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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 06:49:29 | 只看该作者 Only view this author
天气很好 发表于 2020-12-17 13:27
新手新手一枚,计算如葡萄糖、木糖果糖这样的分子,内存设置成多少比较合适,我设置为500mb 计算时一直在50 ...

相关问题这里说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

另参看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2020-12-18 09:42:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-18 06:16
一般情况的话,用def2-TZVP描述Sb(此时是小核赝势+质量足够好的价层基组)不至于有明显问题。对于Gaussi ...

好的好的,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-12-18 14:16:35 | 只看该作者 Only view this author
请问一下各位大神,我使用的是MOLRPO计算HCO+和HCO-的势能面和光谱。我是按照官网水分子的例子编写的,方法是CCSD。但是一直找不到输出势能面的代码,翻手册试了很多次也没有进展。到底是已经输出了还是说我没有输入正确的代码?有没有大神懂输出势能面这一块?感谢!!!!

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发表于 Post on 2020-12-18 20:22:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-18 06:49
相关问题这里说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsc ...

好的好的,感谢感谢👌,

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发表于 Post on 2020-12-18 20:44:07 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好,我有个问题想向您请教,您在隐式溶剂模型相关的博客里写到m052x(6-31g*)算smd溶剂模型是最合适,现在我在TiO2这种过渡金属团簇上吸附甲苯,计算吉布斯自由能,讨论光催化机制。为了统一泛函,我准备优化,能量计算都用m052x(6-31g*),这样可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-19 09:29:53 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-18 20:44
sob老师,你好,我有个问题想向您请教,您在隐式溶剂模型相关的博客里写到m052x(6-31g*)算smd溶剂模型是最 ...

M05-2X/6-31G*仅仅是对于结合SMD算有机体系溶解自由能这一步最合适,其它类型问题或体系既没必要用非得这个,也不推荐用这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-19 12:01:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-19 09:29
M05-2X/6-31G*仅仅是对于结合SMD算有机体系溶解自由能这一步最合适,其它类型问题或体系既没必要用非得这 ...

好的,多谢sob老师。优化和电子能量计算都用B3LYP泛函,采取混合基组的方式,对于过渡金属元素用Lanl2dz,CH0元素用6-31g(d),这样的方式处理smd溶剂模型可以吗

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发表于 Post on 2020-12-19 12:39:57 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-19 12:01
好的,多谢sob老师。优化和电子能量计算都用B3LYP泛函,采取混合基组的方式,对于过渡金属元素用Lanl2dz ...

过渡金属不适合用B3LYP。LanL2DZ太小不应该用。你最后一句没看明白你到底想怎么算。
先认真看卢老师这几篇博文。
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》
http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》
http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
《谈谈量子化学中基组的选择》
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
《谈谈赝势基组的选用》
http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》
http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

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发表于 Post on 2020-12-19 15:32:04 | 只看该作者 Only view this author

gview安装求助

在电脑上安装gview06,解压文件后,当前文件夹下终端运行./gview6.sh报错,直接点击gview.exe运行也一样报错:

error while loading shared libraris: libGLU.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory。

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2020-12-19 16:20:03 | 只看该作者 Only view this author

怎样找用B3LYP/6-311+G*方法来计算小分子的键长键角?

怎样找到用B3LYP/6-311+G*方法来计算小分子(比如:CO2)的键长键角?是在log文件里面找吗?我在里面找也找不到。新手求解!
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2020-12-19 16:40:45 | 只看该作者 Only view this author
用GView打开以后量一下不就行了

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发表于 Post on 2020-12-19 19:15:31 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,
我在学习《结构化学》时,在群论部分只看到关于对称性的相关问题
但是我想学习下点群中不同电子态的相关知识,一时间没找到针对性的资料
恳求各位老师帮忙一下

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发表于 Post on 2020-12-19 21:44:52 | 只看该作者 Only view this author

高斯方法 中的DFT计算的能带带隙,和平面波方法中的DFT计算的带隙,哪个更准确些呢?

看文献了解到,通常高斯方法可以算homo-lumo,获得带隙。
平面波方法主要得到的是能带图,也可以理解是计算homo-lumo,获得带隙。

试问,这两个方法,哪个算的带隙更准确些呢?

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发表于 Post on 2020-12-19 22:36:24 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问如何让Gaussian的输出文件中输出球谐型高斯函数,用什么方法或者关键词。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 00:59:20 | 只看该作者 Only view this author
LPY12345 发表于 2020-12-19 22:36
老师,请问如何让Gaussian的输出文件中输出球谐型高斯函数,用什么方法或者关键词。

def2、cc-pVnZ等较现代的基组本身就用球谐型基函数
如果是默认笛卡尔型的,加5d

“输出”这个词语义不明。球谐还是笛卡尔型只有用不用之分,没有输出哪种之分。
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