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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-18 19:05:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-18 17:18
基本不会,orca不支持GPU,高斯名义上支持GPU,但是有人测过(好像是sob老师测的?)发现提速不多,或者 ...

好的好的,谢谢老师,下次一定注意拼写

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发表于 Post on 2021-3-18 19:26:34 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-3-18 18:47
charge 设定净电荷值

分子要是不带电的单重态,设置了不就带电荷了吗?

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发表于 Post on 2021-3-18 19:48:11 | 只看该作者 Only view this author
按照你的描述,输入文件直接改啊

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发表于 Post on 2021-3-18 20:03:27 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2021-3-18 19:48
按照你的描述,输入文件直接改啊

好的,谢谢,我懂了!!!

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发表于 Post on 2021-3-18 22:34:58 | 只看该作者 Only view this author
刚刚申请了学校的超算中心,上面要求在计算前预估一下计算时长,想问下各位老师这要怎么估计呀,以及在计算时头几行mem=,nproc=,要限制在自己能用的最大范围吗?是怎么判断内存够不够呀?还是只能多算算就有经验了?

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发表于 Post on 2021-3-18 23:14:57 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-18 22:34
刚刚申请了学校的超算中心,上面要求在计算前预估一下计算时长,想问下各位老师这要怎么估计呀,以及在计算 ...

这个主要靠经验。假设你是DFT结构优化/频率计算,而且你的机子每个CPU的速度和超算差不多的话,你在自己机子上跑个20个原子左右的、跟你的体系类似的小体系,按计算时间正比于基函数数目的3次方、反比于CPU核数的1次方来估算就行。如果是DFT单点能,可以按基函数的2次方算。内存一般设成你能用的最大值的75%左右,并行的核数取决于任务类型和软件,如果是数值频率、NEB等并行效率特别高的计算,可以顶着你能用的上限用;其他计算一般不建议超过32核。如果你有N个计算量相似的任务,把这N个任务同时提交、每个任务用M个核,常常比依次算,每个任务用M*N个核要快(除非因为内存限制,这些任务没法同时跑)

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北大-陶豫 + 5 很有帮助!

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-3-18 23:39:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-18 23:14
这个主要靠经验。假设你是DFT结构优化/频率计算,而且你的机子每个CPU的速度和超算差不多的话,你在自己 ...

太感谢了,老师解释的好清楚

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发表于 Post on 2021-3-18 23:49:32 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 在对一个非标准氨基酸进行AIMD的时候 我把其中两个二面角的数据提取出来并用您的ddtpd对分布进行了概率转换 您在博文73, 5.2里提到的“注意这类图的单位是kT,k是Boltzmann常数(J/K),T是当前模拟时的温度(K),所以kT=T*1.3806503*10^-23J”
1. 请问在文章作图的时候 这个相对能量一般就是用 Energy去描述吗? 还是有其他的更具体的描述; 我是目前是用的Energy 但感觉有点笼统了没太说清楚
2. 还有一个问题 比如相对能量最低的构象是 6.4 (kT) 那我一定要把温度带进kT里 以J 作为单位,还是我可以直接保留kT这个单位 直接写6.4 kT就可以
谢谢社长

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发表于 Post on 2021-3-19 01:27:35 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-3-18 23:49
社长您好 在对一个非标准氨基酸进行AIMD的时候 我把其中两个二面角的数据提取出来并用您的ddtpd对分布进行 ...

1. Energy (kT)就行,也就是把单位kT写清楚就行
2. 建议换算成kcal,这样别人比较容易有概念
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-3-19 01:41:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-17 22:53
原则上哪个都可以,既可以设成转移前的,也可以设成转移后的,如果设成转移后的,把激发能取个负号就行了 ...

发现高斯的设定是只能转移前后是同一个spin multiplicity。唉,看来高斯还有很大的进步空间。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 06:49:26 | 只看该作者 Only view this author
836589673 发表于 2021-3-18 17:40
高斯问题求助:高斯view构建分子或者高斯输入文件怎样更改同一原子不同的氧化态的价态,特别是不常用的氧化 ...

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。以后发帖绝对不得再用诸如这次的“高斯输入文件 ”当标题,否则将直接删帖+记违规
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-19 09:20:10 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-3-18 08:48
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B团簇上时,发现B吸附前后发生形变

然后想用SAPT进行能量分 ...

你这两种结合能定义都不一样

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发表于 Post on 2021-3-19 11:21:46 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-3-19 09:20
你这两种结合能定义都不一样

首先感谢老师的回答

我的意思是吸附能能不能拆成形变能和另一种能量(想叫相互作用能,不知道是否准确),然后拿这个相互作用能去和SAPT分解得到的能量比较,说明SAPT计算是准确的(因为直接和吸附能比的话差的有点多,和这个相互作用能比误差就非常小),谢谢老师

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发表于 Post on 2021-3-19 15:07:06 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-18 22:34
刚刚申请了学校的超算中心,上面要求在计算前预估一下计算时长,想问下各位老师这要怎么估计呀,以及在计算 ...

其实这种任务预估时间我常常是按照它允许一个任务运行的最长时间写的(逃),否则这次时间写短了、下次交较大的任务时忘了改就尴尬了。
除非排队的任务比较多而我的任务又确实很小,那就把预估的时间改短一点。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-3-19 16:41:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在用ccsd(t)优化结构时提示不收敛,问题出现在rhfpro:
   Error
? No convergence
? The problem occurs in rhfpro”
这是什么原因啊,应该怎么解决?

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