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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-8 13:53:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 23:51
什么叫自旋密度仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-1-8 15:16:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-8 10:52
加gdiis可以,但加int=ultrafine不行。因为前者只影响收敛速度,后者还影响能量和梯度。

好的收到,谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-9 04:16:02 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2021-1-8 13:53
老师您好,molclus构象搜索后得到能量最低的几个结构,提取这些结构用G16做振动分辨电子光谱时,问1:是否 ...

如果你对基态做freq用的级别和molclus搜索时用的优化级别相同就没必要重新优化,chk文件也可以用molclus过程中备份出来的

需要。opt freq时候用的scale关键词影响的是Gaussian的热力学数据的输出,并不影响其它原始数据,因此Shermo自己在计算热力学量的时候肯定还得指定校正因子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-9 14:48:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-9 04:16
如果你对基态做freq用的级别和molclus搜索时用的优化级别相同就没必要重新优化,chk文件也可以用molclus ...

明白了,非常感谢!

另外问一下,博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》里的“用isostat处理得到的isomers.xyz输出信息
Energy of isomer     1 :  -2320.81823800 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     2 :  -2320.81480600 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     3 :  -2320.80966500 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     4 :  -2320.81852000 a.u.,  new cluster
Energy of isomer     5 :  -2320.81485300 a.u.,  attributed to cluster     2
Energy of isomer     6 :  -2320.80904200 a.u.,  new cluster

The lowest energy is  -2320.81852000 a.u.”
异构体对应的序号123等是否顺序对应于前一步骤中得到的gau0000x.out和orcaSP0000x.out?我用前述博文提供的文件包重复了下《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》里的4.2.3,得到的结果和例子给的对不上,反复查看后发现我重复例子做的时候电子能量读取的是orcaSP00003.out,例子列出的是“example\ensemble\gau00003.out;-2321.369898466825”,这个电子能量是orcaSP00004.out的。这就给我整蒙了,这些数据到底怎么读取对应的?

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发表于 Post on 2021-1-9 22:59:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-7 18:18
1. 不需要,因为正常能算得动这么大体系的方法都达不到0.3kcal/mol的精度,所以不可能严格确定哪个自旋态 ...

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-10 02:58:21 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2021-1-9 14:48
明白了,非常感谢!

另外问一下,博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构 ...



Shermo文章里用的是去除重复之后的结构,那在molclus这篇文章里叫做cluster

对于isostat,isomer是去重之前的molclus产生的原始的序号,cluster是去重之后的序号。之后自己做任何额外的计算都是对于cluster而言的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-10 14:55:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-10 02:58


Shermo文章里用的是去除重复之后的结构,那在molclus这篇文章里叫做cluster

明白了,谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-11 20:37:54 | 只看该作者 Only view this author
请教大家一个问题,GaussView 5.0里的静电势图蓝色和红色两边-6e-2这种数值单位是什么,a.u.吗

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发表于 Post on 2021-1-11 20:58:14 | 只看该作者 Only view this author

求助如何输入该类型分子结构

本帖最后由 杨旭旭 于 2021-1-11 22:54 编辑

各位大神:
      由于本人专业是有机化学,最近在学习计算化学,再设计如下图所示的结构,结构2的参数在Gaussian中,我该如何输入?希望大家能提供一个gjf文件的输入。拜托各位了,我没有输入该类结构的相关文件

untitled.jpg (6.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2021-1-11 21:33:10 | 只看该作者 Only view this author

老师好,我想请教一下关于周期性模型计算金属表面吸附问题时自旋多重度的设置。
  我之前在一个帖子中看到对于团簇模型金属表面吸附问题时,直接把自旋多重度设为最低(偶数电子设为2,奇数设为1)计算即可,这对于周期性模型也可以这样吗?

  如果可以的话,那么当计算中涉及有磁性的金属表面,比如Fe,Ni等表面吸附时也可以将自旋多重度直接设为最低吗?

  还有就是吸附的分子或者原子会影响自旋多重度的选择吗?我计算N2分子以及N2分子解离后2个N原子在Ru表面上的吸附时,多重度都取1就可以吗?

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发表于 Post on 2021-1-11 21:44:59 | 只看该作者 Only view this author
MADAOLay 发表于 2021-1-11 21:33
老师好,我想请教一下关于周期性模型计算金属表面吸附问题时自旋多重度的设置。
  我之前在一个帖子中看 ...

“直接把自旋多重度设为最低”即使对团簇模型也是错的。它可能在大多数情况下成立,但并不总是成立。
终极标准永远是能量(或者更严格地说,Gibbs自由能)最低。如果知道哪个自旋多重度的能量最低,那么就应该用那个自旋多重度;如果不知道,那么就应该把所有能量可能是最低的自旋多重度都算一遍,取其中能量最低的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-11 22:11:13 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问cc-pvtz或cc-pvtz-dk赝势应该如何写呢
最近在用molpro重复文献上的内容,用的是cc-pvtz和cc-pvtz-dk的小核赝势,不知道应该怎么写
谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-11 22:20:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MADAOLay 于 2021-1-11 23:24 编辑
wzkchem5 发表于 2021-1-11 21:44
“直接把自旋多重度设为最低”即使对团簇模型也是错的。它可能在大多数情况下成立,但并不总是成立。
终 ...
那么我想再请问下周期性金属吸附模型可能的自旋多重度最大值应该取到多少呢,是按周期性模型中所有单电子的个数算吗,也就是“最大自旋多重度=每个金属原子单电子数*原子个数+吸附粒子单电子个数+1”,还是说就按“最大自旋多重度=一个金属原子单电子数+1”取呢?
或者说这会和吸附的结构也有关系吗,例如一对N原子吸附在Ru表面的hcp位点,那么这个自选多重度应该怎么取呢?我计算使用1、3、5,但是和文献中的数据还是对不太上。





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-12 07:30:30 | 只看该作者 Only view this author
欧阳枫 发表于 2021-1-11 20:37
请教大家一个问题,GaussView 5.0里的静电势图蓝色和红色两边-6e-2这种数值单位是什么,a.u.吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-12 07:31:11 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2021-1-11 22:11
Sob老师,请问cc-pvtz或cc-pvtz-dk赝势应该如何写呢
最近在用molpro重复文献上的内容,用的是cc-pvtz和cc- ...

cc-pvtz和cc-pvtz-dk都是全电子基组,根本没赝势的事
cc-pVTZ-PP才是赝势基组
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