简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

fffff

wzkchem5 发表于 2020-12-15 22:26
这里有两个问题
第一，CPU占用率不一定代表并行化效率，因为有的时候CPU会做无用功。衡量并行化效率还是 ...

谢谢老师，我再去了解一下计算机方面的知识

fffff

sobereva 发表于 2020-12-16 01:46
如果你是从CPU占用率的角度来比实际计算效率，根本没有可比性
不同程序的算法、代码实现、并行化的考虑 ...

谢谢sob老师，我再去了解一下计算机方面的知识

wzkchem5

huyongxin 发表于 2020-12-16 11:22
sob老师你好，我最近在用molpro的CCSD（T）/TZVPP计算K+离子单点能，可是我set,charge=1的时候，计算就会报 ...

提示一下：.le.是小于等于的意思，没学过fortran的可能不知道。剩下的你应该能看懂了。

huyongxin

wzkchem5 发表于 2020-12-16 16:19
提示一下：.le.是小于等于的意思，没学过fortran的可能不知道。剩下的你应该能看懂了。

你好，我能看懂报错，但是我还是不知道什么意思，另外charge=2可以正常计算，=3也会报这个错误。

zjxitcc

huyongxin 发表于 2020-12-16 11:22
sob老师你好，我最近在用molpro的CCSD（T）/TZVPP计算K+离子单点能，可是我set,charge=1的时候，计算就会报 ...

（1）K+离子是单重态，你虽然写了RHF，但是下一行写UCCSD(T)是想做啥？应该用闭壳层CCSD(T)。
（2）K+离子是惰性气体[Ar]电子排布，Molpro可能把它当成全冻芯处理了，这样一来就没有价轨道，当然也就做不了MP2和CCSD，更别说CCSD(T)。这也是The number of valence orbitals is .le. 0.的意思。

做post-HF计算的时候，一定要对冻芯很敏感，发表文章时也要讲清楚冻结芯轨道的数目。不同程序默认的冻芯设置是不一样的，即使是同一个程序，冻结芯轨道的数目不一样的话，电子能量就不能直接相比较、相加减。解决方案是看molpro手册，手动设置冻结的芯轨道数目。另外，最好检查之前做过的计算，看冻芯是否合理、一致。不能这么推理：不报错->结果就是可用的。

fffff

老师您好，我的win笔记本4核CPUC:\Users\2660494460\Desktop\CPU.jpg，
发现Gaussian（%nproc=2，%mem=1400MB）运行过程中只有一个CPU利用率是100%，网上好像说单线程程序就是只用一个核心？

C:\Users\2660494460\Documents\1.jpg
关于CPU占用率，听到两种说法：
1.CPU经常满载会导致温度过高，减少CPU寿命
2.计算化学软件工作过程中CPU占用率很高是正常的，占用率低反而有问题
我的疑惑：笔记本CPU长时间满载是否会显著影响寿命（B3LYP/6-31g*,大约30个原子体系，暂时先做opt+freq,估计要花不少时间）？Gaussian运行过程中一直只有一个CPU满载是不是存在什么问题？

wzkchem5

fffff 发表于 2020-12-16 21:00
老师您好，我的win笔记本4核CPU，
发现Gaussian（%nproc=2，%mem=1400MB）运行过程中只有一个CPU利用率是1 ...

正常用计算化学软件做科研的话，还是买超算机时吧。。。不仅不用担心硬件折损问题，而且跑的速度可以快很多，还有多得多的内存和硬盘可以用，可以跑一些笔记本上跑不动的TDDFT、MP2、CCSD(T)任务。
如果一定要用笔记本的话，我当时本科自己跑高斯玩的时候，是晚上睡觉的时候把笔记本侧着架起来冷却CPU。。。你要是有那种自带散热扇的笔记本支架是最好的

huyongxin

zjxitcc 发表于 2020-12-16 19:53
（1）K+离子是单重态，你虽然写了RHF，但是下一行写UCCSD(T)是想做啥？应该用闭壳层CCSD(T)。
（2）K+离 ...

哦哦。我了解了，之前一直是做DFT计算的，刚刚接触高精度计算，感谢大佬的解答。我研究一下冻心

sobereva

fffff 发表于 2020-12-16 21:00
老师您好，我的win笔记本4核CPU，
发现Gaussian（%nproc=2，%mem=1400MB）运行过程中只有一个CPU利用率是1 ...

1 CPU的寿命根本不需要担心。真到了能影响CPU寿命的超高温度前就已经自动降频了。高温影响的是周围元件的寿命
2 如果就是Gaussian用普通泛函做opt freq，机子是物理四核，而且%nprocs=4的话，理应四个核占用率都是将近100%

maydaynk

老师们好，我使用Gaussian 09 Revision-D.01版本，体系120个原子，6-31G*基组，SDD赝势基组，关键词为：
# b3lyp/genecp TD opt scrf(SMD, solvent=thf)
优化至40多步报错，报错信息如下：
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    95 -    99 -   120
Tors failed for dihedral    91 -    95 -    99 -   120
Tors failed for dihedral    97 -    95 -    99 -   120
Tors failed for dihedral    98 -    95 -    99 -   120
Tors failed for dihedral    95 -    99 -   120 -    82
Tors failed for dihedral    95 -    99 -   120 -    90
FormBX had a problem.

用GaussView打开最后一步结构，发现碘离子和另外两个原子二面角为180度，在论坛里搜索尝试了以下方法：
1.opt=cartesian，仍然报错，out文件中无报错信息。
2.保存报错前一步结构重新opt，报错，out文件中显示：Add virtual bond connecting atoms I120       and H93        Dist= 7.90D+00.
3.增加一 Linear bend 冗余内坐标，启用Modredundant，报错，out文件中显示：Add virtual bond connecting atoms I120       and H93        Dist= 7.90D+00.

请问各位老师，还有其他解决办法吗？或者是我之前的方法有什么问题导致仍然报错吗？非常感谢！

sirical

sob老师。我在使用gaussian进行优化时会出现这样的情况，导致一直无法收敛，应该怎么解决

sobereva

maydaynk 发表于 2020-12-17 10:12
老师们好，我使用Gaussian 09 Revision-D.01版本，体系120个原子，6-31G*基组，SDD赝势基组，关键词为：
# ...

上传压缩后的opt=cartesian的输出文件，便于别人检验你到底用没用对，或者对错误是否形容得属实。输入文件也最好上传，便于检验是否存在硬伤

sobereva

sirical 发表于 2020-12-17 10:24
sob老师。我在使用gaussian进行优化时会出现这样的情况，导致一直无法收敛，应该怎么解决

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

曲线放大了看

秦宁

我优化单原子Hg用了pbe1pbe和SDD赝势出现了了此类报错，之前没见过这样的报错，麻烦各位帮忙看一下，感激
n-DIIS/RFO-DIIS IScMMF=        0 using points:     2    1
RFO step:  Lambda=-5.96046448D-09.
RFO step:  ModMin= 1 Lambda=-5.96046448D-09 EMin= 0.00000000D+00
Using NR instead of RFO step for point 1.
RFO step:  ModMin= 1 Lambda=-5.96046448D-09 EMin= 0.00000000D+00
Using NR instead of RFO step for point 2.
NNeg= 0 NP= 2 Switch=  2.50D-03 Rises=F DC=  1.14D-13 SmlDif=  1.00D-05
RMS Error=               NaN NUsed= 2 EDIIS=F

978142355

单原子不需要优化，把关键词里的opt去掉。