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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 19:23:37 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-3-26 18:43
怎么通过Linux来提交Gaussian任务呢?

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 19:23:46 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2021-3-26 18:01
用大基组算单点需要检验波函数稳定性吗

和基组大小无关
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 19:24:20 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-3-26 12:00
sob老师您好,如何在gamess的输出文件中看它是不是开壳层单重态呀?搜spin没有这个关键词

看布居分析输出,或者把输出文件后缀改为.gms后给Multiwfn当输入文件,绘制自旋密度等值面图
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发表于 Post on 2021-3-28 06:34:10 | 只看该作者 Only view this author
【求助】用ORCA做激发态频率分析(当前方法只支持Numerical Freq)的时候速度特别慢!
  24个原子的体系算了十几个小时还没算完。
  1. 使用RI结合辅助基组是否能加速频率计算?
  2. 能否有支持激发态解析频率计算的关键词?请指点一下。
  我目前用的关键词是:
! b3lyp DEF2-SVP FREQ
%maxcore  2048
%pal nprocs   30 end
%tddft
nroots 3
iroot 1
end

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-28 10:29:20 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-28 06:34
【求助】用ORCA做激发态频率分析(当前方法只支持Numerical Freq)的时候速度特别慢!
  24个原子的体系算了 ...

强烈建议改用G16

没解析Hessian的情况一个小分子的freq算N天很正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-28 11:32:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-28 10:29
强烈建议改用G16

没解析Hessian的情况一个小分子的freq算N天很正常

感谢社长您的回复!
我不得不用ORCA的原因是需要获得.hess文件做后续的ISC,荧光,磷光速率常数计算(ORCA手册中ESD模块的功能)。
之前您的博文,用ORCA算SOC矩阵元然后根据爱因斯坦公式算磷光速率;要是想得到ISC速率常数也可以结合Marcus公式计算。
但手算的精准程度跟ORCA内置的模块计算的精确度有可比性吗?
如果想要发表的话是不是考虑用ORCA自带的算法去计算更有说服力呢?

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发表于 Post on 2021-3-28 11:57:42 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我现在计算两个单体分子合成一个大分子的过程。用低基组优化结构算频率,再用高基组算单点能校正算△G。
高基组下,关键点与关键点的△G差值与低基组算出的差不多。但是高基组下两个单体分子之和与关键点的△G差值比低基组算出的高一些,导致整个反应的自由能变化偏高。请问如何解决呢?

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发表于 Post on 2021-3-28 17:54:50 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2021-3-28 11:57
老师您好,我现在计算两个单体分子合成一个大分子的过程。用低基组优化结构算频率,再用高基组算单点能校正 ...

问题是你确定高的是错的、低的是对的吗?
没有任何其他证据的情况下,应该始终以大基组的计算结果为准,即使这对你的结论不利。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-3-28 17:58:59 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-28 06:34
【求助】用ORCA做激发态频率分析(当前方法只支持Numerical Freq)的时候速度特别慢!
  24个原子的体系算了 ...

可以用RIJCOSX加速。ORCA暂时不支持解析TDDFT频率
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2021-3-28 18:05:59 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-28 11:32
感谢社长您的回复!
我不得不用ORCA的原因是需要获得.hess文件做后续的ISC,荧光,磷光速率常数计算(ORC ...

ORCA ESD用的是路径积分方法,比Marcus理论和爱因斯坦公式准,建议还是用ESD
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-3-28 18:12:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-28 18:05
ORCA ESD用的是路径积分方法,比Marcus理论和爱因斯坦公式准,建议还是用ESD

感谢您的回复!
我还有一个关于SOC矩阵元的问题:
一般来说计算两个态的SOC矩阵元,最好是用MECP结构,然用ORCA自带的MECP优化模块,如何指定Sn->Tm态的MECP呢?查阅手册没有找到可以指定第几单重态(三重态)的输入。难道是只能做S1->T1的MECP?

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发表于 Post on 2021-3-28 18:48:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-28 17:58
可以用RIJCOSX加速。ORCA暂时不支持解析TDDFT频率

感谢前辈的解答!
我查阅手册发现 “At present, analytical Hessians can be calculated for SCF and MP2 only.”
我对这句话提到的SCF和MP2具体指哪些方法,能否举几个例子?
感谢!

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发表于 Post on 2021-3-28 20:21:01 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-28 18:48
感谢前辈的解答!
我查阅手册发现 “At present, analytical Hessians can be calculated for SCF and M ...

SCF包括HF和DFT,MP2是什么你自己找个量化课本查去
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-3-28 20:27:32 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-3-28 18:12
感谢您的回复!
我还有一个关于SOC矩阵元的问题:
一般来说计算两个态的SOC矩阵元,最好是用MECP结构, ...

ORCA的MECP模块目前只支持基态DFT和CASSCF,不支持TDDFT。sob老师有个程序sobMECP(http://sobereva.com/286),但不知道有没有ORCA接口。
一般用初态结构的SOC矩阵元也可,初态结构SOC矩阵元和MECP结构SOC矩阵元的差别对结果的影响,一般比ORCA ESD和Marcus理论的差别小,所以计算SOC矩阵元的结构不用MECP也可以
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-28 23:17:37 | 只看该作者 Only view this author
ORCA有ESD模块是不错,但是没TDDFT解析Hessian,始终令许多用户没有用的意愿,实在是个硬伤
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