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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-14 15:12:29 | 只看该作者 Only view this author

金属钴配合物,频率计算时收敛失败

本帖最后由 csu-77 于 2021-1-14 15:17 编辑

基组用的是lanl2dz,log文件显示如下:希望得到大家的帮助,谢谢


Restarting incremental Fock formation.
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1869.65192458     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.80D-03     -V/T= 2.0424
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7605 S= 0.5052
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7605,   after     0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/sc70499/gaosi09-D01/g09D01/l502.exe at Thu Jan 14 13:25:27 2021.
Job cpu time:       0 days  5 hours 32 minutes 11.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    249 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1



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发表于 Post on 2021-1-14 15:27:13 | 只看该作者 Only view this author
看这个
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

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发表于 Post on 2021-1-14 18:41:51 | 只看该作者 Only view this author
HCYoung 发表于 2021-1-14 11:28
老师们好,我想请教一下有关运用高斯计算电离势(IP值)的问题,通过查阅文献看到电离势计算方法为IP=E(N-1 ...

计算是有误差的,没有任何计算方法是完全精确的,都需要做或多或少的近似。
对于IP,用DFT得到0.3eV量级的误差就已经很不错了,用CCSD(T)/CBS可以把误差降到0.05eV左右,如果需要完全和实验值的小数点后2位有效数字都对应上,那需要非常高精度的计算,可能都不是高斯能驾驭得了的,需要用其他专用软件。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-15 00:00:17 | 只看该作者 Only view this author

关于input delete的错误

我有两个optimization,分别是同一个化合物不同的初始构型,结果最后都报错了。      

      1 vectors produced by pass346 Test12= 1.18D-13 1.00D-09 XBig12= 9.88D-16 1.33D-09.
      1 vectors produced by pass347 Test12= 1.18D-13 1.00D-09 XBig12= 8.73D-16 1.56D-09.
InvSVY:  IOpt=1 It=  1 EMax= 2.13D-14
Solved reduced A of dimension  2748 with   231 vectors.
Isotropic polarizability for W=    0.000000      717.80 Bohr**3.
End of Minotr F.D. properties file   721 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   722 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   788 does not exist.
Internal input file was deleted!
Error termination via Lnk1e at Wed Jan 13 13:47:55 2021.

我没有在计算过程中删除任何的文件,但是临时文件确实都没了。Gaussian应该是认为计算完成了,因为slurm系统给出的exit code=0,认为是没有错误的。

有没有大神可以指点一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 04:03:11 | 只看该作者 Only view this author
TonyAugustine 发表于 2021-1-15 00:00
我有两个optimization,分别是同一个化合物不同的初始构型,结果最后都报错了。      

      1 vectors  ...

Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 04:04:11 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2021-1-13 16:18
谢谢您,我那个残基里面有5个氧,分别是O1,O2,O3,O4,O5这种情况,如何一次性的把所有的O与金属离子的RDF ...

直接在分子模拟版发帖。本帖不提供分子模拟类问题的回复
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 04:06:22 | 只看该作者 Only view this author
HCYoung 发表于 2021-1-14 11:28
老师们好,我想请教一下有关运用高斯计算电离势(IP值)的问题,通过查阅文献看到电离势计算方法为IP=E(N-1 ...

如今还拿B3LYP结合那么小的基组算有机体系的IP会被批评
起码用M06-2X/def2-TZVP,看此文的测试:DOI: 10.1002/jcc.24828
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 04:07:16 | 只看该作者 Only view this author
csu-77 发表于 2021-1-14 15:12
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 04:07:50 | 只看该作者 Only view this author
MADAOLay 发表于 2021-1-13 22:45
老师,我想请问一下晶胞优化是一定必要的吗?我看到有论文没有进行的晶胞的优化就进行计算,直接使用实验中 ...

1 同12359#
2 原理上可以
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12370#
发表于 Post on 2021-1-15 15:22:26 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 请问如何计算一种分子在水溶液中倾向形成几聚体?或者有实验证明主要存在二聚体和四聚体 没有办法可以辅助表征分子为什么更倾向形成二/四聚体 而不是其他的结合状态 谢谢

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12371#
发表于 Post on 2021-1-15 15:54:05 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,是否使用DFT-D矫正对弱相互作用体系的几何优化会产生较大影响吗?
既笨又菜,轻喷。
http://doc.liuyaoze.com

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发表于 Post on 2021-1-15 16:57:18 | 只看该作者 Only view this author
如果用高斯计算激发态的原子之间作用力(就是关键词force),CIS 和 TD-HF 哪个更准确?在确定不能用TD-DFT或更高理论级别的情况下

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发表于 Post on 2021-1-15 17:23:13 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-1-15 16:57
如果用高斯计算激发态的原子之间作用力(就是关键词force),CIS 和 TD-HF 哪个更准确?在确定不能用TD-DFT ...

激发能比较低时CIS更准确,激发能比较高时TDHF更准确。
但是为什么不能用TDDFT?高斯是支持TDDFT的force的啊
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-1-15 17:23:46 | 只看该作者 Only view this author
独舞的印迹 发表于 2021-1-15 15:54
请问老师,是否使用DFT-D矫正对弱相互作用体系的几何优化会产生较大影响吗?

会有影响,没有特殊理由的话建议总是加色散校正
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-1-15 17:26:38 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-1-15 15:22
社长您好 请问如何计算一种分子在水溶液中倾向形成几聚体?或者有实验证明主要存在二聚体和四聚体 没有办法 ...

用molclus等软件分别搜索各个多聚体的构型,取出其中最稳定的构型算Gibbs自由能(更严格的处理是所有构型都算Gibbs自由能然后取Boltzmann平均),然后根据算出的Gibbs自由能计算哪个多聚体的平衡浓度最大即可。
至于解释为什么倾向于形成二聚体和四聚体,这个只有搜索完构型才能知道从什么角度去说明,在知道构型之前不能一概而论。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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