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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-30 16:59:01 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-3-30 16:16
谢谢老师,老师什么基组比较好呀?def2-tzvp怎样

可以,如果你用orca的话,可以考虑用ZORA描述相对论效应,基组相应的换成相对论基组ZORA-def2-TZVP。
不过总的来说,这种体系的计算精度不会太高。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-3-30 17:03:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-30 16:59
可以,如果你用orca的话,可以考虑用ZORA描述相对论效应,基组相应的换成相对论基组ZORA-def2-TZVP。
不 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-3-30 22:54:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-29 17:50
先说清楚体系特征,不然都不知道催化剂是怎么回事
如果就是溶剂下的反应,一般用质子化的溶剂,而不是用 ...

好的,sob老师,就是以TiO2团簇为催化剂,溶剂为乙腈,在隐式溶剂模型下对衬底进行光催化氧化,其中一步是质子与衬底的反应,我想问这一步怎么搭建优化模型,sob老师的意思是H原子放在乙腈分子上吗?

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发表于 Post on 2021-3-30 23:44:14 | 只看该作者 Only view this author
请问我按照社长说的 http://sobereva.com/439 的方法安装了g16,但是输入命令“g16 HP24.gjf”却只是几秒钟后出现了日志文件,想请教一下原因,命令行及出现的内容如下:
日志文件内容如下:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Input=HP24.gjf
Output=HP24.log
Initial command:
/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe "/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch/Gau-856450.inp" -scrdir="/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch/"

.bashrc文件相关内容如下:
export g16root=/home/learning/hsw/app/gaussian16
export GAUSS_SCRDIR=/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch
source /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/bsd/g16.profile


1C6DY}}6U7%~(SABD~ZUY~G.png (90.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

1C6DY}}6U7%~(SABD~ZUY~G.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 02:01:08 | 只看该作者 Only view this author
黄舒伟 发表于 2021-3-30 23:44
请问我按照社长说的 http://sobereva.com/439 的方法安装了g16,但是输入命令“g16 HP24.gjf”却只是几秒钟 ...

不好判断
应确保g16目录下的Default.Route文件内容正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 02:07:28 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-3-30 22:54
好的,sob老师,就是以TiO2团簇为催化剂,溶剂为乙腈,在隐式溶剂模型下对衬底进行光催化氧化,其中一步 ...

不是氢原子放在乙腈上,是质子放在上面。你把质子放在N上优化一个质子化的乙腈看看什么样
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发表于 Post on 2021-3-31 14:49:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 02:07
不是氢原子放在乙腈上,是质子放在上面。你把质子放在N上优化一个质子化的乙腈看看什么样

好的,多谢sob老师的解答,把质子放在乙腈上是氢原子与乙腈分子上N相连,并且使整个体系电荷为1吗?另外我还有一个疑问:那为什么不把质子放在催化剂TiO2团簇上呢(我看见有文献这样做)

原问题:以TiO2团簇为催化剂,溶剂为乙腈,在隐式溶剂模型下对衬底进行光催化氧化,其中一步是质子与衬底的反应,我想问这一步怎么搭建优化模型(http://bbs.keinsci.com/thread-806-861-1.html

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2021-3-31 15:03:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,有查找键长键角的那种化学和物理手册吗?我看到文献中有时会提到误差范围,希望老师能为我解答一下,非常感谢老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 15:19:12 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-3-31 15:03
各位老师,有查找键长键角的那种化学和物理手册吗?我看到文献中有时会提到误差范围,希望老师能为我解答一 ...

CRC handbook就有小分子的结构参数

也可以查晶体结构,但注意晶体环境和孤立环境的差异,注意阅读
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 15:20:15 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-3-31 14:49
好的,多谢sob老师的解答,把质子放在乙腈上是氢原子与乙腈分子上N相连,并且使整个体系电荷为1吗?另外 ...


我这里说的是先让你看一下质子化的乙腈长什么样,了解一下质子化的溶剂分子的特征。电荷设1
实际中你要考察质子与衬底的反应,最后还得用质子化的乙腈结合TiO2找过渡态、找结合构型之类的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 15:25:26 | 只看该作者 Only view this author
didi_dudu 发表于 2015-3-18 15:43
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进 ...
multi-electron Dirac-Fock
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发表于 Post on 2021-3-31 16:32:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 15:20

我这里说的是先让你看一下质子化的乙腈长什么样,了解一下质子化的溶剂分子的特征。电荷设1
实际中 ...

好的,多谢sob老师

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发表于 Post on 2021-3-31 17:04:27 | 只看该作者 Only view this author
大家好。
我想用xtb带隐式溶剂优化分子,在命令行里写了“--alpb water”(输出文件第76行),但是输出文件显示“GBSA solvation                  false”(输出文件第126行)。请问这是怎么回事?
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发表于 Post on 2021-3-31 18:40:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 劲仔小鱼干 于 2021-3-31 18:50 编辑

sob老师您好,我想请教一下,如果激发态优化以后发现S1的振子强度为0.1784,S2的振子强度为0.9411,但是S2态的光谱和实验结果对不上,S1态的可以。而且S0-S1为CT态,S0-S2为LE态。
那我是否需要考虑从S2-S0的电子跃迁情况呢?比如:分析S2态对应的HOMO和LUMO轨道,优化S2态的构型,考虑一下S1和S2态之间的内转换速率。 谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 20:30:41 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-3-31 18:40
sob老师您好,我想请教一下,如果激发态优化以后发现S1的振子强度为0.1784,S2的振子强度为0.9411,但是S2 ...

看不懂你到底要研究什么
和实验对不上我也不知道怎么对不上
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