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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-7 15:28:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 01:41
不是光看带几个负电荷,还看负电荷分散程度
如果求稳妥而且又不想提升耗时,带负电荷显著的部分都带弥散 ...

谢谢老师,请问负电荷分散程度用什么考察,是考察原子电荷吗?谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-7 16:33:56 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-7 13:28
老师您好,如何看密度分布呀是每个原子上的spin density吗

自旋密度或自旋布居数都可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-1-7 16:35:00 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-1-7 15:28
谢谢老师,请问负电荷分散程度用什么考察,是考察原子电荷吗?谢谢!

如果只是为了决定加不加弥散函数,从共振式分析就行了,甚至不需要计算原子电荷。因为要计算原子电荷必须先选定基组,这样就成了鸡生蛋蛋生鸡的问题了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-1-7 17:39:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问一个多重态的问题。我计算一个多个过渡金属的配合物团簇,方法是PBE,几何优化时,第五周期过渡金属使用的赝势基组是SDD,主族元素是6-311+G(d,p)。团簇四重态比二重态的能量低0.3kcal/mol,使用def2TZVP进行单点能计算,四重态比二重态低0.1kcal/mol。在我尝试将二重态和四重态的结构分别与一个气体进行反应时,发现和气体结合后的结构二重态的能量却远低于四重态的。
请问:1.我还需要更好的方法、基组再进行确认是否四重态是最稳定的结构吗?
2. 当我要使用这个母体进行气体吸附反应时,应该二重态和四重态的都考虑,还是只考虑四重态的结构呢?

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发表于 Post on 2021-1-7 18:18:08 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2021-1-7 17:39
sob老师,请问一个多重态的问题。我计算一个多个过渡金属的配合物团簇,方法是PBE,几何优化时,第五周期过 ...

1. 不需要,因为正常能算得动这么大体系的方法都达不到0.3kcal/mol的精度,所以不可能严格确定哪个自旋态的能量更低。作图、计算能量差时选用四重态的能量,然后写文章的时候注明因为两个自旋态的能量非常接近,考虑到计算误差,不能确定四重态一定是更稳定的那个,就行了。
2. 都考虑
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 23:51:27 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-7 13:28
老师您好,如何看密度分布呀是每个原子上的spin density吗

什么叫自旋密度仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html

怎么考察密度分布仔细看此文Q45
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-8 10:08:44 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我设计了一个有铁的络合物来还原二氧化碳,发现4态的铁能量更低更稳定但是它的能垒高。但是老师让我算一个由4态返回到2态的过程(羧基的这个带箭头的过程),请问老师这个应该怎么算,我不太明白这个过程?谢谢老师

能垒图.png (82.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2021-1-8 10:10:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-8 10:11 编辑
hmlyz 发表于 2021-1-8 10:08
老师您好,我设计了一个有铁的络合物来还原二氧化碳,发现4态的铁能量更低更稳定但是它的能垒高。但是老师 ...

4态的铁能量更低更稳定?你这表述和你的势能面不符吧……??还有,元素符号左上角加一个数一般是指质量数……你这么写挺诡异的……
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-1-8 10:18:05 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-8 10:10
4态的铁能量更低更稳定?你这表述和你的势能面不符吧……??还有,元素符号左上角加一个数一般是指质量 ...

您好,是我表达错了。是没加二氧化碳之前的结构 4态的能量更低。势能面上我没表示

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发表于 Post on 2021-1-8 10:24:23 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2021-1-8 10:18
您好,是我表达错了。是没加二氧化碳之前的结构 4态的能量更低。势能面上我没表示

这样的话,应该把所有的物种都统一到同一个势能面零点。重算一下相对能量吧。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-1-8 10:31:41 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-8 10:24
这样的话,应该把所有的物种都统一到同一个势能面零点。重算一下相对能量吧。

感谢陶老师回答,请问这种同一个结构自旋多重度变化有反应过程吗?

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发表于 Post on 2021-1-8 10:38:56 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想问一下,如果为了帮助收敛,加上了关键词gdiis或者int=ultrafine,这样得到的结构能量可以和势能面上其他没有加类似关键词的结构能量相对比吗,谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2021-1-8 10:52:38 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-1-8 10:38
各位老师好,想问一下,如果为了帮助收敛,加上了关键词gdiis或者int=ultrafine,这样得到的结构能量可以和 ...

加gdiis可以,但加int=ultrafine不行。因为前者只影响收敛速度,后者还影响能量和梯度。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-1-8 10:57:31 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2021-1-8 10:08
老师您好,我设计了一个有铁的络合物来还原二氧化碳,发现4态的铁能量更低更稳定但是它的能垒高。但是老师 ...

粗略的算法是,找到2态和4态的MECP,把MECP当作过渡态,可以求出活化能。取决于你用的软件,可能可以对MECP做振动分析,得到活化Gibbs自由能(MECP的振动分析和一般在驻点上的振动分析不一样,需要投影掉Hessian在梯度方向上的分量,不是所有程序都有这个功能)。
精细的算法是用费米黄金规则,需要算2态和4态的平衡结构的Hessian,以及SOC矩阵元。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-1-8 13:53:05 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,molclus构象搜索后得到能量最低的几个结构,提取这些结构用G16做振动分辨电子光谱时,问1:是否可以省略结构优化这一步,直接进行基态频率分析,即步骤改成:基态freq计算、激发态opt freq计算、两个计算的chk文件做F-C分析。问2:molclus程序调用gaussian做opt freq任务时添加scale=x考虑ZPE校正因子,后续使用Shermo程序时,settings.ini里的sclZPE是否要填写一致?

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