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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 09:56:14 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-22 22:49
好的,谢谢老师!老师,一般我需要在结构中标明键长键角,也只能自己编辑吗?有什么好用方法可以推荐一下 ...

CYLview可以指定标记哪些
使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
http://sobereva.com/453http://bbs.keinsci.com/thread-11760-1-1.html

记得Chemcraft里可以一次都标记上

如果想文字美观,一般都ps
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 09:57:03 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-2-22 19:25
求助,在使用qst2搜索乙醇脱水反应的过渡态时,gaussian停在performing Berny Optimization,查看cpu发现没 ...

用6-31g是搞笑,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

没事甭用QST2,既不好用程序也有bug,仔细看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

甭写多余的Cartesian
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 09:58:02 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-22 10:34
怎么修改用高斯绘制出来结构的标签颜色呢?想把黑色数字变成白色数字。谢谢各位老师!

File - Preference - Text里面可以改标签文字颜色
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 10:07:11 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-22 20:38
再次请教一下各位老师,我想计算一个物质的介电常数,我看sob老师的博文中是要先算一下极化率,但是有几个 ...

1 甭用纯泛函。用什么看具体体系,起码PBE0比M06L合适得多。6-31+G*算极化率完全不能接受,该用什么这里说了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

2 使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出
http://sobereva.com/231

3 可以
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发表于 Post on 2021-2-23 10:15:42 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-22 22:49
好的,谢谢老师!老师,一般我需要在结构中标明键长键角,也只能自己编辑吗?有什么好用方法可以推荐一下 ...

我不知道有什么好办法,恐怕还是要自己手动编辑图片了
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-23 10:17:26 | 只看该作者 Only view this author
请问,在计算IRC后如果对每一个结构的自旋布居感兴趣,又不想重新提取结构计算,是否有方法让IRC计算中就输出每一个结构的电荷和自旋布居信息?似乎默认只输出起始结构,#p也无用。

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发表于 Post on 2021-2-23 10:22:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-23 09:58
File - Preference - Text里面可以改标签文字颜色

好的,谢谢sob老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-23 10:31:41 | 只看该作者 Only view this author
seenbefore 发表于 2021-2-23 10:17
请问,在计算IRC后如果对每一个结构的自旋布居感兴趣,又不想重新提取结构计算,是否有方法让IRC计算中就输 ...
参考
产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
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发表于 Post on 2021-2-23 11:14:27 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,一个化合物通过键的旋转得到其同分异构体,这个同分异构体具体怎么找呢?旋转后的能量怎么看?谢谢老师!
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发表于 Post on 2021-2-23 11:15:31 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-23 10:15
我不知道有什么好办法,恐怕还是要自己手动编辑图片了

嗯嗯,我先试试PS,谢谢老师!
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发表于 Post on 2021-2-23 11:29:41 | 只看该作者 Only view this author
想问下老师QM/MM计算前期的MD平衡,QM区分子跑到边界去了,应该怎么处理呢?给QM区施加限制的力以防止其乱跑吗?(QM区是一个硫代的有机小分子)

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发表于 Post on 2021-2-23 15:01:21 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-23 11:14
各位老师,一个化合物通过键的旋转得到其同分异构体,这个同分异构体具体怎么找呢?旋转后的能量怎么看?谢 ...

就用gaussview扭转一下那个键,然后做结构优化就好了啊
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-2-23 15:37:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-23 15:01
就用gaussview扭转一下那个键,然后做结构优化就好了啊

好的,谢谢老师,
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-2-23 16:17:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于热力学数据计算,牵扯到ZPE、内能、熵、焓等的计算,有具体实例吗?谢谢!
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发表于 Post on 2021-2-23 16:42:54 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-23 16:17
老师,对于热力学数据计算,牵扯到ZPE、内能、熵、焓等的计算,有具体实例吗?谢谢!

卢老师博文
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》
http://sobereva.com/327
第3节

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