计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12226#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 01:00:37 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2020-12-19 16:20
怎样找到用B3LYP/6-311+G*方法来计算小分子(比如:CO2)的键长键角?是在log文件里面找吗?我在里面找也找 ...

gview里用ruler工具直接量

以后过于初级的问题不要单独发帖。直接在此帖里跟帖提问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12227#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 01:01:23 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2020-12-19 19:15
各位老师好,
我在学习《结构化学》时,在群论部分只看到关于对称性的相关问题
但是我想学习下点群中不同 ...

Cotton的Chemical Applications of Group Theory
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12228#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 01:03:50 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2020-12-19 15:32
在电脑上安装gview06,解压文件后,当前文件夹下终端运行./gview6.sh报错,直接点击gview.exe运行也一样报 ...

配置方式不当

此文件就在gview目录下的lib/MesaGL/里,将此目录加入LD_LIBRARY_PATH环境变量再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

36

帖子

0

威望

642

eV
积分
678

Level 4 (黑子)

12229#
发表于 Post on 2020-12-20 13:02:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-20 01:03
配置方式不当

此文件就在gview目录下的lib/MesaGL/里,将此目录加入LD_LIBRARY_PATH环境变量再试

感谢社长回复,问题解决!

249

帖子

0

威望

1254

eV
积分
1503

Level 5 (御坂)

争取学好计算化学!

12230#
发表于 Post on 2020-12-20 14:39:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-20 01:00
gview里用ruler工具直接量

以后过于初级的问题不要单独发帖。直接在此帖里跟帖提问

好的,老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

12231#
发表于 Post on 2020-12-20 16:22:18 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-19 12:39
过渡金属不适合用B3LYP。LanL2DZ太小不应该用。你最后一句没看明白你到底想怎么算。
先认真看卢老师这几 ...

多谢老师回复

75

帖子

0

威望

632

eV
积分
707

Level 4 (黑子)

12232#
发表于 Post on 2020-12-20 21:00:32 | 只看该作者 Only view this author
用genmer跑出来含50个初猜团簇构型的traj.xyz,如何用VMD软件一个一个切换看,而不是做50个.xyz文件?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12233#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 23:51:10 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2020-12-19 21:44
看文献了解到,通常高斯方法可以算homo-lumo,获得带隙。
平面波方法主要得到的是能带图,也可以理解是计 ...

你对最基本概念的理解存在严重误区,仔细看
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html

根本不存在“高斯方法”,高斯只是个程序

算能带图和算homo-lumo完全是两码事

看清楚板块再发贴,以后学术求助帖不要发到“大杂烩”板块。这次给你移动了,下次将删帖处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12234#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 23:51:50 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-12-20 21:00
用genmer跑出来含50个初猜团簇构型的traj.xyz,如何用VMD软件一个一个切换看,而不是做50个.xyz文件?

VMD里切换成轨迹相应的帧不就完了
从来就不应该做50个文件,这种做法太奇葩了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

12235#
发表于 Post on 2020-12-21 15:54:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2020-12-21 19:57 编辑
sobereva 发表于 2020-12-19 09:29
M05-2X/6-31G*仅仅是对于结合SMD算有机体系溶解自由能这一步最合适,其它类型问题或体系既没必要用非得这 ...

多谢sob老师,我看了老师的博文和Truhlar的相关文献,决定采用B3LYP/def2-tzvp算单点(TiO2团簇吸附有机体系)。但是对于结合smd算溶解自由能,不知道合不合适

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12236#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-22 02:08:46 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-21 15:54
多谢sob老师,我看了老师的博文和Truhlar的相关文献,决定采用B3LYP/def2-tzvp算单点(TiO2团簇吸附有机 ...

B3LYP绝对不是好的选择
PBE0-D3(BJ)或TPSSh-D3(BJ)大概率强得多
结合SMD算溶解自由能就用M05-2X/6-31G*,除非你不讲究
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

12237#
发表于 Post on 2020-12-22 10:33:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:08
B3LYP绝对不是好的选择
PBE0-D3(BJ)或TPSSh-D3(BJ)大概率强得多
结合SMD算溶解自由能就用M05-2X/6-31G* ...

太感谢sob老师了!鞠躬鞠躬

19

帖子

0

威望

57

eV
积分
76

Level 2 能力者

12238#
发表于 Post on 2020-12-24 11:16:34 | 只看该作者 Only view this author

求推荐DFT计算80个原子的金属锌配合物所用的方法

CPU是四核的,内存16G,配置有点低,主要想计算配合物催化单体聚合的热量变化,是否可以使用B3LYP-D3,BP86,还是M06-L,MOL-2X或者有没有其他推荐的

1102

帖子

18

威望

6703

eV
积分
8165

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

12239#
发表于 Post on 2020-12-24 13:10:49 | 只看该作者 Only view this author
OPT+FREQ: PBE0-D3(BJ)/6-31G*  [Gaussian]
SP:  RI-wB97M-V/def2-TZVP [ORCA]
Stand on the shoulders of giants

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12240#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 13:18:57 | 只看该作者 Only view this author

仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

没有叫MOL-2X的泛函

明显不适合用B3LYP-D3,上文说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 11:56 , Processed in 0.269795 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list