计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12301#
发表于 Post on 2021-1-6 17:45:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,氢原子向不同的烯烃转移生成自由基的过渡态有的能量高有的能量低,这是什么原因造成的呀?用什么分析手段可以体现出能量的不同呀?

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

12302#
发表于 Post on 2021-1-6 19:42:19 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-6 12:59
请问NEB法能找到经过连续两个势垒反应的最低路径么?

你指的是bifurcating reaction path吗?可以,不过成功率可能低一些
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

370

帖子

7

威望

3499

eV
积分
4009

Level 6 (一方通行)

12303#
发表于 Post on 2021-1-6 21:30:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-6 19:42
你指的是bifurcating reaction path吗?可以,不过成功率可能低一些

我不确定是不是同一个东西。我的意思是,一个分步反应,反应物和产物之间有一前一后两个势垒。这样的反应路径可以用NEB法计算么?

11

帖子

0

威望

348

eV
积分
359

Level 3 能力者

12304#
发表于 Post on 2021-1-6 22:16:27 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我想计算Ru3(CO)12在不同温度下的热容等热力学数据,请问用PBE0/def2-SVP做结构优化和频率分析是否合适?谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12305#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:25:04 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-1-5 16:03
谢谢老师,请问gview中分子结构图鼠标右键----View-----Cartesian Axes显示的是不是就是坐标轴方向,以此 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12306#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:28:04 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-1-6 11:11
看过老师的《谈谈量子化学中基组的选择》和《谈谈赝势基组的选用》的帖子,用gaussian做DFT计算,有3个问题 ...

1 看具体情况。对于负电荷浓度很高的情况、2-zeta基组的情况,不带弥散函数难以让人接受。如果负电荷相对分散,特别是用了3-zeta基组的情况,opt freq期间可以不带弥散函数

2 如果电场较弱,不用加。涉及较强电场时应当加上。没有严格标准,我个人认为>0.01 a.u.程度的话都尽量加上弥散

3 有可查觉的差距。比lanl2DZ大概率更好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12307#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:28:39 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-6 12:59
请问NEB法能找到经过连续两个势垒反应的最低路径么?

看程序具体实现,有的可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12308#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:29:37 | 只看该作者 Only view this author
jingnan2019 发表于 2021-1-6 22:16
Sob老师您好,我想计算Ru3(CO)12在不同温度下的热容等热力学数据,请问用PBE0/def2-SVP做结构优化和频率分 ...

我不知道具体结构是什么,怎么会有三个Ru。如果有Ru-Ru键的话,不要用杂化泛函。如果没有的话,PBE0可以
这体系不大,完全可以用def2-TZVP做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12309#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:30:54 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-6 17:45
sob老师您好,氢原子向不同的烯烃转移生成自由基的过渡态有的能量高有的能量低,这是什么原因造成的呀?用 ...

最好给出反应示意图

原子电荷、简缩福井函数、静电势等都可能有用,看具体情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

12310#
发表于 Post on 2021-1-7 01:07:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 00:28
1 看具体情况。对于负电荷浓度很高的情况、2-zeta基组的情况,不带弥散函数难以让人接受。如果负电荷相对 ...

谢谢老师,请问一个由80个原子组成的金属配合物分子,带几个电荷的阴离子算电荷浓度高?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

12311#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 01:41:30 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-1-7 01:07
谢谢老师,请问一个由80个原子组成的金属配合物分子,带几个电荷的阴离子算电荷浓度高?

不是光看带几个负电荷,还看负电荷分散程度
如果求稳妥而且又不想提升耗时,带负电荷显著的部分都带弥散,其它区域不带
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12312#
发表于 Post on 2021-1-7 09:49:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 00:30
最好给出反应示意图

原子电荷、简缩福井函数、静电势等都可能有用,看具体情况

sob老师是这样的自由基反应,如何分析TS1的能量低呀?这是什么原因造成的呀?用什么分析手段可以体现出能量的不同呀?

问题5.JPG (25.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

自由基反应

自由基反应

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

12313#
发表于 Post on 2021-1-7 11:17:34 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-6 21:30
我不确定是不是同一个东西。我的意思是,一个分步反应,反应物和产物之间有一前一后两个势垒。这样的反应 ...

哦,就是先过一个势垒,得到一个中间体,然后再过下一个势垒的这种反应吗?可以
但是这种情况就不叫连续的两个势垒了,因为两个势垒之间有一个中间体。我还以为是两个势垒直接相连,中间没有中间体的情况。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

12314#
发表于 Post on 2021-1-7 11:18:59 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-7 09:49
sob老师是这样的自由基反应,如何分析TS1的能量低呀?这是什么原因造成的呀?用什么分析手段可以体现出能 ...

这种反应明显是共轭效应导致的,看一下加成产物的自旋密度分布就行了,自旋分布越弥散,就是产物自由基被共轭效应稳定得越多,也就是反应越容易进行。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12315#
发表于 Post on 2021-1-7 13:28:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-7 11:18
这种反应明显是共轭效应导致的,看一下加成产物的自旋密度分布就行了,自旋分布越弥散,就是产物自由基被 ...

老师您好,如何看密度分布呀是每个原子上的spin density吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 13:38 , Processed in 0.184114 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list