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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 20:31:47 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-3-31 17:04
大家好。
我想用xtb带隐式溶剂优化分子,在命令行里写了“--alpb water”(输出文件第76行),但是输出文 ...

本身ALPB和GBSA就不是同一种溶剂模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-3-31 20:38:41 | 只看该作者 Only view this author
用高斯TDDFT算出来的chk,用gaussview打开看MO是不是只能看到基态的轨道?那要想看激发态的MO和 electron configuration该怎么看呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 20:39:58 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-3-31 20:38
用高斯TDDFT算出来的chk,用gaussview打开看MO是不是只能看到基态的轨道?那要想看激发态的MO和 electron c ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-31 20:51:58 | 只看该作者 Only view this author

谢谢。你说MOM只有少数程序支持,是有哪个免费软件支持呢?

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发表于 Post on 2021-3-31 20:52:51 | 只看该作者 Only view this author

dmol3不同反应温度的能垒计算,小白求解

各位大佬,求教dmol3不同反应温度的能垒计算,可以直接推荐文献

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 20:56:35 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-3-31 20:51
谢谢。你说MOM只有少数程序支持,是有哪个免费软件支持呢?

GAMESS-US、PSI4
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 20:59:09 | 只看该作者 Only view this author
BADEGG 发表于 2021-3-31 20:52
各位大佬,求教dmol3不同反应温度的能垒计算,可以直接推荐文献

这是程序操作上的事,不可能有文献给你讲这个
仔细看程序帮助

并且看此文了解基本概念
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html

如果没有特别的理由必须用Dmol3,否则强烈不建议用这个
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

Gaussian等其它量化程序算不同温度下的热力学量参考:
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2021-3-31 21:05:45 | 只看该作者 Only view this author
想问一下各位老师,在光催化下,甲苯被催化剂的空穴氧化成苄基和质子,在这一步中,涉及到激发态吗?怎样辨别的呢

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发表于 Post on 2021-3-31 21:56:32 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-3-31 21:05
想问一下各位老师,在光催化下,甲苯被催化剂的空穴氧化成苄基和质子,在这一步中,涉及到激发态吗?怎样辨 ...

催化剂吸光生成空穴和电子,此处既有空穴又有电子的催化剂是激发态。一旦电子转走了,剩下的这个只有空穴的催化剂是基态。空穴氧化有机分子,一般而言只涉及基态,例外也有,但是非常少。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-3-31 21:57:04 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-3-31 20:51
谢谢。你说MOM只有少数程序支持,是有哪个免费软件支持呢?

补充一下, BDF也支持
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-3-31 22:01:54 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-3-31 18:40
sob老师您好,我想请教一下,如果激发态优化以后发现S1的振子强度为0.1784,S2的振子强度为0.9411,但是S2 ...

首先,你说的激发态优化,指的是激发态结构优化吗?你说S2和实验对不上,指的是你优化S2的几何结构,在S2平衡结构下算荧光,然后和实验的S2荧光对不上?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-4-1 09:08:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 劲仔小鱼干 于 2021-4-1 09:11 编辑
sobereva 发表于 2021-3-31 20:30
看不懂你到底要研究什么
和实验对不上我也不知道怎么对不上

不好意思sob老师,是我没有表述清楚。

我想探究有机小分子发光荧光探针的工作机制。
优化了S1态的激发态的结构后,发现输出结果中:S1态的振子强度为0.6386,S2态的振子强度为0.9411。S0-S1为HOMO→LUMO跃迁,表现为电荷迁移态;S0-S2为HOMO-1→LUMO跃迁,表现为局域激发态,所以我猜测小分子如果发光,那应该是从S0跃迁到S2态。但是在S1态的输出文件中,S1态对应的波长为540nm, S2态对应的波长为365nm,实验结果为572nm,S2态的光谱信息与实验结果对不上。

我想请教老师,对于这个发光小分子,激发态时我应该分析哪个态才准确呢?
如果是要考虑到S2态,是否应当优化一下激发态S2态的构型?


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发表于 Post on 2021-4-1 09:09:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 劲仔小鱼干 于 2021-4-1 09:11 编辑
wzkchem5 发表于 2021-3-31 22:01
首先,你说的激发态优化,指的是激发态结构优化吗?你说S2和实验对不上,指的是你优化S2的几何结构,在S2 ...

嗯嗯 是指的S1态激发态结构优化,我没有优化S2态激发态结构,S2态的光谱信息,是从S1态的输出文件中看的。

不好意思老师,我表述得不够清楚

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2021-4-1 10:05:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 15:19
CRC handbook就有小分子的结构参数

也可以查晶体结构,但注意晶体环境和孤立环境的差异,注意阅读

好的,谢谢老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-4-1 10:09:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-31 21:56
催化剂吸光生成空穴和电子,此处既有空穴又有电子的催化剂是激发态。一旦电子转走了,剩下的这个只有空穴 ...

好的,多谢wzkchem5老师

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