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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-20 11:15:04 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-20 10:58
sob老师您好,我用B2PLYPD3/def2TZVP算H质子的单点能,任务正常结束,但是没有mp2的能量呢,这个是怎么回事 ...

质子的电子能量显然为0,没有计算的意义。

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发表于 Post on 2021-1-20 11:50:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰了,我用sobMECP找开壳层单重态和三重态的交叉点,发现从第二步一直到70多步开壳层单重态的能量和三重态的能量一直不变化,而且屏幕的优化过程报错mecp:Problem with the ab initio Job. cat: AddtoReportFile: No such file or directory,该如何解决呀?如下是input_Header_A和input_Header_B的输入文件:%mem=30GB
%nproc=36
%chk=singlet.chk
#n uB3LYP/genecp em=gd3 int=(ultrafine,acc2e=11) force guess=mix scf=xqc

First State

0 1
----------------------------------------------------------------------
%mem=30GB
%nproc=36
%chk=triplet.chk
#n B3LYP/genecp  em=gd3 int=(ultrafine,acc2e=11) force guess(read) scf=xqc

Second State

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发表于 Post on 2021-1-20 15:45:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我算一个无机化合物(还有Sb4O6)负载单原子过渡金属对小分子气体(如CO)的催化性能。我目前使用的关键词和基组如下:#p opt freq b3lyp/genecp int=ultrafine scf=xqc。
O 0
6-311G(d)
****
Sb Pt 0
lanl2dz
****

Sb Pt 0
lanl2dz

想请教一下我这个优化的结果精度还可以吗?我感觉算的好快啊,有点担心精度不够。后续我打算用def2-TZVP(算非金属原子),SDD(算金属原子)来进行单点能的计算。
ps:我忘了加d3矫正,好像这个纯无机的体系不加也行吧?

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发表于 Post on 2021-1-20 19:28:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-20 10:25
f轨道是简并的吗?会不会某个f轨道在CASSCF过程中被转出去了

一定要简并的才可以吗?我发现f轨道参与的分子轨道不止七个,请问这种情况应该如何处理
谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-21 10:31:45 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2021-1-20 19:28
一定要简并的才可以吗?我发现f轨道参与的分子轨道不止七个,请问这种情况应该如何处理
谢谢老师

哦我刚才想了一下,八面体场下f轨道本来就不是严格简并的。但是需要确认剩下的那7个活性轨道必须都是f轨道。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-22 11:02:55 | 只看该作者 Only view this author

关于限制性优化出错

我在做限制性优化的时候出现了这个报错No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.各位老师们有解决办法吗?(初始结构不能改变)
输入文件(省略了基组):
%chk=1.chk
%mem=1GB
%nprocshared=64
#p opt=(tight,modredundant) freq ub2plypd3/gen int=ultrafine guess=mix

CH3CHO

0 3
C                  1.09958400    0.44142600   -0.00000900
C                 -2.76098650   -0.11174255   -0.00000057
H                  1.34849100    1.53243900    0.00003400
H                 -2.90881050    0.40621445   -0.93270157
H                 -2.48870450   -1.15349955   -0.00013857
H                 -2.90881550    0.40596545    0.93283743
O                  1.89305700   -0.42806600    0.00000400

B 1 2 F
...
输出文件末尾:
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Thu Jan 21 21:19:55 2021, MaxMem=   134217728 cpu:              25.9 elap:               0.5
(Enter /public3/home/sc55389/g16_install/g16/l9999.exe)


NO HUMAN INVESTIGATION CAN BECOME REAL SCIENCE
WITHOUT GOING THROUGH MATHEMATICAL PEOPLE.
-- LEONARDO DA VINCI, IN "PENSIERI" CA. 1492
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/sc55389/g16_install/g16/l9999.exe at Thu Jan 21 21:19:56 2021.
Job cpu time:       0 days  5 hours 12 minutes 34.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  8 minutes 57.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    393 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-22 11:06:26 | 只看该作者 Only view this author
王晓东 发表于 2021-1-22 11:02
我在做限制性优化的时候出现了这个报错No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.各位老师 ...

No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants根本不是报错,无需理会
原因在更前头,8成是优化没收敛
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-1-22 11:19:48 | 只看该作者 Only view this author

关于限制性优化出错的问题

本帖最后由 王晓东 于 2021-1-22 13:15 编辑

我在做限制性优化的时候当C-C键拉长到一定程度时出现了这个报错No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.各位老师们有解决办法吗?

输入文件:
%chk=1.chk
%mem=1GB
%nprocshared=64
#p opt=(tight,modredundant) freq ub2plypd3/gen int=ultrafine guess=mix

CH3CHO

0 1
C                  1.09958400    0.44142600   -0.00000900
C                 -2.76098650   -0.11174255   -0.00000057
H                  1.34849100    1.53243900    0.00003400
H                 -2.90881050    0.40621445   -0.93270157
H                 -2.48870450   -1.15349955   -0.00013857
H                 -2.90881550    0.40596545    0.93283743
O                  1.89305700   -0.42806600    0.00000400

B 1 2 F


(基组略)

输出文件末尾:
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Thu Jan 21 21:19:55 2021, MaxMem=   134217728 cpu:              25.9 elap:               0.5
(Enter /public3/home/sc55389/g16_install/g16/l9999.exe)


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Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/sc55389/g16_install/g16/l9999.exe at Thu Jan 21 21:19:56 2021.
Job cpu time:       0 days  5 hours 12 minutes 34.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  8 minutes 57.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    393 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1


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发表于 Post on 2021-1-22 11:28:25 | 只看该作者 Only view this author
这不是报错。
不过我也见过名人名言出来后还是error termination的,我那次发现是高斯没装好,你这个是不是这原因不清楚。

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发表于 Post on 2021-1-22 11:37:45 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2021-1-22 11:28
这不是报错。
不过我也见过名人名言出来后还是error termination的,我那次发现是高斯没装好,你这个是不 ...

我是把C-C键拉长后进行优化才出现这个问题的,之前C-C还没拉长的时候是可以正常计算的

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发表于 Post on 2021-1-22 11:55:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-21 10:31
哦我刚才想了一下,八面体场下f轨道本来就不是严格简并的。但是需要确认剩下的那7个活性轨道必须都是f轨 ...

谢谢

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发表于 Post on 2021-1-22 12:08:14 | 只看该作者 Only view this author
1. 内存太小;核太多,一般16以内足矣。
2. opt=tight去掉;限制性优化做频率一般没啥意义。
3. int=ultrafine可以去掉,这是G16默认的。
4. C-C距离已经达到3.9埃,这表明两者之间已经没有作用了,所以此时体系是双自由基,建议除了加上guess=mix外,再加上nosymm继续优化。
5. 结束之后建议用stable关键词检测一下波函数是否是稳定的。

抛砖引玉,有遗漏请指正。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-22 12:56:00 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-20 15:45
sob老师您好,我算一个无机化合物(还有Sb4O6)负载单原子过渡金属对小分子气体(如CO)的催化性能。我目前 ...

Sb、Pt改成SDD

是否需要D3校正和是否无机毫无直接关系,看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-22 12:57:13 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-1-18 19:16
请问各位,在重复卢老师博文里面Gaussian的GVPT2非谐振计算的时候,最终报错Value not found by IFind。但 ...

参考我的计算文件
C18_GVPT2.rar (899.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-22 13:02:43 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-20 11:50
sob老师打扰了,我用sobMECP找开壳层单重态和三重态的交叉点,发现从第二步一直到70多步开壳层单重态的能量 ...

从每一步的输出文件判断,弄清楚结构、能量、<S**2>怎么变的
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