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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-19 17:34:01 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-19 15:07
其实这种任务预估时间我常常是按照它允许一个任务运行的最长时间写的(逃),否则这次时间写短了、下次交 ...

好的,谢谢,谢谢。那就写最多的就好了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 17:45:54 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-3-19 16:41
sob老师,我在用ccsd(t)优化结构时提示不收敛,问题出现在rhfpro:
   Error
? No convergence

肯定是什么不收敛。往前翻翻看看有无线索
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 17:47:13 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-3-19 11:21
首先感谢老师的回答

我的意思是吸附能能不能拆成形变能和另一种能量(想叫相互作用能,不知道是否准确 ...

E(AB)-E(A)-E(B)
这里A、B都用复合物中的结构
这样求出来的相互作用能就是和SAPT能够对比的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 17:51:16 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-3-18 23:49
社长您好 在对一个非标准氨基酸进行AIMD的时候 我把其中两个二面角的数据提取出来并用您的ddtpd对分布进行 ...

1 当前语境下是相对自由能

2 绝对能量没意义。取能量最低的构象作为自由能零点。说其它构象相对自由能的时候用kJ/mol、kcal/mol这种热力学上常见单位
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 17:54:18 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-18 22:34
刚刚申请了学校的超算中心,上面要求在计算前预估一下计算时长,想问下各位老师这要怎么估计呀,以及在计算 ...

虽然根据算法的标度、程序特征,有一些估计的做法,但一般顶多也就能把耗时估计准确到一个数量级以内。实际研究中有很多意外情况,比如有的体系20步就收敛了,有的跑了两百步都还没收敛。而且哪怕相同关键词算原子数相同的体系,体系结构特征不一样(如球形、链状),耗时都可能差好几倍。
一般来说还是得看经验,跑多了心里就有数了。
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sxh3231796 发表于 2021-3-18 17:03
如果现阶段主要使用Guassian和ORCA,想装配电脑的话,装gpu会更好一些吗?

Gaussian的GPU计算基本就是摆设。如果手头正好有个tesla卡,GPU跑跑还行,为了跑Gaussian买新机子的话根本别考虑GPU。

GPU加速比较有实效的量化程序是Terachem,能充分利用GeForce卡的单精度的性价比,并且用混合精度做GPU计算能保证结果和纯双精度的差不多。但是Terachem功能弱、价格很贵,而且现在GPU贵得离谱,因此也没有什么考虑价值。

现阶段跑主流量化程序就老老实实用CPU跑就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 18:01:30 | 只看该作者 Only view this author
是aweia 发表于 2021-3-18 12:19
抱歉 我错的离谱了 当时用的是opt=gdiis

另外 测试时发现如果对所有原子都用lanl2dz就会收敛,而如果 ...

带弥散函数普遍会令SCF收敛难得多,很正常的现象
对所有原子用lanl2DZ毫无意义
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发表于 Post on 2021-3-19 18:46:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 17:47
E(AB)-E(A)-E(B)
这里A、B都用复合物中的结构
这样求出来的相互作用能就是和SAPT能够对比的

明白了,非常感谢老师的回答

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发表于 Post on 2021-3-19 20:05:07 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-3-19 01:41
发现高斯的设定是只能转移前后是同一个spin multiplicity。唉,看来高斯还有很大的进步空间。

不是啊,先明确一下你说的“转移前后”指的是什么?
如果指的是激发,高斯可以做啊
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-3-20 00:08:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 675543414 于 2021-3-20 00:14 编辑

老师们好,我想请教一个问题。我在计算一个过渡态的时候(自由基和烯烃反应),找到两个过渡态(分别用A和B表示),两者对应的能垒都很低(1Kcal/mol左右)。
对A过渡态跑IRC,始终一个点(根据Sob老师的关于IRC的帖子里的方法都进行了尝试,都无法解决),然后我取过渡态构型,根据振动微调其结构进行优化,分别能变成原料和产物。
对B过渡态跑IRC,能正常跑完,且其反应轨迹都正常。
问题1:以上两个过渡态都正确吗?或者有什么参数可以对两者再进行筛选?
问题2:我自己对两个过渡态进行了自旋布居分析。如下图所示,数值为自旋布居值。我想请问老师,自旋布居值可以作为定量比较吗?因为从该结果来看,B过渡态的自由基R的α电子有更多的到烯烃蓝色碳原子上,而且其红色碳有更多的β电子。
不知道这样分析是否合理,还往老师指教,万分感谢~~


HG7BISTD`M_PXPD8FQ}%[7L.png (16.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

数值为相应颜色原子的自选布局值

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发表于 Post on 2021-3-20 18:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 17:51
1 当前语境下是相对自由能

2 绝对能量没意义。取能量最低的构象作为自由能零点。说其它构象相对自由能 ...

谢谢社长 我还有点不太理解 当在对数据进行高斯展宽的时候 如果取不同的展宽系数 最低点和最高点之间的相对能量是不一样的 那在进行展宽之后还可以用这个相对能量去讨论问题吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-20 21:27:23 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-3-20 18:01
谢谢社长 我还有点不太理解 当在对数据进行高斯展宽的时候 如果取不同的展宽系数 最低点和最高点之间的相 ...

展宽是为了解决采样不足。用展宽的话不可避免会令相对自由能受到展宽参数的影响
原理上,如果采样特别充分,就没必要展宽,直接用没展宽的结果算相对自由能
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发表于 Post on 2021-3-21 01:52:11 | 只看该作者 Only view this author
675543414 发表于 2021-3-20 00:08
老师们好,我想请教一个问题。我在计算一个过渡态的时候(自由基和烯烃反应),找到两个过渡态(分别用A和B ...

光从chemdraw结构看不出来,建议贴原子坐标
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-3-24 09:07:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好,我在用gaussian和molpro软件,ccsd(t)方法计算同样的反应用b2plypd3方法优化出来的过渡态和复合物结构的单点能,得出来的反应能垒相差30个kj/mol,为什么会有这么大的差距呢?是可能收敛到不同的电子态了吗?

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发表于 Post on 2021-3-24 10:39:24 | 只看该作者 Only view this author

Linux下安装g16

请问我在安装g16时提示bash:gau-machine:未找到命令。该怎么操作嘞?谢谢指点!

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