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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-26 20:41:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-26 14:19
普通有机反应,以M06-2X是否找到过渡态来说事,可靠度比PBE0高。
此体系加弥散是多余的

好的,我知道了,多谢老师回复,我是看到反应后面有TiO2参与,我才统一用PBE0的,我之前加弥散的原因是看到有范德华作用才加的。

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发表于 Post on 2021-2-27 01:52:50 | 只看该作者 Only view this author

gaussian提示错误,为啥?

Gausssian里面是这样的:# Opt wB97xv/GenEcp Temperature=323.15 scrf=(SMD,solvent=anisole) ,但是提示有错误。不知道那儿的错啊。

Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                27-Feb-2021
******************************************
%chk=/home/erya123/input/save/54.chk
%nproc=48
Will use up to   48 processors via shared memory.
%mem=5Gb
-----------------------------------------------------------------
# Opt wB97xv/GenEcp Temperature=323.15 scrf=(SMD,solvent=anisole)
-----------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# Opt wB97xv/GenEcp Temperature=323.15 s
       '
Last state= "GCL"
TCursr=      3523 LCursr=         6
Error termination via Lnk1e in /home/erya123/g09/l1.exe at Sat Feb 27 01:49:55 2021.

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发表于 Post on 2021-2-27 01:58:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-2-27 02:00 编辑

高斯根本不支持wB97X-V,orca支持

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发表于 Post on 2021-2-27 02:08:06 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2021-2-27 01:58
高斯根本不支持wB97X-V,orca支持

有过渡金属参加的有机化学反应都有哪些泛函候选啊。知道的有M062X.

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发表于 Post on 2021-2-27 02:43:44 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-2-27 02:08
有过渡金属参加的有机化学反应都有哪些泛函候选啊。知道的有M062X.

M062X是典型不适合过渡金属的,一般来说PBE0/Tpssh比较稳健

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 02:45:04 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-2-27 01:52
Gausssian里面是这样的:# Opt wB97xv/GenEcp Temperature=323.15 scrf=(SMD,solvent=anisole) ,但是提示 ...

仔细看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

用M06-2X算这类问题会被内行审稿人骂得很惨,明明是最不该用的
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发表于 Post on 2021-2-27 03:15:19 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-2-27 02:08
有过渡金属参加的有机化学反应都有哪些泛函候选啊。知道的有M062X.

你估计是把M06和M062X弄混了,这是两个不同的泛函,前者适合算过渡金属体系(但也不是特别适合),后者适合算主族体系
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-2-27 03:18:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-27 03:15
你估计是把M06和M062X弄混了,这是两个不同的泛函,前者适合算过渡金属体系(但也不是特别适合),后者适 ...

M06系列泛函做优化做的简直已经有心理阴影总感觉这些玩意这也不行那也不行

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2021-2-27 11:16:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,这个Potential energy profile是指的什么能量呢?谢谢!
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-2-27 13:46:33 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-2-27 03:18
M06系列泛函做优化做的简直已经有心理阴影总感觉这些玩意这也不行那也不行

当时M06系列主打招牌还是描述色散,后来DFT-D出来了M06系列就没有特别的优势了,但是用户惯性已经形成了。。。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 19:44:29 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-27 11:16
老师,这个Potential energy profile是指的什么能量呢?谢谢!

势能面
在特定语境下,可能只是指某个子空间中的势能面
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喵星大佬 发表于 2021-2-27 03:18
M06系列泛函做优化做的简直已经有心理阴影总感觉这些玩意这也不行那也不行

M06-2X主要用处也就是Gaussian用户算算有机反应能、势垒这种问题
优化能用B3LYP-D3(BJ)时肯定不用M06-2X,算高精度单点会用ORCA的都不用M06-2X。M06如今基本没用,M06L也没多少机会派上用场,M06HF完全废物
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发表于 Post on 2021-3-1 16:31:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想请教一下DLPNO-CCSD(T) def2-TZVPP def2-TZVPP/C  def2/JK RIJK 和noRI精度差别大吗?对于开壳层体系,noRI 和RIJK哪个更准呀

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发表于 Post on 2021-3-1 22:01:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-3-1 16:31
sob老师您好,想请教一下DLPNO-CCSD(T) def2-TZVPP def2-TZVPP/C  def2/JK RIJK 和noRI精度差别大吗?对于 ...

永远是NoRI比RIJK更准,且NoRI一般更慢。
但是对于DLPNO-CCSD(T)计算,两者的精度和时间差别都不重要,因此怎么做都行。原因是RIJK只影响DLPNO-CCSD(T)的HF部分的计算,而这一部分一般只占总计算时间的一小部分,而且HF计算的误差绝大部分可以靠CCSD(T)的单重激发项补回来。
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发表于 Post on 2021-3-1 22:16:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,关于原子电荷的计算,我想请教您两个问题:

我的研究体系是改性碳材料表面,气体小分子的吸附和分解过程,不涉及金属。之前一直采用的是Mulliken电荷,并基于此分析催化剂表面、以及气体分子分解前后的性质。但最近收到意见,要求采用AIM电荷重新计算一些关键结构;我计算AIM电荷后发现,一些结构中部分原子上的AIM电荷,确实与采用Mulliken电荷时的数值有较大差异。现在需要解释,造成这样情况的原因。由于我之前对AIM电荷不太了解,因此想请问您:
1. AIM电荷与Mulliken电荷在相同体系,部分原子上有明显差异,可能有哪些主要的原因?
2. 在目前的体系中,采用哪种电荷结果更为可信?

麻烦您了,谢谢!

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