简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-2-24 11:47:56

sobereva 发表于 2021-2-23 20:00
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.kein ...

好的，谢谢sob老师，已用！

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-2-24 12:29:52

老师，文献中出现的那种能量图，包括反应物，中间产物，过渡态，产物，他们之间的能量是怎样的？（谁减谁？）应该如何求得？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-24 12:33:08

wy标点人生发表于 2021-2-24 12:29
老师，文献中出现的那种能量图，包括反应物，中间产物，过渡态，产物，他们之间的能量是怎样的？（谁减谁？ ...

图省事用电子能量相减获得，见
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html）

图化学意义用自由能相减获得。相关讨论
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-2-24 13:19:44

sobereva 发表于 2021-2-24 12:33
图省事用电子能量相减获得，见
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/ ...

好的，谢谢sob老师，我也刚刚找到了您的帖子！

329678001 · 发表于 Post on 2021-2-24 17:04:11

老师们好，有几个问题一直困惑我良久
1. 高斯中隐式模型计算用的溶剂介电常数是相对介电常数吗？
2. 分子极化率不是体积单位吗？为何单位也是C m2/V啊？
3. http://bbs.keinsci.com/thread-17190-1-1.html 这里给的算相对介电常数公式，按照上面的单位进行计算，应该不用再进行单位换算了吧？
4. 如果3中所说的单位不用换算，为何我算出来苯的相对介电常为-2，这个数值不对啊。我用m062x/6-311+g**进行结构优化，#P PBE1PBE/aug-cc-pVTZ polar关键词进行极化率计算，Multiwfn得到了算出来了苯的极化率 68.70153，换成m3的单位为10.18E-30（和文献中给的10.32很接近，这个值应该没问题，文章中NH3的极化率也和sob老师算的做了对比，分别为2.21E-30和2.131E-30），其中分子数密度=ρ*Na/M。不知道哪里出了问题，附上excel表格，麻烦老师了，万分感谢。

mayanyu · 发表于 Post on 2021-2-24 20:13:08

十分不好意思，请教一下各位老师。

我想用IRC计算苯阳离子和氢气分子组成的cluster的两个isomer间的potential barrier，
过渡态的虚频有点小只有-15，但是确实是反应方向上发生变化的。
之后计算IRC，结果前后都只走了一步就停止了。结构上也只是稍微发生了一点变化。
尝试很多方法都是大致一样的结果，我想请问一下有没有好的解决方法？十分感谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-2-24 20:58:29

参见http://sobereva.com/400

AndrewX · 发表于 Post on 2021-2-24 21:32:44

附件中带颜色的原子球在文献中非常常见，请问是否可以用PPT画出来？尝试了下发现没办法用PPT画出中间的模糊效果。

mayanyu · 发表于 Post on 2021-2-24 21:42:10

wzkchem5 发表于 2021-2-24 20:58
参见http://sobereva.com/400

好的，十分感谢，我试试从优化过渡态的chk文件中读取最后的波函数试一试。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-2-24 21:51:24

AndrewX 发表于 2021-2-24 21:32
附件中带颜色的原子球在文献中非常常见，请问是否可以用PPT画出来？尝试了下发现没办法用PPT画出中间的模糊 ...

这是用ChemDraw画的，ChemDraw可以画出这种颜色深浅渐变的球

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-2-24 21:57:28

AndrewX 发表于 2021-2-24 21:32
附件中带颜色的原子球在文献中非常常见，请问是否可以用PPT画出来？尝试了下发现没办法用PPT画出中间的模糊 ...

在 chemdraw 里按如下步骤操作即可：

AndrewX · 发表于 Post on 2021-2-25 01:55:11

北大-陶豫发表于 2021-2-24 21:57
在 chemdraw 里按如下步骤操作即可：

太感谢了，竟忘了ChemDraw!

498746012 · 发表于 Post on 2021-2-25 11:56:26

sobereva 发表于 2021-2-24 11:15
注意从ORCA 4.2开始才支持DLPNO-CCSD(T)算开壳层单重态

有多种方式算对称破缺态，例如

谢谢sob老师耐心的解答

yang2020 · 发表于 Post on 2021-2-25 12:44:29

对图上两组体系进行优化时，体系1和体系2的关键词都为 #p opt freq m062x/6-311g(d) empiricaldispersion=gd3 out=wfn ，体系1优化正常，体系2优化一会儿后总是出现如下报错：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UM062X) =  -1230.22818940    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.27D-05    -V/T= 2.0040
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.8058 S= 0.5275
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 1.225331715858D+03 PE=-5.749285234258D+03 EE= 1.880861576953D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    0.8058, after    0.7525
Convergence failure -- run terminated.

是因为掺杂N原子后导致的吗？

yang2020 · 发表于 Post on 2021-2-25 12:45:21

补充一下：体系1是第一张图，体系2是第二张图

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

关于IRC的计算

几何结构优化时总是出现报错