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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-3 00:23:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,我要算不同温度下的热力学量(如:H、S),温度是怎么设置的呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 01:20:25 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-3-3 00:23
老师,我要算不同温度下的热力学量(如:H、S),温度是怎么设置的呢?

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-3-3 08:20:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-2 18:37
把坐标后面的连接关系去掉,否则读外电场时会把那些信息当做电场强度

基组都没极化函数,根本没法用

谢谢sob老师,学到了很多~

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2021-3-3 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-3 01:20
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552(http://bbs.kein ...

好的,谢谢老师!
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发表于 Post on 2021-3-3 23:36:22 | 只看该作者 Only view this author
G09RevD.01 里面使用Lanl2dz的时候就可以运行,但是Lanl2TZ就报有错误。错误信息如下:
Centers:       1      4      8     11     25     27     31     35      5      6
Centers:       7     12     13     14     17     18     20     21     23     24
Centers:      26     28     29     30     32     33     34      2      3      9
Centers:      10     16     19     22     36
6-311+G**
****
Centers:      15
lanl2TZ
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
lanl2TZ
'
Last state= "Top"
TCursr=      2832 LCursr=         0
Error reading general basis specification.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l301.exe at Wed Mar  3 15:22:04 2021.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 39.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-4 00:40:01 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-3-3 23:36
G09RevD.01 里面使用Lanl2dz的时候就可以运行,但是Lanl2TZ就报有错误。错误信息如下:
Centers:       1 ...

lanl2TZ不是自带的
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 2021-3-5 05:26:16 | 只看该作者 Only view this author
请问在ubuntu20.04里怎么能更改例如.gjf.out之类文件的默认打开方式为gview呢? 现在只能以文本格式默认打开,必须先进入gview才能以图形界面打开.

我按照sob老师的方法安装好了g16和gview, 这是~/.bashrc里添加的命令:
export g16root=/home/altria
export GAUSS_SCRDIR=/home/altria/g16/scratch
source /home/altria/g16/bsd/g16.profile
alias gv='/home/altria/gv/gv'

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发表于 Post on 2021-3-5 07:02:50 | 只看该作者 Only view this author
各位专家,激发态到基态 “S0←S1“”写法 与“S1→S0” 写法 有啥区别?

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发表于 Post on 2021-3-5 09:06:55 | 只看该作者 Only view this author
ZHANGZY 发表于 2021-3-5 07:02
各位专家,激发态到基态 “S0←S1“”写法 与“S1→S0” 写法 有啥区别?

分子光谱学里,一般是约定把高能态写在前面。箭头是从初态出发指向末态。

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发表于 Post on 2021-3-5 11:39:31 | 只看该作者 Only view this author
大家好。请问有没有支持ccsd解析频率的免费软件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-6 00:43:57 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-3-5 11:39
大家好。请问有没有支持ccsd解析频率的免费软件?

CFOUR。虽然免费但申请麻烦

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发表于 Post on 2021-3-6 09:27:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2021-3-6 09:28 编辑

sob老师打扰了,用orca进行DFT单点计算的时候为什么SCF能量不是一直下降而是降到很低最后又升上去了?如何知道这里的SCF是收敛的呢?

问题3.JPG (96.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

问题3.JPG

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发表于 Post on 2021-3-6 15:44:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-3-6 15:46 编辑
498746012 发表于 2021-3-6 09:27
sob老师打扰了,用orca进行DFT单点计算的时候为什么SCF能量不是一直下降而是降到很低最后又升上去了?如何 ...

这是因为计算开了DIIS。在没有开收敛加速或者只开了damp、shift的情况下,SCF的能量是变分的,但是开了DIIS的SCF的能量不是变分的,也就是中间迭代步骤的能量有可能比收敛的能量低。
你的情况下SCF收敛是肯定收敛了(最严格的判据是[F,P]小于一定阈值,其次是Max-DP小于一定阈值,再其次是RMS-DP小于一定阈值,最不严格的是Delta-E小于一定阈值),只不过不能严格确定收敛到了稳定解。如果不放心,可以做个稳定性测试。但是需要注意,当开了DIIS时,迭代过程中是否曾出现比收敛的能量稍低的能量,不会影响收敛到不稳定解的概率,换句话说即使你没有观察到现在这样的能量先降低再升高的迹象,收敛到不稳定解的概率也是一样的(要是最低的能量比收敛能量低好几个au那另说)。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-3-6 15:55:55 | 只看该作者 Only view this author
【高斯求助】问:要分析单重激发态或者三重激发态的自旋布居或自旋密度需要获得激发态波函数,用out=wfn结合root=i来指定输出哪一个激发态的波函数。
本人按照这个思路以甲酰胺为例去做TD计算得到的wfn文件用MultiWFN主功能15>1>5来分析自旋布居的时候发现布居数处处为0,且打开wfn文件时发现第二行:“GAUSSIAN             51 MOL ORBITALS     96 PRIMITIVES        6 NUCLEI”。
按理说甲酰胺只有24个电子也应该是得到24个占据轨道,为什么这里得到51个?
且轨道能量统统为零: "MO    1     MO 0.0        OCC NO =    2.0022399  ORB. ENERGY =    0.000000...略"
计算的route section:# TD(triplets,nstates=4,root=2) cam-b3lyp/6-31g(d) output=wfn
望赐教!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-7 05:45:41 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-6 15:55
【高斯求助】问:要分析单重激发态或者三重激发态的自旋布居或自旋密度需要获得激发态波函数,用out=wfn结 ...

TDDFT算的激发态没法算自旋密度
但是计算TDDFT激发态的自然轨道,然后靠Multiwfn绘制odd electron density(看Multiwfn手册4.A.6节的介绍和例子)可以等效体现未成对电子的分布
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