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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-8 19:44:16 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请问一下无磁性周期性体系(例如氧化铝以及铜)中加入额外电子时,需要考虑多重度吗?我测试时发现考虑多重度和不考虑多重度,最终计算能量几乎相同,是不是不用考虑多重度即可?

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发表于 Post on 2021-2-8 20:24:24 | 只看该作者 Only view this author
MADAOLay 发表于 2021-2-8 19:44
老师好,我想请问一下无磁性周期性体系(例如氧化铝以及铜)中加入额外电子时,需要考虑多重度吗?我测试时 ...

你没有正确地理解这个问题。自旋多重度总是存在的,你不考虑它它也存在。你如果不考虑自旋多重度,那么程序会选用默认的自旋多重度,也就是对于偶数电子体系为1,奇数电子体系为2。考虑和不考虑的能量相同,只意味着你设定的自旋多重度和默认的自旋多重度相同,但是不排除是你设定的和程序默认的都是错的。
真正要说“考虑”自旋多重度的话,应该是把所有可能的自旋多重度都算一遍,取能量最低的那个。如果这样做出来的结果和程序默认的自旋多重度的结果相同,那也不必然说明无需考虑自旋多重度,因为程序有可能是“蒙对”的,对于其他类似的体系,程序的默认自旋多重度未必仍然是正确的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-2-8 20:26:08 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-8 19:32
sob老师您好,请教一个问题。我算一个+3价的金属和一个-3价络合物的结合能,这个能量是54 eV,这个结合能的 ...

你用溶剂模型了吗?
这种高度带电的体系,必须用显式/隐式混合溶剂模型,或者用QM/MM描述溶剂效应,否则结果完全是垃圾。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-8 21:08:37 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-2-8 10:59
社长 请问目前有用您xtb联用gaussian找过渡态的方法发表的文章吗? 我在一篇文章中使用了这个方法 返修意见 ...

审稿人这种意见才是meaningless的,什么依据都没有
xtb已经被Grimme用于含过渡金属的过渡态搜索问题上了,见
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.9b01266
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-8 21:10:07 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-8 16:08
请教一下现在是否有小程序能完成如下功能,以及这个功能做出来的话是否常用:
有分子片段 A 和 B,其中原 ...

align后保存结构
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-8 21:11:41 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-2-8 19:32
sob老师您好,请教一个问题。我算一个+3价的金属和一个-3价络合物的结合能,这个能量是54 eV,这个结合能的 ...

如果是真空下算的这并不意外
本身真空下高价阴阳离子结合的作用能就非常大
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发表于 Post on 2021-2-9 10:09:19 | 只看该作者 Only view this author
请问在哪可以查看高斯软件是否为D还是W版本呢?D和W版本有啥区别?命名又是如何来的呢?

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发表于 Post on 2021-2-9 11:49:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-8 21:10
align后保存结构
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290(htt ...

啊啊明白了,非常感谢!
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-9 11:50:47 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2021-2-9 10:09
请问在哪可以查看高斯软件是否为D还是W版本呢?D和W版本有啥区别?命名又是如何来的呢?

grep Rev *.log
(在输出文件中寻找Rev)
输出的就是版本吧?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-9 11:52:59 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2021-2-9 10:09
请问在哪可以查看高斯软件是否为D还是W版本呢?D和W版本有啥区别?命名又是如何来的呢?

你的问题莫名其妙
D是修订版版本的前缀,诸如D.01,而W代表windows,二者完全是相互独立的
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发表于 Post on 2021-2-9 17:52:57 | 只看该作者 Only view this author

求助:为什么高斯计算的时候加上D3校正老是报错?

我想用高斯算一个有机小分子和阴离子进行弱相互作用的体系,加了D3校正后程序老是报错,跑不起来,去掉D3校正就正常。输入文件如下。请问是什么原因呢?另外,我要怎么判断我的小分子和阴离子是发生了弱相互作用还是化学成键呢?

gs.gjf

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发表于 Post on 2021-2-9 18:00:21 | 只看该作者 Only view this author
不要自己造软件的关键词,看手册。
https://gaussian.com/dft/
点右上角的More→Empirical Dispersion
比如你这个写作B3LYP EmpiricalDispersion=GD3BJ
综合ELF、RDG、AIM等分析的结果。

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发表于 Post on 2021-2-9 19:50:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-9 11:52
你的问题莫名其妙
D是修订版版本的前缀,诸如D.01,而W代表windows,二者完全是相互独立的

学到啦,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-9 23:32:31 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-2-9 17:52
我想用高斯算一个有机小分子和阴离子进行弱相互作用的体系,加了D3校正后程序老是报错,跑不起来,去掉D3校 ...

DFT-D色散校正的使用
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发表于 Post on 2021-2-13 09:34:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,再次请教一下阴阳离子结合力的问题。我上次算的阴阳离子的结合能有 55 eV,我还是有点担心不被审稿人认可。如果我把金属阳离子放在距离阴离子很远的地方进行优化,然后再用结合到一起的这个能量 减去 阴阳离子距离很远优化得到的能量,这个能量差能看成是吸附能吗?
(PS:sob老师有没有看到过离子结合力比中性原子结合力强的文献?或者是说表明了阴阳离子结合力强的文献也可以。我想说明一下我这个阳离子的与阴离子结合能比中性原子与阴离子的结合能大。我网上搜了很多,都没特别想要的。)

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