计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

12631#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-25 13:07:32 | 只看该作者 Only view this author
yang2020 发表于 2021-2-25 12:44
对图上两组体系进行优化时,体系1和体系2的关键词都为 #p opt freq m062x/6-311g(d) empiricaldispersion ...

结构一看就完全离谱,碳上的氢都没了,哪可能存在这种结构。属于低级错误

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

值得注意的是,化学意义越强的结构、电子态通常越容易收敛。诸如成键方式普通的有机分子在平衡结构下计算基态时SCF极少会碰到不收敛的情况。遇到非常难收敛的情况应注意是否有以下问题:
1. 某些原子间距离太近
2. 用的结构相对于真实的结构有严重变形
3. 搭建的结构异想天开
4. 对于过渡金属配合物,自旋多重度设定得不符合实际基态


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

134

帖子

0

威望

1446

eV
积分
1580

Level 5 (御坂)

12632#
发表于 Post on 2021-2-25 14:33:43 | 只看该作者 Only view this author
求一份像文献中一样好看的ChemDraw画结构式的具体参数设置,谢谢~

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

12633#
发表于 Post on 2021-2-25 16:10:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2021-2-25 16:24 编辑

请问一下老师,同一个反应(苯甲醇脱氢与oh结合)同样的模型,在同样的的级别下ma-def2tzvp(def2tzvp加了弥散), 用M05-2X可以准确找到过渡态,而PBE0却找不到准确的过渡态,跑出来的结构更像是初态,而不是过渡态,难道这是PBE0在找过渡态上存在的问题吗?用IRC验证,结果跑完三个点就结束。

655

帖子

1

威望

5323

eV
积分
5998

Level 6 (一方通行)

12634#
发表于 Post on 2021-2-25 16:31:20 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-2-25 14:33
求一份像文献中一样好看的ChemDraw画结构式的具体参数设置,谢谢~


现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

655

帖子

1

威望

5323

eV
积分
5998

Level 6 (一方通行)

12635#
发表于 Post on 2021-2-25 16:32:54 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-2-25 16:10
请问一下老师,同一个反应(苯甲醇脱氢与oh结合)同样的模型,在同样的的级别下ma-def2tzvp(def2tzvp加了 ...

苯甲醇脱氢与oh结合,是什么意思……?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12636#
发表于 Post on 2021-2-25 23:13:41 | 只看该作者 Only view this author
sob老师能问一下Linux服务器上可以装两个版本的orca吗?如orca4.1和orca4.2,如果不可以的话,如何把orca4.1卸载呀?是不是直接把orca4.1文件夹删掉就可以了,我是想装orca4.2,但是服务器上只有orca4.1

249

帖子

0

威望

1254

eV
积分
1503

Level 5 (御坂)

争取学好计算化学!

12637#
发表于 Post on 2021-2-25 23:46:31 | 只看该作者 Only view this author

老师,一个化合物通过旋转其中一个键,可能产生多个同分异构体,那每一个同分异构体是怎么画的呢?(都是自己来判断吗?)他们的rotation barrier看out文件的哪里呢?谢谢老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

655

帖子

1

威望

5323

eV
积分
5998

Level 6 (一方通行)

12638#
发表于 Post on 2021-2-26 10:45:39 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-25 23:46
老师,一个化合物通过旋转其中一个键,可能产生多个同分异构体,那每一个同分异构体是怎么画的呢?(都是 ...

直接扫描二面角得到过渡态和中间体就好了呀
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

12639#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-26 14:17:53 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-2-25 23:13
sob老师能问一下Linux服务器上可以装两个版本的orca吗?如orca4.1和orca4.2,如果不可以的话,如何把orca4. ...

不用删。.bashrc里把相关环境变量指向ORCA 4.2的就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

12640#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-26 14:18:27 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-25 23:46
老师,一个化合物通过旋转其中一个键,可能产生多个同分异构体,那每一个同分异构体是怎么画的呢?(都是 ...

搜索旋转过程的过渡态,与相邻的极小点相减就是旋转势垒
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

12641#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-26 14:19:21 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-2-25 16:10
请问一下老师,同一个反应(苯甲醇脱氢与oh结合)同样的模型,在同样的的级别下ma-def2tzvp(def2tzvp加了 ...

普通有机反应,以M06-2X是否找到过渡态来说事,可靠度比PBE0高。
此体系加弥散是多余的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

249

帖子

0

威望

1254

eV
积分
1503

Level 5 (御坂)

争取学好计算化学!

12642#
发表于 Post on 2021-2-26 14:37:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-26 14:18
搜索旋转过程的过渡态,与相邻的极小点相减就是旋转势垒

好的,谢谢sob老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

249

帖子

0

威望

1254

eV
积分
1503

Level 5 (御坂)

争取学好计算化学!

12643#
发表于 Post on 2021-2-26 14:38:12 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-26 10:45
直接扫描二面角得到过渡态和中间体就好了呀

好的,谢谢老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

12644#
发表于 Post on 2021-2-26 16:16:54 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-25 16:32
苯甲醇脱氢与oh结合,是什么意思……?

多谢老师回复,就是苯甲醇-CH2上脱去的一个H与OH生成H20

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12645#
发表于 Post on 2021-2-26 17:13:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-26 14:17
不用删。.bashrc里把相关环境变量指向ORCA 4.2的就完了

谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:29 , Processed in 0.251416 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list