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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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12196#
发表于 Post on 2020-12-17 10:59:53 | 只看该作者 Only view this author
(1)常识:单原子没有键长键角,没有几何结构,无需opt。如果你想得到热力学量,直接freq即可。
(2)自定义基组/赝势格式有误。仔细阅读sob老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60
建议也检查自己之前的计算,看是否犯了类似错误。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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12197#
发表于 Post on 2020-12-17 13:27:09 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian中如何合理安排内存

新手新手一枚,计算如葡萄糖、木糖果糖这样的分子,内存设置成多少比较合适,我设置为500mb 计算时一直在502停留很久,不过正常结束了。另外就是高斯09 和高斯16对于内存的设置有要求吗?

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12198#
发表于 Post on 2020-12-17 15:10:08 | 只看该作者 Only view this author
也要看你多少核心去算,和看你用什麼理論方法計算。但一般來說內存要求不高,但如果你20核只有500 mb,那就的確有點少。

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12199#
发表于 Post on 2020-12-17 15:32:38 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近准备研究一个Sb配合物催化的有机反应,想问下Sob老师,泛函选用B3LYP-D3或者M062X-D3是否合适,哪个更加合适一些,谢谢老师

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12200#
发表于 Post on 2020-12-17 16:38:24 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢您,赝势基组我已经改了,已经可以了,谢谢您。

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发表于 Post on 2020-12-17 18:00:38 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-12-17 15:32
Sob老师好,最近准备研究一个Sb配合物催化的有机反应,想问下Sob老师,泛函选用B3LYP-D3或者M062X-D3是否合 ...

反应里Sb是几价?涉及变价吗?
Sb只是Lewis酸/Lewis碱的情形,和涉及Sb自由基的情形,最适合的泛函可能是有区别的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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12202#
发表于 Post on 2020-12-17 20:16:30 | 只看该作者 Only view this author
请问如何查看高斯输出文件(.log)的跃迁电偶极矩,Transition dipole moment in X/Y/Z
另外我想做一下电子空穴分析,感觉怎么设置格点都不太合适,(Integral of hole和Integral of electron)空穴和电子在全空间的积分值为0.97-0.98,请问这在合理范围内吗?

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发表于 Post on 2020-12-17 20:43:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-17 18:00
反应里Sb是几价?涉及变价吗?
Sb只是Lewis酸/Lewis碱的情形,和涉及Sb自由基的情形,最适合的泛函可能 ...

感谢老师回复,目前来看Sb不涉及变价问题,可能只是作为Lewis酸起到作用。想问下老师这种情况下什么泛函比较合适。还有就是想多问老师一句,如果Sb出现变价的情况,用什么泛函比较合适呢?谢谢老师

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12204#
发表于 Post on 2020-12-17 20:50:37 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2020-12-17 20:16
请问如何查看高斯输出文件(.log)的跃迁电偶极矩,Transition dipole moment in X/Y/Z
另外我想做一下电 ...

可以直接在log文件里面搜索excited或者dipole moments,一搜就能搜出来偶极矩。关于电子空穴分析的就不太会了。。。

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发表于 Post on 2020-12-17 21:20:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-17 08:39
正常用计算化学软件做科研的话,还是买超算机时吧。。。不仅不用担心硬件折损问题,而且跑的速度可以快很 ...

谢谢老师,我就是本科自己跑高斯,学校没有超算

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发表于 Post on 2020-12-17 21:23:41 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-12-17 20:43
感谢老师回复,目前来看Sb不涉及变价问题,可能只是作为Lewis酸起到作用。想问下老师这种情况下什么泛函 ...

B3LYP应该就可以了。我用B3LYP算过Sn配合物,还挺准的,Sb应该差不多。
Sb如果变价,尤其假如涉及Sb自由基的话,有可能需要M06-2X这类HF交换成分比较多的泛函,因为自相互作用误差比较重要。
不过不管是哪种情况,都建议尽可能显式考虑相对论效应,这种体系赝势不一定靠谱。我不知道你用的软件是什么,如果支持X2C尽量用X2C,否则用ZORA或DKH。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-17 22:21:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-17 09:48
1 CPU的寿命根本不需要担心。真到了能影响CPU寿命的超高温度前就已经自动降频了。高温影响的是周围元件的 ...

哦哦,了解了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-12-17 22:29:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-17 21:23
B3LYP应该就可以了。我用B3LYP算过Sn配合物,还挺准的,Sb应该差不多。
Sb如果变价,尤其假如涉及Sb自由 ...

好的收到,谢谢老师,我用的软件就是高斯。考虑相对论效应这个之前没有了解过,之后我再去找找Sob老师的帖子学习一下,谢谢老师建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 06:12:36 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2020-12-17 20:16
请问如何查看高斯输出文件(.log)的跃迁电偶极矩,Transition dipole moment in X/Y/Z
另外我想做一下电 ...

1 此文4.1节写明了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

2 没什么问题。尤其是如果你只是关注图形而不是定量指数,对格点要求更低。
影响积分精度的就两个因素:延展距离、格点间距。不要只考虑了其中一方
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 06:16:47 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-12-17 22:29
好的收到,谢谢老师,我用的软件就是高斯。考虑相对论效应这个之前没有了解过,之后我再去找找Sob老师的 ...

一般情况的话,用def2-TZVP描述Sb(此时是小核赝势+质量足够好的价层基组)不至于有明显问题。对于Gaussian,用相对论哈密顿(如常用的DKH2)做全电子相对论计算会导致没有解析梯度,做个优化都特别慢。
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