计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

12841#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-24 10:54:19 | 只看该作者 Only view this author
876449830 发表于 2021-3-24 10:39
请问我在安装g16时提示bash:gau-machine:未找到命令。该怎么操作嘞?谢谢指点!

严格照着此文方法装
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

如果g16目录下没有gau-machine可执行文件,说明Gaussian文件包不完整

以后发帖时注意标题规范,仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

12842#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-24 10:56:40 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-3-24 09:07
sob老师,你好,我在用gaussian和molpro软件,ccsd(t)方法计算同样的反应用b2plypd3方法优化出来的过渡态和 ...

仔细看此文
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html

先确保HF能量能对上再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

355

eV
积分
417

Level 3 能力者

12843#
发表于 Post on 2021-3-24 14:46:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-24 10:56
仔细看此文
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573(http://bbs.keinsci.co ...

sob老师,对同一个过渡态结构,我在两个程序中都用ccsd(t)/cc-pvtz计算,唯一不同的就是molpro是基于rhf的uccsd(t),gaussian就是uhf的了,但是这应该不影响最后计算的总hf能量吧。比较结果是molpro计算的hf能量比gaussian高0.009个a.u.,这算是不一致吗?

191

帖子

0

威望

2611

eV
积分
2802

Level 5 (御坂)

12844#
发表于 Post on 2021-3-24 15:23:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-24 10:54
严格照着此文方法装
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.kein ...

谢谢sob老师,我看了g16里面,没有缺gau-machine可执行文件诶

微信图片_20210324152328.png (15.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

微信图片_20210324152328.png

147

帖子

0

威望

523

eV
积分
670

Level 4 (黑子)

12845#
发表于 Post on 2021-3-24 16:49:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 17:54
虽然根据算法的标度、程序特征,有一些估计的做法,但一般顶多也就能把耗时估计准确到一个数量级以内。实 ...

谢谢社长

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

12846#
发表于 Post on 2021-3-24 18:45:05 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-3-24 14:46
sob老师,对同一个过渡态结构,我在两个程序中都用ccsd(t)/cc-pvtz计算,唯一不同的就是molpro是基于rhf ...

会影响的,对于开壳层体系,RHF(准确来说是ROHF)的CCSD(T)和UHF的CCSD(T)结果不可比
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

12847#
发表于 Post on 2021-3-24 18:45:56 | 只看该作者 Only view this author
876449830 发表于 2021-3-24 15:23
谢谢sob老师,我看了g16里面,没有缺gau-machine可执行文件诶

你把g16文件夹添加到$PATH里了吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

62

帖子

0

威望

355

eV
积分
417

Level 3 能力者

12848#
发表于 Post on 2021-3-24 21:45:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-24 18:45
会影响的,对于开壳层体系,RHF(准确来说是ROHF)的CCSD(T)和UHF的CCSD(T)结果不可比

好的,谢谢老师,我还想问一下如果两个计算最后得到的轨道占据情况是一致的,应该就可以说收敛到了相同的态吧?

191

帖子

0

威望

2611

eV
积分
2802

Level 5 (御坂)

12849#
发表于 Post on 2021-3-24 21:52:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-24 18:45
你把g16文件夹添加到$PATH里了吗

没有写$PATH,已经搞定了,谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

12850#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 07:03:41 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-3-24 21:45
好的,谢谢老师,我还想问一下如果两个计算最后得到的轨道占据情况是一致的,应该就可以说收敛到了相同的 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

12851#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 07:05:30 | 只看该作者 Only view this author
876449830 发表于 2021-3-24 15:23
谢谢sob老师,我看了g16里面,没有缺gau-machine可执行文件诶

自行修改g16.profile,把里面涉及到gau-machine的命令里gau-machine的路径写成绝对路径
或者自己把g16目录加入$PATH也可以,但正常情况下,g16.profile自动就会把g16加入$PATH
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

37

帖子

0

威望

177

eV
积分
214

Level 3 能力者

12852#
发表于 Post on 2021-3-25 08:49:36 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我现在在做一个很庞大的过渡金属配合物体系(80-100个原子)。由于体系过于庞大,我几何优化,振动分析都是在G16下,用的b3lyp(gd3)/6-31g*/lanl2dz这个计算级别。然而我希望计算精度高一些,因此打算用ORCA做双杂化泛函的单点计算(G16算双杂化泛函太慢而且占资源)(拜读了http://sobereva.com/415)。请问这种计算配置,会不会因为更换了计算软件而被审稿人而提出质疑。

191

帖子

0

威望

2611

eV
积分
2802

Level 5 (御坂)

12853#
发表于 Post on 2021-3-25 12:31:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-25 07:05
自行修改g16.profile,把里面涉及到gau-machine的命令里gau-machine的路径写成绝对路径
或者自己把g16目 ...

谢谢sob老师,已经解决了

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

12854#
发表于 Post on 2021-3-25 14:45:13 | 只看该作者 Only view this author
LPY12345 发表于 2021-3-25 08:49
请问各位老师,我现在在做一个很庞大的过渡金属配合物体系(80-100个原子)。由于体系过于庞大,我几何优化 ...

不会,opt+freq和单点能用不同的软件是可以接受的,只要确实发挥了两个软件各自的长处就行
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

147

帖子

0

威望

523

eV
积分
670

Level 4 (黑子)

12855#
发表于 Post on 2021-3-25 17:18:16 | 只看该作者 Only view this author
想请问下老师,在高斯输入文件中错误的定义了CO和NO的成键关系,把三键写成了双键,对计算结果有影响吗?已经用之前的结构优化出结果的话,还需要重新计算吗? FeCONOPPH3_0324_25.com (4.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 09:32 , Processed in 0.256610 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list