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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-3 14:11:07 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-3 12:56
构象变化显然是基本不涉及键长变化的,基本只涉及键角和/或二面角的变化。你可以试试柔性扫描,想想扫描 ...

OK!
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发表于 Post on 2021-2-3 23:33:19 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果gaussian16中加电场用关键词field=x+300,有几点疑问:
(1)这时所加的电场是匀强电场吗,即分子受到的电场强度是处处相等的吗?
(2)分子内部电子转移也会形成极化的电场,这是否会使各处电场强度改变,即这种极化电场会对施加的外电场有影响吗?
(3)加外电场后B3LYP计算还是在输出文件末尾的archive段落中HF=读电子能量吗?
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-4 03:22:32 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-2-3 23:33
请问老师,如果gaussian16中加电场用关键词field=x+300,有几点疑问:
(1)这时所加的电场是匀强电场吗, ...

1 是
2 某个位置实际的电场相当于分子产生的电场和外部电场的矢量和
3 是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-2-4 11:33:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-4 03:22
1 是
2 某个位置实际的电场相当于分子产生的电场和外部电场的矢量和
3 是

多谢老师,还有一个问题请教老师:
考察电场对某分子中的某个键的影响,让电场沿着分子中某个键,做几何优化时,分子可能会和初始构型有较大变形,如果用内坐标加上Opt=Z-Matrix计算,是不是可以让电场方向在几何优化过程中随着所研究键方位的变化而改变?如果用笛卡尔坐标不加Opt=Z-Matrix计算,是不是相当于电场方向与初始构型所确定的空间方位在几何优化过程中恒定不变,这时电场方向不会因为优化导致的几何结构变形而追随某个键的方向改变?
谢谢老师!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-4 16:00:18 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-2-4 11:33
多谢老师,还有一个问题请教老师:
考察电场对某分子中的某个键的影响,让电场沿着分子中某个键,做几何 ...

显然不可能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-4 16:22:36 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,也就是gaussian加的电场是按照初始构型确定的坐标系,在几何优化过程中方向不会随着分子构型变化而改变,对吗?

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发表于 Post on 2021-2-5 15:12:33 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请教一下,对于NBO自然键轨道的分析看了帖子还是有些不明白,有无相关视频推荐?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-6 03:47:22 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-5 15:12
各位老师我想请教一下,对于NBO自然键轨道的分析看了帖子还是有些不明白,有无相关视频推荐?

没有视频
我讲授的量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/workshop/WFN_content.html)非常深入透彻讲各种波函数分析理论和实际程序的分析操作,总共2300多页的ppt中将近250页ppt都是NBO部分,这是最系统、最深入浅出的NBO分析讲解。今年年底办下一届,可以到时候参加。急着学的话可以购买上一届的讲义和培训录音,见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html),可发邮件到科音官方邮箱咨询。


以后有NBO问题去本论坛的波函数分析板块的NBO分类里问,这类问题不是发在这个帖子里的,在本帖1L明确说了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-6 03:50:16 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-2-4 16:22
谢谢老师,也就是gaussian加的电场是按照初始构型确定的坐标系,在几何优化过程中方向不会随着分子构型变 ...

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发表于 Post on 2021-2-7 13:57:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-6 03:47
没有视频
我讲授的量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/workshop/WFN_cont ...

好的,谢谢老师!
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发表于 Post on 2021-2-7 22:01:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-29 19:35
适合加D3
Gaussian自身的bug不要算在理论方法上
换个版本估计就没问题了

好的好的,谢谢Sob老师解答

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发表于 Post on 2021-2-8 10:59:25 | 只看该作者 Only view this author
社长 请问目前有用您xtb联用gaussian找过渡态的方法发表的文章吗? 我在一篇文章中使用了这个方法 返修意见中有一个审稿人认为我用这个方法去找酶口袋簇模型的过渡态是没有意义的(meaningless) 但实际情况我要比较6个簇模型(600原子左右有机体系) 如果用DFT重算真的算不动 并且我的目的不是想精确的找过渡态并计算能垒 而是找到一个反应发生前酶口袋的内定性正确的构象 所以想引用两篇已发表的用类似方法的文章去argue一下

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发表于 Post on 2021-2-8 16:08:41 | 只看该作者 Only view this author
请教一下现在是否有小程序能完成如下功能,以及这个功能做出来的话是否常用:
有分子片段 A 和 B,其中原子种类和数目都相同,原子间相对位置也大致相同。给定 A 和 B 中各原子的坐标(顺序未必对应),程序对 A 做适当的平移和旋转,使得 A 能和 B 基本重叠,输出平移和旋转后的 A 中各原子的坐标。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-8 16:55:58 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-8 16:08
请教一下现在是否有小程序能完成如下功能,以及这个功能做出来的话是否常用:
有分子片段 A 和 B,其中原 ...

要算RMSD之前往往都要做这种align吧,应该很多软件都能做,比如VMD里面RMSD tool,做完align然后保存一下坐标应该就可以了。

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发表于 Post on 2021-2-8 19:32:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请教一个问题。我算一个+3价的金属和一个-3价络合物的结合能,这个能量是54 eV,这个结合能的值还可以用吗?为什么这个数值比文献中报道的0价态的单原子金属的结合能大那么多呀?

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