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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-13 11:35:26 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-13 09:34
sob老师,再次请教一下阴阳离子结合力的问题。我上次算的阴阳离子的结合能有 55 eV,我还是有点担心不被审 ...

好奇问一下什么阴离子、什么阳离子啊
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-2-13 12:11:12 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-13 09:34
sob老师,再次请教一下阴阳离子结合力的问题。我上次算的阴阳离子的结合能有 55 eV,我还是有点担心不被审 ...

这个不需要文献来证明,只需要把分子间作用力的公式列出来,然后指出阴阳离子的作用力相比中性分子多一项库伦作用力,然后这项是负的,就行了。一定要引文献的话,可以随便引一本英文的、讲分子力学的教材。
你这里的问题不在于阴阳离子结合能比中性分子大,而在于大得太多了。你用了显式/隐式混合溶剂模型没有?如果没有,那么这个55eV完全不可信,偏大两个数量级都有可能。这才是审稿人会质疑的点,审稿人会说,虽然阴阳离子的作用力比中性分子强,但不可能强那么多,你盲目套用了定性结论去解释一个定量上不可能的事情,就好比你说你身高10米,然后引文献说这是因为人比蚂蚁高。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2021-2-15 10:39:17 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-13 11:35
好奇问一下什么阴离子、什么阳离子啊

Keggin型多酸和+3价的金属阳离子

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发表于 Post on 2021-2-15 10:52:26 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-15 10:39
Keggin型多酸和+3价的金属阳离子

无论如何,55 eV 的结合能是高得离谱了,你怎么算的……
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-15 15:50:54 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-15 10:52
无论如何,55 eV 的结合能是高得离谱了,你怎么算的……

单独的金属阳离子和Keggin型阴离子分别算一个能量,结合到一起的中性络合物再算一个能量,相减得到的。

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发表于 Post on 2021-2-15 16:28:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-13 12:11
这个不需要文献来证明,只需要把分子间作用力的公式列出来,然后指出阴阳离子的作用力相比中性分子多一项 ...

您好,还得请教一下,实验上报道是在水溶液中合成的催化剂,这个是需要加隐式溶剂模型的。
后面进行了冷冻抽干,这时候水应该都被抽走了(当然也有可能还有结晶水),那水被抽走了,我算结合能的时候是不是不应该再加隐式溶剂模型了?

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发表于 Post on 2021-2-15 16:39:51 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-15 16:28
您好,还得请教一下,实验上报道是在水溶液中合成的催化剂,这个是需要加隐式溶剂模型的。
后面进行了冷 ...

抽干以后是固体,如果真的要准确描述抽干以后的状态,应当用团簇模型或者周期性边界条件,但那样比较麻烦,尤其假如抽干以后是无定形固体,很难确定团簇或者晶胞里的其他离子怎么摆。但如果结晶水很多,也可以粗略用水溶液代替。又或者如果可以估出固体催化剂的介电常数,可以在考虑溶剂效应时把水的介电常数改成固体催化剂的介电常数,这样比单纯用水作为溶剂来算要靠谱一些。
如果既不加溶剂模型,又不用团簇模型或者周期性边界条件,那么你算出来的是气态的催化剂,显然和实验相去甚远。气态催化剂和固态催化剂的区别,比固态催化剂和溶液相催化剂的差别大得多得多,所以即使连结晶水都抽走了,用溶剂模型也比不用溶剂模型单算两个离子要准得多得多。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-2-15 17:33:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我研究的金属配合物的两个配体处于对位,距离较远,我想定量计算一下这两个配体之间的耦合,所以想请教您:怎么定量计算分子内两个分子轨道之间耦合,有什么软件可以计算的?感谢。

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发表于 Post on 2021-2-15 19:44:35 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2021-2-15 17:33
sob老师,我研究的金属配合物的两个配体处于对位,距离较远,我想定量计算一下这两个配体之间的耦合,所以 ...

请你首先定义你说的耦合是什么意思
没有“两个分子轨道之间的耦合”这个说法,至少也得多加一些定语,不要随意省略定语
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-16 05:09:57 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2021-2-15 17:33
sob老师,我研究的金属配合物的两个配体处于对位,距离较远,我想定量计算一下这两个配体之间的耦合,所以 ...

“耦合”是一个非常含糊的词,有不同角度体现、不同方法计算,如果说不清楚,至少拿出一篇相关文献说事
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发表于 Post on 2021-2-16 20:33:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2021-2-16 20:34 编辑

sob老师,先祝老师及其论坛里所有老师新年快乐  请问一下如何判断吸附结构优化成功后是一个最稳定的结构,而不是处在势能面的极小点。

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发表于 Post on 2021-2-16 20:43:04 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-2-16 20:33
sob老师,先祝老师及其论坛里所有老师新年快乐  请问一下如何判断吸附结构优化成功后是一个最稳定的结构, ...

好像可以用分子动力学先大致做个构象搜索,找到几个极小点结构,然后分别作精细的计算,看看哪个能量最低。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-17 06:57:40 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-2-16 20:33
sob老师,先祝老师及其论坛里所有老师新年快乐  请问一下如何判断吸附结构优化成功后是一个最稳定的结构, ...

看具体什么体系。简单的手动摆几个可能的吸附方式分别优化再对比高精度单点能量,复杂情况跑动力学采样,然后分别优化算单点,类似于下文的情况
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
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发表于 Post on 2021-2-17 10:25:18 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用gaussian找过渡态,用QST2方法时,是否要加geom=connectivity?

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发表于 Post on 2021-2-17 11:30:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-17 06:57
看具体什么体系。简单的手动摆几个可能的吸附方式分别优化再对比高精度单点能量,复杂情况跑动力学采样, ...

好的,多谢老师,那如果是吸附结构做完过渡态搜索再通过IRC得到的初态和末态是不是只要再优化就好了,就不用再找其他初态末态了。

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