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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-21 22:43:22 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,做完过渡态搜索得到过渡态并作IRC后,如果得到的反应的初态不是最稳定,那么该如何定义初态,是IRC得到的?还是搜索算出来的最稳定的,或者是否还要讨论这两个初态之间是否有过渡态?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-22 08:04:55 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-2-21 22:43
请问一下老师,做完过渡态搜索得到过渡态并作IRC后,如果得到的反应的初态不是最稳定,那么该如何定义初态 ...

跑IRC,对反应物那一边优化,看得到什么。如果就是自己期望的,就完事了,如果不是,可能和实际反应物之间还隔着一步或多步基元反应,再一点点去找更前头的TS、中间体
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-22 10:34:10 | 只看该作者 Only view this author
怎么修改用高斯绘制出来结构的标签颜色呢?想把黑色数字变成白色数字。谢谢各位老师!
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发表于 Post on 2021-2-22 11:05:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2021-2-22 22:44 编辑

GaussView中保存成图片时,不能直接在结构中显示键长键角吗?需要保存图片后再自己编辑?
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发表于 Post on 2021-2-22 11:29:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-19 21:06
显式溶剂和隐式溶剂模型都要加,显式溶剂是为了把配位水描述好,隐式溶剂模型是为了描述第一配位层之外的 ...

老师好,再请教个问题,您说我可不可以把配位的水加上以后,溶剂化模型中隐式溶剂用别的溶剂计算?我发现用水配位单个金属离子,再用水做隐式溶剂化模型,算出来的结果很不好。实验报道的结构很稳定,我算出来的结合能很低。

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发表于 Post on 2021-2-22 11:37:13 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-22 11:29
老师好,再请教个问题,您说我可不可以把配位的水加上以后,溶剂化模型中隐式溶剂用别的溶剂计算?我发现 ...

先确定几个问题,(1)实验的结构的稳定性是用结合能衡量的吗?或者说你怎么知道你算出来的结合能偏低?会不会其实你算出来的结合能是对的,解释实验观察到的稳定性并不需要结合能太大?(2)实验报道稳定性的时候报道的是固相还是水溶液还是其他溶剂的溶液?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-2-22 11:45:38 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-22 10:34
怎么修改用高斯绘制出来结构的标签颜色呢?想把黑色数字变成白色数字。谢谢各位老师!

自己用画图搞一下吧。
把图片复制到画图里,设置背景色黑色,全选,剪切,设置背景色白色,把画布全涂成白色,粘贴
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-22 11:47:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-22 11:37
先确定几个问题,(1)实验的结构的稳定性是用结合能衡量的吗?或者说你怎么知道你算出来的结合能偏低? ...

再次感谢老师,其实我也在考虑这个问题,实验上没给出结合能,说明的构型具有离散的“小岛效应”可以稳定单原子。催化剂合成是在水溶液中,后处理后变成了固相,我也不确定结合能是应该在水溶液中算,还是自己模拟个隐式溶剂。
PS:我可以把金属原子拉到距离载体很远的地方优化,然后用结合在一起的能量减去这个远距离优化的能量,这个算结合能应该也是可以的吧?

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发表于 Post on 2021-2-22 11:54:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-2-22 16:41 编辑
329678001 发表于 2021-2-22 11:47
再次感谢老师,其实我也在考虑这个问题,实验上没给出结合能,说明的构型具有离散的“小岛效应”可以稳定 ...

先把溶剂设成水,如果知道或者能估算出催化剂的介电常数,就把溶剂的介电常数改成你估算的这个介电常数,否则不改,其他溶剂化参数一律不改。
建议用两个离子完全分开算的能量计算结合能,而不要拉得很远在一起算。一方面,两个离子之间的库伦相互作用随距离衰减很慢,可能需要拉到几百到几千个埃才能认为没有相互作用;另一方面,当把两个离得很远的离子作为一个体系算的时候,除了3个整体的平动自由度和3个整体的转动自由度以外,所有自由度的配分函数都会被当作振动来处理,但是实际上还有3个相对平动的自由度和3个相对转动的自由度,把这些自由度处理成振动也会引入误差。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-2-22 16:34:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-22 08:04
跑IRC,对反应物那一边优化,看得到什么。如果就是自己期望的,就完事了,如果不是,可能和实际反应物之 ...

好的,多谢sob老师

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发表于 Post on 2021-2-22 19:25:10 | 只看该作者 Only view this author
求助,在使用qst2搜索乙醇脱水反应的过渡态时,gaussian停在performing Berny Optimization,查看cpu发现没有再继续计算,也没有报错推出。加了opt=cartesian关键词也没有解决。
我的输入文件是
%chk=C:\Users\lenovo\Desktop\cal.chk
# opt=(cartesian,calcfc,qst2) freq b3lyp/6-31g

Title Card Required

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C                 -0.01348800    0.00177300   -0.00877700
H                  0.00037900   -0.00092100    1.08553000
H                  1.02191500   -0.00085300   -0.36341900
H                 -0.50054200    0.92152100   -0.35212200
C                 -0.75071500   -1.22120400   -0.52848100
H                 -1.79313600   -1.22082500   -0.17514800
H                 -0.76836600   -1.22088300   -1.62900100
O                 -0.03822600   -2.39153000   -0.02625600
H                 -0.47397900   -3.21163900   -0.33281700




Title Card Required

0 1
C                 -0.25551584    0.27385802   -0.36209950
H                 -0.09726884   -3.11772824    0.82467579
H                  0.51957250    0.13908266    0.36314091
H                 -0.52372078    1.25916762   -0.68167907
C                 -0.89750544   -0.80337932   -0.87588554
H                 -1.67259342   -0.66860399   -1.60112636
H                 -0.62930042   -1.78868893   -0.55630606
O                 -0.19093718   -2.40162530    0.19220223
H                 -0.94354495   -2.57475216   -0.37806845

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发表于 Post on 2021-2-22 20:38:20 | 只看该作者 Only view this author
再次请教一下各位老师,我想计算一个物质的介电常数,我看sob老师的博文中是要先算一下极化率,但是有几个问题,万分感谢。
1. 极化率计算的计算级别怎么选取?我的体系比较大,和精算单点的计算级别一样可以吗(M06L/6-31+g*,SDD)。
2. 我只是要一个极化率,在log文件查找 Isotropic polarizability for W=    0.000000       54.00 Bohr**3.  这里的54.00 Bohr**3就是极化率了吧?这个值是个体积单位啊,那怎么换算成 C.m2/V呢?
3. 固体分子数密度N=ρ*Na/M。我用这个固定的分子数密度算介电常数也是可以的吧?http://bbs.keinsci.com/thread-17190-1-1.html

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发表于 Post on 2021-2-22 22:49:40 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-22 11:45
自己用画图搞一下吧。
把图片复制到画图里,设置背景色黑色,全选,剪切,设置背景色白色,把画布全涂成 ...

好的,谢谢老师!老师,一般我需要在结构中标明键长键角,也只能自己编辑吗?有什么好用方法可以推荐一下吗?
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发表于 Post on 2021-2-23 09:16:17 | 只看该作者 Only view this author

求助:计算阴离子体系结合能的时候加弥散函数的问题

请问,我想计算一个小分子和一个阴离子的结合能,算复合体系和阴离子的能量需要加弥散函数,那么算那个中性的小分子的能量需不需要也统一加弥散函数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 09:54:39 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-2-23 09:16
请问,我想计算一个小分子和一个阴离子的结合能,算复合体系和阴离子的能量需要加弥散函数,那么算那个中性 ...

如果你算复合物的时候,中性小分子部分没加弥散(用了混合基组),单独算中性小分子的时候也就不需要弥散
关键是和算复合物的时候中性小分子那部分要一致
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