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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-4 20:43:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使其为刚体?
2)  发生形变后的吸附能计算,E=Eab-Ea-Eb,其中Ea和Eb是不是需要将变形后的结构扣除来计算能量?

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发表于 Post on 2021-1-5 09:29:08 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-4 20:43
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使 ...

一般来说,吸附能包括了A和B变形的能量。只有在做能量分解等计算时,才可能涉及到让A和B是刚体的计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-5 09:33:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-5 09:29
一般来说,吸附能包括了A和B变形的能量。只有在做能量分解等计算时,才可能涉及到让A和B是刚体的计算

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-5 10:43:55 | 只看该作者 Only view this author
请问大家现在orca的动力学能自定义初始速度么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:10:56 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-5 10:43
请问大家现在orca的动力学能自定义初始速度么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:15:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2021-1-3 22:39
老师您好,在Multifn手册中说Etot=Eele+Eex+Eorb,其中Eele是静电能,Eorb是scf前后能量差,Eex是pauli re ...

如1L所示,Multiwfn的问题应发到相应帖子里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:17:25 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-4 20:43
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B上时,发现B吸附前后发生形变

1) 是否需要将B施加限制,使 ...

看你实际要研究的问题、是否与实验对比
如果要计算能够与现实现象对比的、从无穷远到被吸附过程的总能量变化,被吸附物应当用单独优化的结构算能量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:35:44 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-1-3 21:13
请问老师,在加电场下考察CO与材料M吸附生成M-CO的反应,按照材料M的z方向加电场,算相互作用时还需要分别 ...

1 要。直接从优化后的M-CO中抠出相应部分作为初始结构。别忘了检验有无虚频。

2 以笛卡尔坐标轴显示的为准

3 是

4 一样

值得一提的是,在电场下分子朝向可能会自发旋转来降低能量,这是自然而然的事,不用顾虑。
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发表于 Post on 2021-1-5 14:14:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:17
看你实际要研究的问题、是否与实验对比
如果要计算能够与现实现象对比的、从无穷远到被吸附过程的总能量 ...

谢谢老师的回答,计算的目的是想得到A和C吸附到B上的吸附能,进而比较两个物质吸附到B上的难易程度,请问老师,这时被吸附物是否应当用单独优化的结构算能量以及出现形变(不明显)是否合理?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 14:44:25 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-1-5 14:14
谢谢老师的回答,计算的目的是想得到A和C吸附到B上的吸附能,进而比较两个物质吸附到B上的难易程度,请问 ...

应该当单独优化,而且最好用自由能求差来对比
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发表于 Post on 2021-1-5 14:56:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 14:44
应该当单独优化,而且最好用自由能求差来对比

好的,非常感谢老师。

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发表于 Post on 2021-1-5 16:03:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:35
1 要。直接从优化后的M-CO中抠出相应部分作为初始结构。别忘了检验有无虚频。

2 以笛卡尔坐标轴显示的 ...

谢谢老师,请问gview中分子结构图鼠标右键----View-----Cartesian Axes显示的是不是就是坐标轴方向,以此设置电场矢量方向?

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发表于 Post on 2021-1-6 11:11:28 | 只看该作者 Only view this author
看过老师的《谈谈量子化学中基组的选择》和《谈谈赝势基组的选用》的帖子,用gaussian做DFT计算,有3个问题请教老师:
1.阴离子体系几何优化时可不必加弥散,单点计算加弥散就可以,对吗?
2.加电场做结构优化、过渡态、振动频率计算时基组需要加弥散吗?加不加弥散与所用电场大小有一个大概的判断标准吗?例如电场大于多少a.u.建议加弥散。
3.对于第五周期例如含Mo的金属配合物的计算,做几何优化def2-svp会比SDD差很多吗?几何优化def2-svp是不是要比Lanl2DZ要好些?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-1-6 12:59:08 | 只看该作者 Only view this author
请问NEB法能找到经过连续两个势垒反应的最低路径么?

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发表于 Post on 2021-1-6 13:12:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Freeman 于 2021-1-6 13:31 编辑
dali 发表于 2021-1-6 11:11
看过老师的《谈谈量子化学中基组的选择》和《谈谈赝势基组的选用》的帖子,用gaussian做DFT计算,有3个问题 ...

1.我做过一个带两个电荷的阴离子,没加弥散,结果整个分子都散架了,不过只带一个电荷的优化大概不必要加弥散函数;
2.3.不了解

本版积分规则 Credits rule

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