简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5

sobereva 发表于 2021-3-28 23:17
ORCA有ESD模块是不错，但是没TDDFT解析Hessian，始终令许多用户没有用的意愿，实在是个硬伤

TDDFT解析Hessian写起来慢，又没法发文章，这个事情也很难办啊。。。

sobereva

wzkchem5 发表于 2021-3-28 23:56
TDDFT解析Hessian写起来慢，又没法发文章，这个事情也很难办啊。。。

我觉得这对于ORCA而言，是早做晚不做的事，终究也得硬着头皮搞

wzkchem5

sobereva 发表于 2021-3-29 00:30
我觉得这对于ORCA而言，是早做晚不做的事，终究也得硬着头皮搞

嗯，确实

498746012

sobereva 发表于 2021-3-26 19:24
看布居分析输出，或者把输出文件后缀改为.gms后给Multiwfn当输入文件，绘制自旋密度等值面图

谢谢sob老师

独舞的印迹

卢老师，近期优化过渡态时频繁遇到加了弥散之后原来好好的过渡态就没了，这是怎么回事？(6-31g**→6-31+g**，虽然看到过2-zeta加弥散属于多余的说法，但是老板着急投文章，让用6-31+g**凑合。)

din5g

请问一下各位老师，如果反应物与质子反应，怎样搭建模型用于过渡态搜索？是把氢原子搭在催化剂上还是在1个溶剂分子（乙腈）上，让其整体的电荷为正然后再与反应物进行吸附吗

Aladin

我对模拟分子进行结构优化的时候老是报错，基组选择也是按照论文来的，请问是语法的错误吗？

1. %chk=C:\Users\master chen\Desktop\relearn\gen.chk
   
2. #p opt M062X/GEN geom=connectivity
   
3. 
   
4. Title Card Required
   
5. 
   
6. 0 1
   
7. S                 -0.49500131   -0.42182747    1.98093846
   
8. O                  1.01381401   -1.03117766    1.46693993
   
9. O                 -1.63442766   -0.92012871    0.82541547
   
10. O                 -0.39294450    1.24461840    1.89114710
    
11. Zn                -0.34282852    2.56513736    1.91197064
    
12. O                 -0.29239530    3.89401559    1.93292600
    
13. S                 -0.22906937    5.56260706    1.95923837
    
14. O                  0.79806973    6.03221415    2.89954609
    
15. O                 -1.52952357    6.14099436    2.32531370
    
16. C                 -7.75074458    7.71328808    1.79854335
    
17. H                 -8.65581471    8.35815225    1.68455162
    
18. H                 -7.77215405    6.93709338    0.99537527
    
19. H                 -7.81387687    7.19505906    2.78619482
    
20. C                 -6.46572576    8.55704521    1.70688887
    
21. H                 -6.50100035    9.33437911    2.50846435
    
22. H                 -6.45913037    9.07612524    0.71768977
    
23. C                 -5.21807183    7.66812465    1.86430527
    
24. H                 -5.24077393    6.89014417    1.06290242
    
25. H                 -5.27997976    7.15211778    2.85319695
    
26. C                 -3.93297053    8.51135239    1.76900764
    
27. H                 -3.96727105    9.29091617    2.56845704
    
28. H                 -3.92726881    9.02768269    0.77836495
    
29. C                 -2.68534324    7.62260856    1.92762846
    
30. H                 -2.70762315    6.84407454    1.12675148
    
31. H                 -2.74769218    7.10728018    2.91684618
    
32. C                 -1.40024258    8.46584043    1.83235891
    
33. H                 -1.43456251    9.24540332    2.63180834
    
34. H                 -1.39452147    8.98217171    0.84171684
    
35. C                 -0.15261586    7.57710037    1.99100534
    
36. H                 -0.21497769    7.06178094    2.98022691
    
37. C                  1.13248458    8.42033375    1.89574604
    
38. H                  1.09816021    9.19989269    2.69519912
    
39. H                  1.13820998    8.93666988    0.90510652
    
40. C                  2.38011125    7.53159392    2.05439404
    
41. H                  2.35784746    6.75305526    1.25352113
    
42. H                  2.31774607    7.01627104    3.04361361
    
43. C                  3.66521152    8.37482842    1.95914243
    
44. H                  3.63088404    9.15438412    2.75859855
    
45. H                  3.67093993    8.89116856    0.96850502
    
46. C                  4.91283819    7.48608868    2.11779100
    
47. H                  4.89057651    6.70755204    1.31691606
    
48. H                  4.85047096    6.97076326    3.10700912
    
49. C                  6.19793834    8.32932393    2.02254444
    
50. C                  7.41336177    7.46352326    2.17709265
    
51. H                  6.16361082    9.10887474    2.82200533
    
52. H                  6.20366661    8.84567012    1.03191019
    
53. H                  8.34575767    8.07478381    2.10800637
    
54. H                  7.40723797    6.94728450    3.16781852
    
55. H                  7.44728427    6.68391681    1.37763189
    
56. C                  4.44969856   -2.14772352    1.78150057
    
57. H                  4.39879649   -1.73162480    0.74036713
    
58. H                  4.41425836   -1.27498776    2.48630560
    
59. C                  3.23294080   -3.05830848    2.03036918
    
60. C                  1.95161559   -2.28725021    1.84281662
    
61. H                  3.30086808   -3.46186515    3.06959306
    
62. H                  3.28332281   -3.91721156    1.31820541
    
63. H                  1.93331985   -1.41479904    2.54863687
    
64. H                  1.91571356   -1.86876343    0.80202187
    
65. C                  0.71264787   -3.16935485    2.08458179
    
66. C                 -0.54932160   -2.36825463    1.89177974
    
67. H                  0.76600476   -3.57561027    3.12360438
    
68. H                  0.74637845   -4.02836787    1.37156778
    
69. H                 -0.57030484   -1.94782206    0.85136155
    
70. C                 -1.80979067   -3.22135787    2.12636997
    
71. C                 -3.05171982   -2.39155083    1.92504094
    
72. H                 -1.77234312   -3.62783379    3.16600133
    
73. H                 -1.79139351   -4.08153828    1.41420335
    
74. H                 -3.03736674   -1.51932688    2.63123309
    
75. H                 -3.05646736   -1.97164893    0.88420776
    
76. C                 -4.33297044   -3.21517102    2.15229992
    
77. C                 -5.55414235   -2.35695836    1.94322745
    
78. H                 -4.31119054   -3.62193078    3.19226651
    
79. H                 -4.33018624   -4.07587102    1.44052900
    
80. H                 -5.52387117   -1.48497810    2.64921759
    
81. H                 -5.54291383   -1.93753293    0.90225191
    
82. C                  5.77797796   -2.90444299    1.96764431
    
83. C                  6.94561881   -1.99619728    1.71773504
    
84. H                  5.78983493   -3.76776632    1.25873826
    
85. H                  5.80660569   -3.30782320    3.00902190
    
86. H                  7.90931386   -2.54469308    1.85271157
    
87. H                  6.91660238   -1.59295521    0.67627857
    
88. H                  6.93335440   -1.13284071    2.42663522
    
89. C                 -6.85544259   -3.15062616    2.16302077
    
90. C                 -8.05409472   -2.27419312    1.94889869
    
91. H                 -6.84415405   -3.55776596    3.20327328
    
92. H                 -6.86313778   -4.01181363    1.45147361
    
93. H                 -8.99823347   -2.84952579    2.10817459
    
94. H                 -8.04600711   -1.41307506    2.66057839
    
95. H                 -8.06497720   -1.86700831    0.90863115
    
96. 
    
97. 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 60 1.0
    
98. 2
    
99. 3
    
100. 4 5 1.0
     
101. 5 6 1.0
     
102. 6 7 1.0
     
103. 7 8 2.0 9 2.0 29 1.0
     
104. 8
     
105. 9
     
106. 10 11 1.0 12 1.0 13 1.0 14 1.0
     
107. 11
     
108. 12
     
109. 13
     
110. 14 15 1.0 16 1.0 17 1.0
     
111. 15
     
112. 16
     
113. 17 18 1.0 19 1.0 20 1.0
     
114. 18
     
115. 19
     
116. 20 21 1.0 22 1.0 23 1.0
     
117. 21
     
118. 22
     
119. 23 24 1.0 25 1.0 26 1.0
     
120. 24
     
121. 25
     
122. 26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
     
123. 27
     
124. 28
     
125. 29 30 1.0 31 1.0
     
126. 30
     
127. 31 32 1.0 33 1.0 34 1.0
     
128. 32
     
129. 33
     
130. 34 35 1.0 36 1.0 37 1.0
     
131. 35
     
132. 36
     
133. 37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
     
134. 38
     
135. 39
     
136. 40 41 1.0 42 1.0 43 1.0
     
137. 41
     
138. 42
     
139. 43 44 1.0 45 1.0 46 1.0
     
140. 44 47 1.0 48 1.0 49 1.0
     
141. 45
     
142. 46
     
143. 47
     
144. 48
     
145. 49
     
146. 50 51 1.0 52 1.0 53 1.0 76 1.0
     
147. 51
     
148. 52
     
149. 53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
     
150. 54 57 1.0 58 1.0 59 1.0
     
151. 55
     
152. 56
     
153. 57
     
154. 58
     
155. 59 60 1.0 61 1.0 62 1.0
     
156. 60 63 1.0 64 1.0
     
157. 61
     
158. 62
     
159. 63
     
160. 64 65 1.0 66 1.0 67 1.0
     
161. 65 68 1.0 69 1.0 70 1.0
     
162. 66
     
163. 67
     
164. 68
     
165. 69
     
166. 70 71 1.0 72 1.0 73 1.0
     
167. 71 74 1.0 75 1.0 83 1.0
     
168. 72
     
169. 73
     
170. 74
     
171. 75
     
172. 76 77 1.0 78 1.0 79 1.0
     
173. 77 80 1.0 81 1.0 82 1.0
     
174. 78
     
175. 79
     
176. 80
     
177. 81
     
178. 82
     
179. 83 84 1.0 85 1.0 86 1.0
     
180. 84 87 1.0 88 1.0 89 1.0
     
181. 85
     
182. 86
     
183. 87
     
184. 88
     
185. 89
     
186. 
     
187. 1 2 2.0 3 2.0 4 1.0 60 1.0
     
188. 2
     
189. 3
     
190. 4 5 1.0
     
191. 5 6 1.0
     
192. 6 7 1.0
     
193. 7 8 2.0 9 2.0 29 1.0
     
194. 8
     
195. 9
     
196. 10 11 1.0 12 1.0 13 1.0 14 1.0
     
197. 11
     
198. 12
     
199. 13
     
200. 14 15 1.0 16 1.0 17 1.0
     
201. 15
     
202. 16
     
203. 17 18 1.0 19 1.0 20 1.0
     
204. 18
     
205. 19
     
206. 20 21 1.0 22 1.0 23 1.0
     
207. 21
     
208. 22
     
209. 23 24 1.0 25 1.0 26 1.0
     
210. 24
     
211. 25
     
212. 26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
     
213. 27
     
214. 28
     
215. 29 30 1.0 31 1.0
     
216. 30
     
217. 31 32 1.0 33 1.0 34 1.0
     
218. 32
     
219. 33
     
220. 34 35 1.0 36 1.0 37 1.0
     
221. 35
     
222. 36
     
223. 37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
     
224. 38
     
225. 39
     
226. 40 41 1.0 42 1.0 43 1.0
     
227. 41
     
228. 42
     
229. 43 44 1.0 45 1.0 46 1.0
     
230. 44 47 1.0 48 1.0 49 1.0
     
231. 45
     
232. 46
     
233. 47
     
234. 48
     
235. 49
     
236. 50 51 1.0 52 1.0 53 1.0 76 1.0
     
237. 51
     
238. 52
     
239. 53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
     
240. 54 57 1.0 58 1.0 59 1.0
     
241. 55
     
242. 56
     
243. 57
     
244. 58
     
245. 59 60 1.0 61 1.0 62 1.0
     
246. 60 63 1.0 64 1.0
     
247. 61
     
248. 62
     
249. 63
     
250. 64 65 1.0 66 1.0 67 1.0
     
251. 65 68 1.0 69 1.0 70 1.0
     
252. 66
     
253. 67
     
254. 68
     
255. 69
     
256. 70 71 1.0 72 1.0 73 1.0
     
257. 71 74 1.0 75 1.0 83 1.0
     
258. 72
     
259. 73
     
260. 74
     
261. 75
     
262. 76 77 1.0 78 1.0 79 1.0
     
263. 77 80 1.0 81 1.0 82 1.0
     
264. 78
     
265. 79
     
266. 80
     
267. 81
     
268. 82
     
269. 83 84 1.0 85 1.0 86 1.0
     
270. 84 87 1.0 88 1.0 89 1.0
     
271. 85
     
272. 86
     
273. 87
     
274. 88
     
275. 89
     
276. 
     
277. C H 0
     
278. 6-31G(d)
     
279. ****
     
280. Zn S 0
     
281. def2-TZVP
     
282. ****
     

复制代码

675543414

wzkchem5 发表于 2021-3-21 01:52
光从chemdraw结构看不出来，建议贴原子坐标

谢谢老师回复，想请问下，从原子坐标可以看出什么信息呢？
还有我之前的问题：自旋布居值可以作为定量比较吗？是在同一水平下计算得到的结果。

Yaqi

使用molclus结合xtb进行构象搜索时，xtb的参数设置为“--gfn 2 --chrg -11 --uhf 0”会报参数错误。试验了“--gfn 2 --chrg -9 --uhf 0”能够开始计算，请问老师：这里分子净电荷的设置是有10为上限的要求吗？

sobereva

Aladin 发表于 2021-3-29 17:21
我对模拟分子进行结构优化的时候老是报错，基组选择也是按照论文来的，请问是语法的错误吗？

原子连接关系写了两遍。去掉第二次的

sobereva

Yaqi 发表于 2021-3-29 17:32
使用molclus结合xtb进行构象搜索时，xtb的参数设置为“--gfn 2 --chrg -11 --uhf 0”会报参数错误。试验了 ...

有的xtb版本解析运行参数的时候有bug，尝试xtb最新版本，如果还有毛病，建议反馈给开发者

sobereva

独舞的印迹 发表于 2021-3-29 09:02
卢老师，近期优化过渡态时频繁遇到加了弥散之后原来好好的过渡态就没了，这是怎么回事？(6-31g**→6-31+g** ...

没细节不好说。既可能之前该加弥散时候没加，也可能当前本来就绝对不该加（对于后HF，极化函数不充分的时候就加弥散函数会恶化结果）

sobereva

din5g 发表于 2021-3-29 16:44
请问一下各位老师，如果反应物与质子反应，怎样搭建模型用于过渡态搜索？是把氢原子搭在催化剂上还是在1个 ...

先说清楚体系特征，不然都不知道催化剂是怎么回事
如果就是溶剂下的反应，一般用质子化的溶剂，而不是用单个质子

wzkchem5

675543414 发表于 2021-3-29 17:26
谢谢老师回复，想请问下，从原子坐标可以看出什么信息呢？
还有我之前的问题：自旋布居值可以作为定量比 ...

比如R和烯烃的距离，两者所成的角度，这一类的。
同一理论水平的自旋布居值可以互相比较

黄舒伟

请问为什么我这个gjf文件最后如果加上那两行gesp的情况下，不能运行，而删去后就能运行呢？

1. %chk=IPY2.chk
   
2. %mem=4800MB
   
3. %nprocshared=6
   
4. # b3lyp/6-31g* em=GD3BJ opt freq
   
5. 
   
6. ipy
   
7. 
   
8. 0 2
   
9. C(PDBName=C,ResName=IPY,ResNum=12_A)                  7.81505374   33.76983880    6.41633795
   
10. C(PDBName=C1,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 2.96854065   38.72604214    6.58540657
    
11. C(PDBName=C2,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 7.47097256   33.11704671    7.60572596
    
12. C(PDBName=C3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 5.69399921   33.32938968    9.35488611
    
13. C(PDBName=C4,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 6.01429950   34.71335774    7.29465590
    
14. C(PDBName=C5,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 4.81133415   35.65311253    7.49778575
    
15. C(PDBName=C6,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 3.87883023   37.84466830    7.18432406
    
16. C(PDBName=C8,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 4.05840600   38.22540980    8.52958614
    
17. C(PDBName=C9,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 3.19887779   40.00624023   10.07133802
    
18. C(PDBName=C10,ResName=IPY,ResNum=12_A)                2.58212034   39.65010667    7.55412980
    
19. C(PDBName=C11,ResName=IPY,ResNum=12_A)                1.59145954   40.81353396    7.36225220
    
20. C(PDBName=C12,ResName=IPY,ResNum=12_A)                0.06365781   42.10860966    5.97385391
    
21. C(PDBName=C13,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -0.59114721   42.41449503    4.77271443
    
22. C(PDBName=C14,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -0.34482943   43.03041348    6.95877216
    
23. C(PDBName=C15,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -1.88516208   45.00278260    7.11042392
    
24. C(PDBName=C16,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -1.40351298   43.52148259    5.00964954
    
25. C(PDBName=C18,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -7.10129640   45.57401578   -0.06173169
    
26. C(PDBName=C19,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -7.55415681   44.53145070   -1.10105752
    
27. C(PDBName=C20,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -8.45717882   45.20834363   -2.14884204
    
28. C(PDBName=C21,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -7.70672177   43.64005904   -3.80397374
    
29. C(PDBName=C22,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -9.74727617   44.85783413   -4.14282470
    
30. C(PDBName=C23,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -2.20643779   44.13757606    4.10835205
    
31. C(PDBName=C24,ResName=IPY,ResNum=12_A)                9.76464230   32.42980335    5.84819110
    
32. C(PDBName=C25,ResName=IPY,ResNum=12_A)               10.84269185   32.11762655    5.00883528
    
33. C(PDBName=C26,ResName=IPY,ResNum=12_A)               12.24792982   32.16333233    3.36064073
    
34. C(PDBName=C27,ResName=IPY,ResNum=12_A)               12.60364704   31.15619415    4.19150379
    
35. C(PDBName=C28,ResName=IPY,ResNum=12_A)               11.74649707   30.19754201    6.33688810
    
36. C(PDBName=C29,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -3.13329398   44.34431287    1.86462790
    
37. C(PDBName=C30,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -4.36026918   44.94225188    2.57762494
    
38. C(PDBName=C31,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -5.27070318   45.62646484    1.54078733
    
39. C(PDBName=C32,ResName=IPY,ResNum=12_A)                6.91560966   34.75666973    6.22485352
    
40. O(PDBName=O1,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 4.06575101   35.51469738    8.50204357
    
41. O(PDBName=O2,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 1.32258210   41.57913793    8.32413559
    
42. O(PDBName=O3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                -2.89668527   45.13127269    4.45416015
    
43. O(PDBName=O4,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 9.56604958   31.75857326    6.89388256
    
44. O(PDBName=O5,ResName=IPY,ResNum=12_A)                -5.10518886   46.84243096    1.26216232
    
45. N(PDBName=N,ResName=IPY,ResNum=12_A)                  6.37856008   33.71193847    8.11141760
    
46. N(PDBName=N1,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 4.53499291   36.71156595    6.51611932
    
47. N(PDBName=N3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 3.29724216   39.30180006    8.78458592
    
48. N(PDBName=N4,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 1.01773615   41.00737522    6.16926874
    
49. N(PDBName=N5,ResName=IPY,ResNum=12_A)                -1.22257221   43.88939601    6.41606777
    
50. N(PDBName=N6,ResName=IPY,ResNum=12_A)                -6.23728208   44.92661830    0.93589920
    
51. N(PDBName=N7,ResName=IPY,ResNum=12_A)                -8.88733461   44.21222248   -3.14067811
    
52. N(PDBName=N8,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 8.94674562   33.44155593    5.53740793
    
53. N(PDBName=N9,ResName=IPY,ResNum=12_A)                11.73170009   31.13526070    5.20498841
    
54. N(PDBName=N10,ResName=IPY,ResNum=12_A)               11.16113142   32.75066240    3.87230244
    
55. N(PDBName=N11,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -2.26282125   43.68662113    2.85003327
    
56. C(PDBName=C,ResName=IPY,ResNum=11_B)                  3.81858076   42.82910375    6.75750531
    
57. C(PDBName=C1,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 8.51424203   38.12559040    7.35868709
    
58. C(PDBName=C2,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 3.47794932   43.13369172    8.09082814
    
59. C(PDBName=C3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 4.16304745   42.38848966   10.38408610
    
60. C(PDBName=C4,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 5.08542735   41.52864082    8.09277281
    
61. C(PDBName=C5,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 6.01580822   40.58751727    8.55410089
    
62. C(PDBName=C6,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 7.72214743   38.89719180    8.15738786
    
63. C(PDBName=C8,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 7.97857263   38.61226257    9.46864218
    
64. C(PDBName=C9,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 9.49480234   37.07360121   10.74186273
    
65. C(PDBName=C10,ResName=IPY,ResNum=11_B)                9.28099500   37.34526795    8.14961239
    
66. C(PDBName=C11,ResName=IPY,ResNum=11_B)               10.23385374   36.40718772    7.73012525
    
67. C(PDBName=C12,ResName=IPY,ResNum=11_B)               11.45889545   35.23700254    5.98461345
    
68. C(PDBName=C13,ResName=IPY,ResNum=11_B)               11.78351090   34.94219356    4.65281652
    
69. C(PDBName=C14,ResName=IPY,ResNum=11_B)               12.25473141   34.43925348    6.83110562
    
70. C(PDBName=C15,ResName=IPY,ResNum=11_B)               14.03619728   32.69377351    6.57900151
    
71. C(PDBName=C16,ResName=IPY,ResNum=11_B)               12.77768817   33.96544213    4.67210339
    
72. C(PDBName=C18,ResName=IPY,ResNum=11_B)               18.10026321   31.38047255    0.02899155
    
73. C(PDBName=C19,ResName=IPY,ResNum=11_B)               19.53586480   31.55838105    0.55758105
    
74. C(PDBName=C20,ResName=IPY,ResNum=11_B)               20.49969002   30.68967767   -0.27206121
    
75. C(PDBName=C21,ResName=IPY,ResNum=11_B)               20.50226529   33.99192613   -4.95710268
    
76. C(PDBName=C22,ResName=IPY,ResNum=11_B)               20.23806225   31.54906707   -5.62436737
    
77. C(PDBName=C23,ResName=IPY,ResNum=11_B)               13.39405471   33.38056343    3.55765381
    
78. C(PDBName=C24,ResName=IPY,ResNum=11_B)                2.28706525   44.38545487    5.68068393
    
79. C(PDBName=C25,ResName=IPY,ResNum=11_B)                1.74944090   44.95076481    4.57237232
    
80. C(PDBName=C26,ResName=IPY,ResNum=11_B)                1.33190316   45.42214427    2.49953116
    
81. C(PDBName=C27,ResName=IPY,ResNum=11_B)                0.53678711   46.19341288    3.27677122
    
82. C(PDBName=C28,ResName=IPY,ResNum=11_B)                0.16134554   46.50173315    5.73046759
    
83. C(PDBName=C29,ResName=IPY,ResNum=11_B)               14.14449981   33.65043065    1.29193254
    
84. C(PDBName=C30,ResName=IPY,ResNum=11_B)               14.61107643   32.18282140    1.27132972
    
85. C(PDBName=C31,ResName=IPY,ResNum=11_B)               15.80982709   32.03877982    0.31498788
    
86. C(PDBName=C32,ResName=IPY,ResNum=11_B)                4.81056892   41.83839350    6.76200446
    
87. O(PDBName=O1,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 6.16695675   40.40459817    9.78995524
    
88. O(PDBName=O2,ResName=IPY,ResNum=11_B)                10.88178448   35.74447857    8.58136037
    
89. O(PDBName=O3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                14.28560263   32.50700556    3.71752173
    
90. O(PDBName=O4,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 1.89765055   44.74339001    6.82255671
    
91. O(PDBName=O5,ResName=IPY,ResNum=11_B)                15.61644075   31.77451862   -0.89998512
    
92. N(PDBName=N,ResName=IPY,ResNum=11_B)                  4.21661780   42.37419950    8.91512763
    
93. N(PDBName=N1,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 6.74301006   39.88392412    7.67890739
    
94. N(PDBName=N3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 8.92385887   37.66968378    9.52541460
    
95. N(PDBName=N4,ResName=IPY,ResNum=11_B)                10.45484513   36.21637296    6.42474468
    
96. N(PDBName=N5,ResName=IPY,ResNum=11_B)                13.05478495   33.66724630    6.07912688
    
97. N(PDBName=N6,ResName=IPY,ResNum=11_B)                17.17970608   32.20977806    0.82024025
    
98. N(PDBName=N7,ResName=IPY,ResNum=11_B)                20.37667301   32.57617574   -4.58195317
    
99. N(PDBName=N8,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 3.23216990   43.44651896    5.55911614
    
100. N(PDBName=N9,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 0.80085044   45.89621374    4.55349796
     
101. N(PDBName=N10,ResName=IPY,ResNum=11_B)                2.07610536   44.65912164    3.30669250
     
102. N(PDBName=N11,ResName=IPY,ResNum=11_B)               12.99801731   33.78804149    2.20191648
     
103. H(PDBName=H1,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 2.63180934   38.69495644    5.57022586
     
104. H(PDBName=H2,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 7.98924721   32.28670279    8.03778528
     
105. H(PDBName=1H3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                5.23832981   34.19344032    9.79156803
     
106. H(PDBName=2H3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                4.94135262   32.60043514    9.13796439
     
107. H(PDBName=3H3,ResName=IPY,ResNum=12_A)                6.40406620   32.91582228   10.04022759
     
108. H(PDBName=H8,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 4.69792875   37.73564122    9.23388443
     
109. H(PDBName=1H9,ResName=IPY,ResNum=12_A)                2.98632631   41.04026113    9.89656591
     
110. H(PDBName=2H9,ResName=IPY,ResNum=12_A)                2.41313876   39.57437491   10.65531542
     
111. H(PDBName=3H9,ResName=IPY,ResNum=12_A)                4.12562823   39.91682758   10.59870990
     
112. H(PDBName=H13,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -0.48641422   41.89342153    3.84406613
     
113. H(PDBName=H14,ResName=IPY,ResNum=12_A)               -0.00964856   43.04347240    7.97487849
     
114. H(PDBName=1H15,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -2.08612695   45.78901003    6.41299669
     
115. H(PDBName=2H15,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -2.80489945   44.66044768    7.53673638
     
116. H(PDBName=3H15,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -1.24673257   45.36936369    7.88689553
     
117. H(PDBName=1H18,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -7.95920720   45.98951046    0.42452745
     
118. H(PDBName=2H18,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -6.55704592   46.35364661   -0.55245634
     
119. H(PDBName=1H19,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -8.09919125   43.75221468   -0.61050038
     
120. H(PDBName=2H19,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -6.69575549   44.11560604   -1.58600334
     
121. H(PDBName=1H20,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -7.91212848   45.98772214   -2.63920889
     
122. H(PDBName=2H20,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -9.31613899   45.62404263   -1.66484062
     
123. H(PDBName=1H21,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -8.01961476   42.91433330   -4.52527172
     
124. H(PDBName=2H21,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -7.16109317   44.41863089   -4.29492582
     
125. H(PDBName=3H21,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -7.08015380   43.17077896   -3.07450747
     
126. H(PDBName=1H22,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -9.95960798   44.82113832   -5.19092093
     
127. H(PDBName=2H22,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -8.85394396   45.37200671   -4.43019403
     
128. H(PDBName=3H22,ResName=IPY,ResNum=12_A)             -10.16372746   43.87390421   -4.20019599
     
129. H(PDBName=H26,ResName=IPY,ResNum=12_A)               12.74723559   32.44027256    2.45573528
     
130. H(PDBName=H27,ResName=IPY,ResNum=12_A)               13.43439942   30.49466281    4.06081154
     
131. H(PDBName=1H28,ResName=IPY,ResNum=12_A)              12.33751368   30.60535746    7.13017187
     
132. H(PDBName=2H28,ResName=IPY,ResNum=12_A)              10.74620627   30.03949191    6.68232524
     
133. H(PDBName=3H28,ResName=IPY,ResNum=12_A)              12.16663427   29.26519898    6.02208092
     
134. H(PDBName=1H29,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -2.59037947   45.12512828    1.37427980
     
135. H(PDBName=2H29,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -3.45742087   43.62600183    1.14080594
     
136. H(PDBName=1H30,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -4.03787948   45.66213144    3.30062564
     
137. H(PDBName=2H30,ResName=IPY,ResNum=12_A)              -4.90281332   44.16187382    3.06904456
     
138. H(PDBName=H32,ResName=IPY,ResNum=12_A)                6.89495867   35.44522372    5.40605224
     
139. H(PDBName=H1,ResName=IPY,ResNum=12_A)                 3.93352404   36.35425053    5.80163066
     
140. H(PDBName=H10,ResName=IPY,ResNum=12_A)               10.67152254   33.52715935    3.47553329
     
141. H(PDBName=H1,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 8.52588566   38.13696465    6.28880787
     
142. H(PDBName=H2,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 2.74830624   43.85407241    8.39666586
     
143. H(PDBName=1H3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                4.31035467   41.73525796   11.21868046
     
144. H(PDBName=2H3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                3.29263295   41.78487776   10.23244644
     
145. H(PDBName=3H3,ResName=IPY,ResNum=11_B)                5.22623284   42.30454672   10.29792123
     
146. H(PDBName=H8,ResName=IPY,ResNum=11_B)                 7.50143428   39.06845309   10.31072918
     
147. H(PDBName=1H9,ResName=IPY,ResNum=11_B)               10.34530813   37.64352012   11.05293663
     
148. H(PDBName=2H9,ResName=IPY,ResNum=11_B)                8.75974332   37.07647755   11.51938845
     
149. H(PDBName=3H9,ResName=IPY,ResNum=11_B)                9.79501152   36.06685921   10.53864629
     
150. H(PDBName=H13,ResName=IPY,ResNum=11_B)               11.34812534   35.38559147    3.78175480
     
151. H(PDBName=H14,ResName=IPY,ResNum=11_B)               12.22577295   34.44772446    7.90069875
     
152. H(PDBName=1H15,ResName=IPY,ResNum=11_B)              14.98124888   33.17716297    6.71357808
     
153. H(PDBName=2H15,ResName=IPY,ResNum=11_B)              13.70139300   32.29821286    7.51512483
     
154. H(PDBName=3H15,ResName=IPY,ResNum=11_B)              14.14036511   31.89735831    5.87206690
     
155. H(PDBName=1H18,ResName=IPY,ResNum=11_B)              18.05836455   31.68108596   -0.99706827
     
156. H(PDBName=2H18,ResName=IPY,ResNum=11_B)              17.81472940   30.35261261    0.11152828
     
157. H(PDBName=1H19,ResName=IPY,ResNum=11_B)              19.57793740   31.25748024    1.58347558
     
158. H(PDBName=2H19,ResName=IPY,ResNum=11_B)              19.82150908   32.58629658    0.47534165
     
159. H(PDBName=1H20,ResName=IPY,ResNum=11_B)              20.28330841   30.48185472   -1.29906358
     
160. H(PDBName=2H20,ResName=IPY,ResNum=11_B)              21.38583730   30.29399120    0.17845493
     
161. H(PDBName=1H21,ResName=IPY,ResNum=11_B)              20.19561957   34.66675010   -5.72878463
     
162. H(PDBName=2H21,ResName=IPY,ResNum=11_B)              21.13411336   33.60134935   -5.72721407
     
163. H(PDBName=3H21,ResName=IPY,ResNum=11_B)              19.46516903   34.02284370   -4.69552121
     
164. H(PDBName=1H22,ResName=IPY,ResNum=11_B)              20.74463167   31.86978349   -6.51058119
     
165. H(PDBName=2H22,ResName=IPY,ResNum=11_B)              20.66753931   30.63144121   -5.28028468
     
166. H(PDBName=3H22,ResName=IPY,ResNum=11_B)              19.20109187   31.39836900   -5.84101241
     
167. H(PDBName=H26,ResName=IPY,ResNum=11_B)                1.36000143   45.42277276    1.42990481
     
168. H(PDBName=H27,ResName=IPY,ResNum=11_B)               -0.17602891   46.91275221    2.93133627
     
169. H(PDBName=1H28,ResName=IPY,ResNum=11_B)              -0.12657143   47.50673779    5.50239159
     
170. H(PDBName=2H28,ResName=IPY,ResNum=11_B)              -0.70566402   45.93407454    5.99688548
     
171. H(PDBName=3H28,ResName=IPY,ResNum=11_B)               0.85070685   46.50522166    6.54875589
     
172. H(PDBName=1H29,ResName=IPY,ResNum=11_B)              13.85379832   33.94604699    0.30546113
     
173. H(PDBName=2H29,ResName=IPY,ResNum=11_B)              14.94531600   34.27447421    1.62984755
     
174. H(PDBName=1H30,ResName=IPY,ResNum=11_B)              13.80974105   31.55849026    0.93512674
     
175. H(PDBName=2H30,ResName=IPY,ResNum=11_B)              14.90357937   31.88757158    2.25734869
     
176. H(PDBName=H32,ResName=IPY,ResNum=11_B)                5.27197280   41.40044054    5.90166311
     
177. H(PDBName=H6,ResName=IPY,ResNum=11_B)                17.44627918   33.17047972    0.74266341
     
178. H(PDBName=H10,ResName=IPY,ResNum=11_B)                2.75784983   43.98770589    3.01606165
     
179. H(PDBName=H11,ResName=IPY,ResNum=11_B)               12.69639296   34.74135963    2.21561324
     
180. 
     
181. 1.gesp
     
182. 
     
183. 2.gesp
     
184. 
     
185. 
     
186. 
     

复制代码