简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

a1063021280 · 发表于 Post on 2020-12-30 10:13:23

snljty 发表于 2020-12-30 10:12
摘自卢老师slides

如果是第一种情况，你又没保存rwf，那么没戏。

十分感谢

a1063021280 · 发表于 Post on 2020-12-30 10:18:47

snljty 发表于 2020-12-30 10:12
摘自卢老师slides

如果是第一种情况，你又没保存rwf，那么没戏。

rwf文件是什么呢我有chk 和没跑完的out

snljty · 发表于 Post on 2020-12-30 10:50:34

a1063021280 发表于 2020-12-30 10:18
rwf文件是什么呢我有chk 和没跑完的out

读写文件。默认会在你的$GAUSS_SCRDIR下，如果没有定义名字，正常算完会默认自动删除。如果你之前没定义rwf文件的名字，
找一下你的out文件前几行，Entering Link 1 = ....... PID= xxxx.
找一下你的$GAUSS_SCRDIR下有没有叫Gau-xxxx.rwf的文件，xxxx是上面一行的PID后面的数，有的话这就是你上一次的rwf。指定%rwf=这个文件的路径，继续跑就可以。

a1063021280 · 发表于 Post on 2020-12-30 13:11:54

snljty 发表于 2020-12-30 10:50
读写文件。默认会在你的$GAUSS_SCRDIR下，如果没有定义名字，正常算完会默认自动删除。如果你之前没定义r ...

谢谢你我找到啦

lastzealot · 发表于 Post on 2020-12-30 20:24:54

Sob老师，我们单位买了一组服务器，我在上面安装高斯的时候出现了些问题，咨询一下您，问题如下。
~/.bashrc文件中写入
#g09
export g09root=/public/home/myy/app
export GAUSS_SCRDIR=/public/home/myy/app/g09/tmp
source /public/home/myy/app/g09/bsd/g09.profile
然后source一下，结果显示
-bash: /public/home/myy/app/g09/gau-machine: Permission denied
请问这是怎么回事？
以前在别的服务器及自己的电脑上都没有过这个问题，我不知道该如何解决了，在网上找了一些方法也不大好使。
但是其他软件，如openmpi，在bashrc文件中加入环境变量后就好使。

请问Sob老师，这个问题应该如何解决？谢谢老师

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-30 20:33:16

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-30 20:48 编辑

lastzealot 发表于 2020-12-30 20:24
Sob老师，我们单位买了一组服务器，我在上面安装高斯的时候出现了些问题，咨询一下您，问题如下。
~/.bash ...

很可能是你的gau-machine可执行权限消失了，造成这种情况一般是
（1）在不同系统间复制、发送文件造成的。理论上应该压缩之后发送，然后到linux下再解压。你可以试试运行
chmod +x /public/home/myy/app/g09/gau-machine
（这意味着可能还有其他文件的权限也乱套了，只改这一个文件未必管用）

（2）你对此文件夹/文件没有执行权限，这就是linux基本操作了。chown修改所属用户，chgrp修改所属组，chmod修改权限。例如
chown -R 用户名 /public/home/myy/app/g09
详细的自己再搜索搜索。

小夫大人 · 发表于 Post on 2020-12-30 20:35:44

把scratch文件夹里的读写文件清空后，重新在linux系统提交任务计算irc，计算一会后log和chk文件都没有在更新了，任务没有报错仍在计算，rwf文件还在更新，请问是什么原因？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-12-30 22:04:32

卢老师请问对于一个甘油三酯分子比如三辛酸甘油酯我想看一下甘油三脂不同位置辛酸的被解离下来的难易程度
1. 我是否可以通过福井函数以及Hirshfeld去看解离位点去进行比较
2. 对于甘油三酯这种柔性大原子多的分子假如通过构象搜索发现几种主要构象的自由能是差不多那我该用什么结构去进行分析（1）中的分析您建议选那个相对最主要的构象还是都要看一下
3. 除了（1）中的方法，有没有其他的方法可以说明甘油三脂不同位置脂肪酸被解离下来的难易程度
4. 是否可以通过在XTB下跑AIMD看看甘油三酯在不同温度下的解离情况我尝试在XTB下以380 K的温度下跑了2 ns 的MD 但没有发现甘油三酯的解离
谢谢卢老师
期待您明年的高级班

lastzealot · 发表于 Post on 2020-12-30 22:25:34

本帖最后由 lastzealot 于 2020-12-30 22:27 编辑

zjxitcc 发表于 2020-12-30 20:33
很可能是你的gau-machine可执行权限消失了，造成这种情况一般是
（1）在不同系统间复制、发送文件造成的 ...

谢谢老师
我试了你说的两种方法，还是不行。
但是其他的软件比如molpro、mpirun是没有问题的
这是集群没办法给我开权限
真不知道该咋办了
在其他的服务器上没遇到过

我的是把压缩包直接传到网上的，不是先解压再传的

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-30 22:27:37

lastzealot 发表于 2020-12-30 22:25
谢谢老师
我试了你说的两种方法，还是不行。
但是其他的软件比如molpro、mpirun是没有问题的

联系集群管理员帮你看对应文件夹的权限是否合理。若不合理，请他改一下。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-31 18:08:26

小夫大人发表于 2020-12-30 20:35
把scratch文件夹里的读写文件清空后，重新在linux系统提交任务计算irc，计算一会后log和chk文件都没有在更 ...

显然要用top看CPU是否在算着当前进程，管rwf文件更没更新干嘛
本来算Hessian就很花时间

lastzealot · 发表于 Post on 2020-12-31 22:56:40

zjxitcc 发表于 2020-12-30 22:27
联系集群管理员帮你看对应文件夹的权限是否合理。若不合理，请他改一下。

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-2 00:50:23

土拔鼠发表于 2020-12-30 22:04
卢老师请问对于一个甘油三酯分子比如三辛酸甘油酯我想看一下甘油三脂不同位置辛酸的被解离下来的难易程 ...

不适合用那些预测方法。
应当明确解离的机理，是热解离成自由基，还是通过化学反应解离出什么物质。根据机理，能拿反应势垒说事的拿势垒讨论最有说服力。
如果是热解离的话，380K的温度在有限的模拟时间下几乎不可能观测到稳定的化学键的解离，动力学模拟这样的裂解都得是诸如一两千K。

dingniu2 · 发表于 Post on 2021-1-3 21:13:15

请问老师，在加电场下考察CO与材料M吸附生成M-CO的反应，按照材料M的z方向加电场，算相互作用时还需要分别单独优化CO、M、M-CO，请问老师：
（1）单独优化CO、M-CO时要不要与M的电场方向一致？如果要如何一致？
（2）如果在gview中材料M的结构上粘贴CO的结构会影响材料M的z方向吗？
（3）一个单独的CO电场下优化，是不是在M-CO结构中删除M的坐标，这样就能保证CO与M和M-CO电场方向一致？
（4）电场下计算的电子能量的读取、G的读取与不加电场时一样吗？
谢谢老师！

lastzealot · 发表于 Post on 2021-1-3 22:39:16

老师您好，在Multifn手册中说Etot＝Eele+Eex+Eorb，其中Eele是静电能，Eorb是scf前后能量差，Eex是pauli repulsion能。
请问一下，最后这个Eex应该怎样理解？我没理解到位。
谢谢。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

请问提交任务上去，系统显示任务计算中，但是chk和log文件都没有更新？

浏览过的版块