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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-12-3 14:37:33 | 只看该作者 Only view this author
xiapin 发表于 2020-12-3 10:18
求助:高斯16做结构优化,想在笛卡尔坐标下固定原子(0、-1那种方法),苯环上的C需要固定,其他侧链上的C ...

在gaussview里把鼠标放到想要固定的原子上面,左下角会显示原子编号
然后用一个能显示行号的文本编辑器打开,按原子编号找到对应的那一行就行
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2020-12-3 16:10:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-3 14:37
在gaussview里把鼠标放到想要固定的原子上面,左下角会显示原子编号
然后用一个能显示行号的文本编辑器 ...

可以了,谢谢啦

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发表于 Post on 2020-12-3 16:16:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-2 13:38
贴具体报错信息,如果不知道哪些信息是报错信息,那就贴输出文件的最后几十行。
造成L9999报错的原因多 ...

我在报错的基础上重新再继续优化,最终出来了,谢谢啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-3 17:13:09 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-12-2 16:52
请问BSE网站为什么选中基组后点击get references没有反应呢,是网站出问题了吗?我应该如何获取6-311++G** ...

Gaussian手册里都能查到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-12-6 10:25:10 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,抱歉搅扰咨询一个小问题。在前人的文献中看到有用NWChem软件计算B3LYP的,浏览了一下NWChem的手册,感觉其中的B3LYP用的貌似是VWN5相关泛函,不知道是否正确?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-6 15:54:40 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2020-12-6 10:25
卢老师好,抱歉搅扰咨询一个小问题。在前人的文献中看到有用NWChem软件计算B3LYP的,浏览了一下NWChem的手 ...

我实测了一下,NWChem的B3LYP的结果和Gaussian的精确相同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-6 17:58:00 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在Linux服务器上进行高斯运算时,经常发现L502时既不能达到CPU满载也没有达到我设置的最大内存,请问这是什么原因呢?

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发表于 Post on 2020-12-6 18:51:33 | 只看该作者 Only view this author
fwz3888 发表于 2020-12-6 17:58
老师您好,我在Linux服务器上进行高斯运算时,经常发现L502时既不能达到CPU满载也没有达到我设置的最大内存 ...

CPU不满载是因为并行化效率不是100%(比如有的计算步骤只能用一个核,但是选哪个核来完成这个计算步骤是随机的,平均一下就会显得每个核的占用率都不到100%),没有达到最大内存是因为这个计算任务本身就不需要那么大的内存。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-6 22:50:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-6 15:54
我实测了一下,NWChem的B3LYP的结果和Gaussian的精确相同

多谢卢老师!劳您费心了!

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发表于 Post on 2020-12-7 22:17:24 | 只看该作者 Only view this author
请问老师:如何使用Molclus结合xtb做团簇初始构型搜索?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 04:03:27 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-12-7 22:17
请问老师:如何使用Molclus结合xtb做团簇初始构型搜索?

跑动力学,均等跨度间隔地取一批帧。具体来说,VMD载入xtb的轨迹,选save coordinate保存新的xyz,里面stride框里可以设每隔多少帧保存一次
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发表于 Post on 2020-12-8 15:24:06 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近帮同学计算了吸收光谱和分子轨道的HOMO-LUMOgap,有审稿人就问了HOMO-LUMOgap和吸收光谱对应的问题。刚刚拜读了您的帖子-正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO(http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html),发现能很好地回答这个疑问。我准备用您帖子里写到的轨道能量差与激发能之间应该还相差一个激子结合能来回复审稿人,想问您一下,关于这方面有没有相关的参考文献呢,谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2020-12-8 15:41:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CayJ 于 2020-12-8 19:23 编辑

请问老师:按照http://sobereva.com/451,安装OpenMPI3.1.4时,输入mpiexec -V,出现如下错误:
no executable provided
setting default values failed
error parsing parameters
不知道是什么情况?

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发表于 Post on 2020-12-8 19:08:35 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-12-8 15:24
Sob老师好,最近帮同学计算了吸收光谱和分子轨道的HOMO-LUMOgap,有审稿人就问了HOMO-LUMOgap和吸收光谱对 ...

这种不需要引任何参考文献,任何讲TDDFT的教材都有
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-8 19:10:07 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-12-8 15:41
请问老师:按照http://sobereva.com/451,安装OpenMPI3.1.4时,输入mpiexe -V,出现如下错误:
no executa ...

mpiexec -V,不是mpiexe,另外V必须大写。
Zikuan Wang
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