussian没恰当安装 ...

谢谢老师,本人又按照老师的博文卸载重装了一遍gaussian,与之前不同的是登录用户改成了自己的用户,之前一直用的root用户,运行成功了

134

帖子

0

威望

1444

eV
积分
1578

Level 5 (御坂)

11766#
发表于 Post on 2020-10-11 14:47:14 | 只看该作者 Only view this author
请教一个基组选择的问题,我算的体系是铀酰和有机配体结合的阴离子配合物体系,有机配体含C H O Cl,请问选择6-311++G(d,p)是否合适呢?或者是否有更合适的基组?

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11767#
发表于 Post on 2020-10-11 14:50:09 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-11 14:47
请教一个基组选择的问题,我算的体系是铀酰和有机配体结合的阴离子配合物体系,有机配体含C H O Cl,请问选 ...

如果没有显著带负电的氢,那么非金属元素6-311+G(d,p)就够了。其他方面没问题。
不过其实这里主要问题在于铀的基组,有机元素的基组都是次要的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

11768#
发表于 Post on 2020-10-11 14:52:45 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-10 19:13
谢谢老师的回答!但是我好像不太明白您的意思,
是用这个软件sobMECP算S0-S1的势能面极小交叉点么?但是 ...

严格做法需要用CASSCF或者spin-flip TDDFT,而且要搜索锥形交叉点而非MECP。
普通TDDFT在S0-S1交叉点附近的行为存在定性错误,不是太可靠
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

11769#
发表于 Post on 2020-10-12 15:23:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想计算一批分子S1与T1间的ISC与RISC速率定性的考察问题,对于很多分子的话都计算频率分析较为费时,可否采用四点法来近似处理重组能呢? 另外,如此这般处理,S1-T1与T1-S1之间的重组能是不是一样的呀?辛苦老师~

134

帖子

0

威望

1444

eV
积分
1578

Level 5 (御坂)

11770#
发表于 Post on 2020-10-12 17:03:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-11 14:50
如果没有显著带负电的氢,那么非金属元素6-311+G(d,p)就够了。其他方面没问题。
不过其实这里主要问题在 ...

铀采用的是SDD赝势基组,另外体系中有个化合物具有带负电的H

5

帖子

0

威望

53

eV
积分
58

Level 2 能力者

11771#
发表于 Post on 2020-10-12 20:39:06 | 只看该作者 Only view this author

输出log文件能量与单点能的能量差距较大是正常的吗

老师好,我在统记能量的时候发现一个问题,就是像图中一样优化结构的log文件中的能量与该结构算单点能的log文件中的能量出入很大,如果所有结构都出现这种情况,请问这种情况是正常的吗

QQ图片20201012202759.png (64.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

QQ图片20201012202759.png

CoTS-2PCM-TCO2-1.gjf

6.1 KB, 阅读权限: 30, 下载次数 Times of downloads: 2

结构

CoTS-2PCM-TCO2-1-pcm.gjf

10.37 KB, 阅读权限: 30, 下载次数 Times of downloads: 2

单点能

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11772#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 22:33:06 | 只看该作者 Only view this author
a770673325 发表于 2020-10-12 20:39
老师好,我在统记能量的时候发现一个问题,就是像图中一样优化结构的log文件中的能量与该结构算单点能的log ...

不同计算级别得到的绝对能量没有可比性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11773#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 22:34:08 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-10-12 15:23
Sob老师,我想计算一批分子S1与T1间的ISC与RISC速率定性的考察问题,对于很多分子的话都计算频率分析较为费 ...

如果用电子能量计算重组能,本来就不涉及到振动分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

11774#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 22:36:26 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2020-10-10 19:13
谢谢老师的回答!但是我好像不太明白您的意思,
是用这个软件sobMECP算S0-S1的势能面极小交叉点么?但是 ...

诸如Gaussian的CASSCF有opt=conical可以优化S0和S1的圆锥交叉点。当前问题不适合sobMECP(但也不是绝对不行,看具体情况,以及用的理论方法)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

11775#
发表于 Post on 2020-10-13 03:15:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我计算带有缺陷的碳材料体系时,发现虽然单重态下能量最低,但是体系中有些地方可能具有不成对的电子。在读了您的博文“谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态”后,还想请教3个问题:

1. guess=mix关键词只是影响了初始结构波函数的初猜吗?
2. 如果带着guess=mix nosymm关键词进行结构优化计算,是否相当于优化过程中,每一步计算能量时都首先改变了波函数的初猜?
3. 考虑到即使对称态是最稳定的,使用了guess=mix也不会影响最终结果,因此在进行“可能为自旋极化单重态体系”的计算时是否可以始终采用guess=mix nosymm关键词?

麻烦您了,谢谢!
It's my life and it's now or never

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 20:37 , Processed in 0.240470 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list