简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva

杨旭旭 发表于 2021-1-11 20:58
各位大神：
      由于本人专业是有机化学，最近在学习计算化学，再设计如下图所示的结构，结构2的参数在G ...

Gaussian计算时根本没法自定义局部带电状态
你图里2的那种画法完全是人为臆测的根本不可能存在的状态。体系都是对称的怎么可能两边带电情况明显不同

lastzealot

sobereva 发表于 2021-1-12 07:31
cc-pvtz和cc-pvtz-dk都是全电子基组，根本没赝势的事
cc-pVTZ-PP才是赝势基组

是这样啊
那我在molpro写成这样是不是可以啊
spd, Y, cc-pvtz
ecp, Y, cc-pvtz-pp
还是有其他更好的写法？
谢谢老师

wzkchem5

MADAOLay 发表于 2021-1-11 22:20
那么我想再请问下周期性金属吸附模型可能的自旋多重度最大值应该取到多少呢，是按周期性模型中所有单电子的 ...

按前者取
什么叫对不“太”上？文献也是计算吗？如果文献是计算，那么文献必然给了自旋多重度，如果你的自旋多重度和文献的吻合，那么肯定是其他地方出了问题。如果文献是实验，那么因为计算总是有误差的，和文献对不上不必然表示你的自旋多重度没选对，可能只是泛函、基组的问题。

欧阳枫

sobereva 发表于 2021-1-12 07:30
是

谢谢sober老师

杨旭旭

sobereva 发表于 2021-1-12 07:43
Gaussian计算时根本没法自定义局部带电状态
你图里2的那种画法完全是人为臆测的根本不可能存在的状态。 ...

谢谢sobereva老师。
那这种结构如何优化它呢？

北大-陶豫

杨旭旭 发表于 2021-1-12 18:50
谢谢sobereva老师。
那这种结构如何优化它呢？

以前算过（忘了用的啥基组和方法了）这个玩意的电子结构，不过我是限制在 D3h 点群下优化的，结果好像有虚频，不过我找不到优化任务的输出文件了……然后在高等级下算单点能。

1. <div>%chk=TriMethyleneCarbon.chk</div><div>%nProcShared=36</div><div>%mem=5GB</div><div># CCSD(T)/cc-pvtz Guess=Read </div><div>
   
2. </div><div>cc-pvtz</div><div>
   
3. </div><div>0 1</div><div> C                  0.00000000    1.30772787   -0.00000000</div><div> C                  1.13252555   -0.65386393   -0.00000000</div><div> C                 -1.13252555   -0.65386393   -0.00000000</div><div> C                  0.00000000    0.00000000   -0.00000000</div><div> H                 -0.92576653    1.87954165    0.00000000</div><div> H                  0.92576653    1.87954165   -0.00000000</div><div> H                 -2.09061408   -0.13803349    0.00000000</div><div> H                 -1.16484755   -1.74150816    0.00000000</div><div> H                  2.09061408   -0.13803349    0.00000000</div><div> H                  1.16484755   -1.74150816    0.00000000</div>

复制代码

sobereva

杨旭旭 发表于 2021-1-12 18:50
谢谢sobereva老师。
那这种结构如何优化它呢？

那种人为臆测的电子结构根本都不存在，更谈何优化

除非用CDFT，但我不认为这是你真正需要的
谈谈约束性DFT(CDFT)
http://sobereva.com/271（http://bbs.keinsci.com/thread-535-1-1.html）

杨旭旭

北大-陶豫 发表于 2021-1-12 21:04
以前算过（忘了用的啥基组和方法了）这个玩意的电子结构，不过我是限制在 D3h 点群下优化的，结果好像有 ...

好的，谢谢，我尝试一下。

杨旭旭

sobereva 发表于 2021-1-13 07:37
那种人为臆测的电子结构根本都不存在，更谈何优化

除非用CDFT，但我不认为这是你真正需要的

谢谢sobereva老师，您说的很对，我再想想办法

Aristotler

老师，同学好，我想请教的是一个简单的分子动力学的问题，但没有找到分子动力学简单问题贴，所以就发到这里了，还请海涵。问题是：gmx 中某残基中的某元素是如何书写的，相应的VMD语句是什么？name O of resname MOL、name O within resname MOL都不对。我的目的是想用gmx 中的rdf 算一下某残基中的某元素和某个金属原子之间的径向分布函数。谢谢各位

snljty

Aristotler 发表于 2021-1-13 14:10
老师，同学好，我想请教的是一个简单的分子动力学的问题，但没有找到分子动力学简单问题贴，所以就发到这里 ...

如果原子名真的叫O，用and连接

Aristotler

snljty 发表于 2021-1-13 15:40
如果原子名真的叫O，用and连接

谢谢您，我那个残基里面有5个氧，分别是O1,O2,O3,O4,O5这种情况，如何一次性的把所有的O与金属离子的RDF算出来呢？(gmx的语句什么呢)，VMD的我看sober写的是name O[1-5]

MADAOLay

老师，我想请问一下晶胞优化是一定必要的吗？我看到有论文没有进行的晶胞的优化就进行计算，直接使用实验中的数值，不优化会有什么影响吗？

还有想请问一下，先用实验中的晶格结构构建超胞，再对超胞进行晶格优化步骤可以吗？

wzkchem5

MADAOLay 发表于 2021-1-13 22:45
老师，我想请问一下晶胞优化是一定必要的吗？我看到有论文没有进行的晶胞的优化就进行计算，直接使用实验中 ...

如果你研究的就是晶体，且预期实验的晶体结构误差小于你计算方法的误差，那么可以不优化，但是氢原子位置仍然需要优化，因为氢原子的位置实验测不准。其他情况，比如实验有明显无序、非整数占据、thermal ellipsoid很大，或者你要研究的是单独的分子，都需要优化。

HCYoung

老师们好，我想请教一下有关运用高斯计算电离势（IP值）的问题，通过查阅文献看到电离势计算方法为IP=E(N-1)-E(N),因此我想先计算出分子的单点能，我选择了opt+freq的job type优化分子结构，再用DFT下的B3LYP/6-31+G*方法得出分子的能量，但问题是最后我算出来的结果与物理化学手册上的参考值不一样（比如苯酚=8.49，我算得8.72），请问是我的方法选择有问题吗？