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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-29 19:30:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-29 17:47
原子连接关系写了两遍。去掉第二次的

请问社长,这种文件用guassian计算的时候,有无原子连接关系,对结果的影响是啥呢?或者说,原子连接关系写出来有什么用呢?

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发表于 Post on 2021-3-29 20:09:11 | 只看该作者 Only view this author
黄舒伟 发表于 2021-3-29 19:30
请问社长,这种文件用guassian计算的时候,有无原子连接关系,对结果的影响是啥呢?或者说,原子连接关系 ...

可以看看卢老师博文 《谈谈原子间是否成键的判断问题》 http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html 里面的红字内容。另外,是Gaussian不是瓜斯,请注意一下软件名拼写。

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发表于 Post on 2021-3-29 20:46:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-29 17:47
有的xtb版本解析运行参数的时候有bug,尝试xtb最新版本,如果还有毛病,建议反馈给开发者

谢谢sob老师指点,用了最新版本,可以正常运行了,谢谢。

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发表于 Post on 2021-3-29 21:53:35 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-3-29 20:09
可以看看卢老师博文 《谈谈原子间是否成键的判断问题》 http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html 里 ...

也就是说删去并不会影响我们后面的构建(例如用resp文件去构建拓扑)是吧,好的,知道了,多谢大佬指正。gaussian手滑了~~

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发表于 Post on 2021-3-29 22:06:56 | 只看该作者 Only view this author
黄舒伟 发表于 2021-3-29 21:53
也就是说删去并不会影响我们后面的构建(例如用resp文件去构建拓扑)是吧,好的,知道了,多谢大佬指正。 ...

虽然需要先算RESP电荷,但是分子的成键方式不是从RESP电荷推出来的,而RESP电荷计算本身也不需要成键信息。换句话说高斯在这里既不需要成键信息,也没有做任何可以帮助构建成键信息的事情
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-3-29 22:23:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-29 22:06
虽然需要先算RESP电荷,但是分子的成键方式不是从RESP电荷推出来的,而RESP电荷计算本身也不需要成键信息 ...

好的,知晓了,万分感谢大佬讲解

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发表于 Post on 2021-3-30 10:00:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,对于过渡金属上连接的H,哪种方法计算它的HNMR更准些?            

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发表于 Post on 2021-3-30 10:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-29 17:47
原子连接关系写了两遍。去掉第二次的

收到!谢谢老师的指点!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-30 12:46:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-3-30 10:00
sob老师您好,对于过渡金属上连接的H,哪种方法计算它的HNMR更准些?

你是指直接和过渡金属成键的氢?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-30 12:48:39 | 只看该作者 Only view this author
黄舒伟 发表于 2021-3-29 19:19
请问为什么我这个gjf文件最后如果加上那两行gesp的情况下,不能运行,而删去后就能运行呢?

要求输出gesp根本没意义。直接用Multiwfn算RESP电荷就完了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

有PDB残基信息的话,印象中会试图从末尾读取二级结构信息,当前读到的不是该读的

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黄舒伟 + 3 多谢社长

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发表于 Post on 2021-3-30 14:23:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-30 12:46
你是指直接和过渡金属成键的氢?

是的老师

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发表于 Post on 2021-3-30 15:11:16 | 只看该作者 Only view this author

具体是几价的什么金属?不同周期、不同价态结论会有一些区别
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-30 15:25:13 | 只看该作者 Only view this author

对这个没有文章专门进行过测试
表现比较均衡的PBE0姑且可以用用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-30 16:16:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-30 15:11
具体是几价的什么金属?不同周期、不同价态结论会有一些区别

二价的铁

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发表于 Post on 2021-3-30 16:16:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2021-3-30 16:20 编辑
sobereva 发表于 2021-3-30 15:25
对这个没有文章专门进行过测试
表现比较均衡的PBE0姑且可以用用

谢谢老师,老师什么基组比较好呀?def2-tzvp怎样

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