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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-12-24 19:41:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-24 13:18
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272(http://bbs.keinsci.com/thread-53 ...

好的,谢谢

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发表于 Post on 2020-12-24 19:42:05 | 只看该作者 Only view this author
在Gaussian输入文件中,配合物的电荷是看金属的电荷吗,锌应该是+2吧,那是不是就要写2,还是说看分子的电荷,整体不带电,那就是0呢。。一直搞不明白,求问

QQ截图20201224193850.png (13.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

QQ截图20201224193850.png

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发表于 Post on 2020-12-24 21:41:20 | 只看该作者 Only view this author

求助:DFT计算设置自旋多重度

想算两个分子的作用能,我认为自旋多重度的那一行应该设置为“-1 2 0 1 -1 2“,但是一直提示自旋多重度不对。根据不懈努力排列组合,目前成功运行的文件设置是“-1 1 0 2 -1 2“,这是为什么?
%chk=1.chk
%nprocshared=32
%mem=14GB
# opt freq b3lyp/6-311+G** Counterpoise=2

Title Card Required

-1 1 0 2 -1 2
C                  0.55667000   -0.33412100    0.21044800  1
C                 -0.45058900    0.48690300   -0.13983800  1
H                 -0.24549800    1.48944100   -0.49641500  1
C                  2.03299500   -0.01005700    0.02997300  1
C                 -1.86084300    0.14635500   -0.06840000  1
O                  2.62429900   -0.89590600   -0.63355500  1
O                 -2.78956400    0.88004700   -0.36984700  1
H                  0.32863300   -1.33221000    0.57358500  1
O                 -2.12746000   -1.12249800    0.39195400  1
H                 -3.09165100   -1.18637600    0.39109000  1
O                  2.46011600    1.05019000    0.52877800  1
O                  3.69868266    3.29100083    1.28033486  2
H                  4.65868266    3.29100083    1.28033486  2
H                  3.37822807    4.19593667    1.28033486  2





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发表于 Post on 2020-12-24 23:33:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-24 13:18
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272(http://bbs.keinsci.com/thread-53 ...

老师,PBE0-D3的输入没看明白。。。需要什么命令呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 04:55:25 | 只看该作者 Only view this author
z472673893 发表于 2020-12-24 23:33
老师,PBE0-D3的输入没看明白。。。需要什么命令呢

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
以及
http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 04:55:36 | 只看该作者 Only view this author
z472673893 发表于 2020-12-24 19:42
在Gaussian输入文件中,配合物的电荷是看金属的电荷吗,锌应该是+2吧,那是不是就要写2,还是说看分子的电 ...

看整体
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 07:24:40 | 只看该作者 Only view this author
SpongeBob 发表于 2020-12-24 21:41
想算两个分子的作用能,我认为自旋多重度的那一行应该设置为“-1 2 0 1 -1 2“,但是一直提示自旋多重度不 ...

干嘛要排列组合,一次性写对了不就完了,瞎算就算不报错结果也没意义

直接用B3LYP算弱相互作用是完全没有基本常识的表现,仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

绝对不要带着counterpoise做opt freq,瞎耽误巨量时间,仔细看此文
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

显然应该写-1 1、-1 1、0 1   (假设你截图左半边那个是阴离子而不是中性的自由基)
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发表于 Post on 2020-12-25 10:37:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-25 07:24
干嘛要排列组合,一次性写对了不就完了,瞎算就算不报错结果也没意义

直接用B3LYP算弱相互作用是完全 ...

谢谢老师,我重新学习一下

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发表于 Post on 2020-12-25 15:23:22 | 只看该作者 Only view this author

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-12-25 16:08:44 | 只看该作者 Only view this author
请问老师在做一个体系的反应机理时,采用pbe0/def2svp优化和频率计算,体系共含100左右个原子,反应密切相关区域30左右原子,各种能量极小点的结构和过渡态进行频率验证,几何优化还能承受,但频率计算量较大,请问老师:
1. 对于能量极小点结构的频率验证可以将反应域外的原子固定,固定的原子不计算频率吗?会节省很多时间吗?
2. 对于过渡态结构的频率验证可以将反应区域外的原子固定,固定的原子不计算频率吗?会节省很多时间吗?
3. 如果通过固定原子计算频率得到的热力学数据,如吉布斯自由能还能正常使用吗?
4. 反应以外区域对反应区的提供和储存电子等方面还有影响,所以只想固定非反应区,还不想将非反应区去掉,请问老师这样做合理吗?
5.请问老师还有其它方法能解决较大体系的频率计算?
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-26 05:37:00 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-12-25 16:08
请问老师在做一个体系的反应机理时,采用pbe0/def2svp优化和频率计算,体系共含100左右个原子,反应密切相 ...

有个像样的双路服务器,100原子左右这种级别做振动分析根本就没什么压力,我建议你就别折腾了,各种技巧折腾一通可能结果不如预期,审稿人还可能质疑,还不如直接常规方式做freq

我36核机子算个200+原子体系的振动分析,也就半天多就算完了。
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发表于 Post on 2020-12-26 09:48:42 | 只看该作者 Only view this author

gview导出输入文件——求助

利用gview导出输入文件,带有红色方框里的内容,请问如何设置能去除使输入文件看上去更简洁谢谢

1.png (30.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2020-12-26 10:20:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-26 05:37
有个像样的双路服务器,100原子左右这种级别做振动分析根本就没什么压力,我建议你就别折腾了,各种技巧 ...

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-26 17:30:50 | 只看该作者 Only view this author
段时间 发表于 2020-12-26 09:48
利用gview导出输入文件,带有红色方框里的内容,请问如何设置能去除使输入文件看上去更简洁谢谢

手动删了就完了
用列模式删除并不费事。也可以试图用awk之类工具自动删除
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发表于 Post on 2020-12-28 15:20:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,问一个跟产物比例有关的问题。一个动力学控制反应,其原料存在两种构象(可快速转化,转化能垒低于反应能垒)A1与A2,同时A1对应过渡态TS1,A2对应过渡态TS2,同时A1对应产物B1,A2对应过渡态B2,已知A1与A2的玻尔兹曼分布分别对应w1与w2,我想问一下B1与B2的产物比例是否为:w1乘以Kts1/w2乘以Kts2(K为对应Ts的速率常数)

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