计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

99

帖子

0

威望

333

eV
积分
432

Level 3 能力者

12961#
发表于 Post on 2021-4-4 16:16:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教一个弱相互作用的问题。当复合物吸附氢气时,如何判断氢气是与哪个原子发生弱相互作用的呢?谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12962#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-4 20:01:15 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2021-4-4 16:16
sob老师,请教一个弱相互作用的问题。当复合物吸附氢气时,如何判断氢气是与哪个原子发生弱相互作用的呢? ...

如果是物理吸附的情况,作图分析一看就知道
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

如果是化学吸附的情况,计算一下键级,或者Multiwfn绘制一下ELF、IRI等函数的图像一看就清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12963#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-4 20:02:13 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2021-4-4 15:25
卢老师,您好!在重复您量化基础课程中“茜素紫外可见光谱”一例时,我遇到下面的问题,请教您:下图中结构 ...

1 是。肯定用右图的,因为右图里有两个内氢键
2 结构没有对称化为Cs
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

99

帖子

0

威望

333

eV
积分
432

Level 3 能力者

12964#
发表于 Post on 2021-4-5 06:43:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-4 20:01
如果是物理吸附的情况,作图分析一看就知道
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobere ...

感谢sob老师!

559

帖子

0

威望

6214

eV
积分
6773

Level 6 (一方通行)

12965#
发表于 Post on 2021-4-5 10:23:04 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,之前没做过激发态的研究,看过老师的关于激发态的帖子“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法”,有一个问题请教:比如用普通DFT方法研究一个体系,基态是单重态,研究激发态就在电荷自旋多重度那写0 3不是就可以了吗?为什么还要用诸如TDDFT的方法研究激发态?

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12966#
发表于 Post on 2021-4-5 10:49:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2021-4-5 11:10 编辑

sob老师打扰了,LMO-EDA中REPULSION ENERGY是什么含义呀?它与电子电子的静电排斥相同吗?如果一个反应的能垒很高,做了能量分解发现REPULSION ENERGY是主导因素能说明什么呀?

29

帖子

0

威望

129

eV
积分
158

Level 3 能力者

12967#
发表于 Post on 2021-4-5 10:57:41 | 只看该作者 Only view this author
【求助】ORCA几何优化震荡不收敛
在下用ORCA做几何优化,无论是取高斯优化好的极小点结构还是直接用ORCA进行优化都出现如图示的震荡不收敛问题(用OfakeG转换过输出文件)。

输入文件是:
!b3lyp/g DEF2-SVP RIJCOSX def2-SVP/C OPT FREQ tightSCF
%tddft
TRIPLETS TRUE
nroots 11
iroot 7
end
* xyz 0 1
C                  3.22033600   -0.13985200    0.00189200
C                  2.67531500    1.16707400   -0.00169000
C                  1.24135800    1.37760700   -0.00390900
C                  0.36124800    0.26237600   -0.00247100
C                  0.96092700   -1.03333200    0.00120000
C                  2.34869600   -1.25543900    0.00336000
H                  3.34779900    2.03123900   -0.00280700
H                  0.85539900    2.39698500   -0.00664400
H                  0.30827900   -1.90888900    0.00247600
O                  4.54970400   -0.36158200    0.00399700
H                  5.03410600    0.47730400    0.00274600
C                 -1.08282600    0.46038200   -0.00467000
H                 -1.41543800    1.50206200   -0.00679600
C                 -2.07708200   -0.51176000   -0.00439300
H                 -1.84830400   -1.57896800   -0.00250200
C                 -3.49178100   -0.22524200   -0.00660200
O                 -4.38207600   -1.07014000   -0.00657400
O                 -3.80423300    1.10626800   -0.00889400
H                 -4.77409400    1.13721500   -0.01032500
H                  2.76555800   -2.26247100    0.00617700
*
请问这个问题应该如何解决?(高斯里面calcall,或者recalcFC=N关键词在ORCA中是否也适用?)

optimisation.png (31.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

optimisation.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12968#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 03:23:11 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-4-5 10:57
【求助】ORCA几何优化震荡不收敛
在下用ORCA做几何优化,无论是取高斯优化好的极小点结构还是直接用ORCA进 ...

减小步长上限、提升DFT积分格点精度、用类似recalc的关键词再试。
另外,优化这么高的激发态不知道你有何实际目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12969#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 03:26:10 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-4-5 10:49
sob老师打扰了,LMO-EDA中REPULSION ENERGY是什么含义呀?它与电子电子的静电排斥相同吗?如果一个反应的能 ...

体现Pauli互斥。和经典的静电互斥完全是两码事。细节看原文便知
单从这项高来说并不能说明什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12970#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 03:26:42 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-4-5 10:23
请问老师,之前没做过激发态的研究,看过老师的关于激发态的帖子“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧 ...

只有T1能这么计算,其它的激发态一般不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

129

eV
积分
158

Level 3 能力者

12971#
发表于 Post on 2021-4-6 05:00:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-6 03:23
减小步长上限、提升DFT积分格点精度、用类似recalc的关键词再试。
另外,优化这么高的激发态不知道你有 ...

感谢Sob的解答,我用ESD来计算ISC速率常数,需要考虑多个态之间的ISC情况,然后找出最大的ISC速率常数。

ORCA手册要求先优化始末态的结构,并获得对应结构的能量,所以我需要优化这样的激发态。

其实我自己也有疑惑,因为算出来的<S3|Hso|T7>比较大,我才选择去优化这两个态的。不知道这种做法是否妥当。

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

12972#
发表于 Post on 2021-4-6 09:09:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,从TS1,TS2的LMO-EDA能量分解可以看出TS2能垒比TS1高的原因吗?是什么因素导致TS2能垒比较高呀

问题12.JPG (148.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)

问题12.JPG

38

帖子

0

威望

537

eV
积分
575

Level 4 (黑子)

12973#
发表于 Post on 2021-4-6 16:49:54 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!我在Gaussian里面优化一个石墨烯团簇(周围用H饱和),优化后C-C键长发生变化,不再是1.420埃了,而且各个C-C键长也不同,1.4、1.6多的都有,请问对后续吸附计算有没有影响?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12974#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 20:48:44 | 只看该作者 Only view this author
xiapin 发表于 2021-4-6 16:49
老师,您好!我在Gaussian里面优化一个石墨烯团簇(周围用H饱和),优化后C-C键长发生变化,不再是1.420埃 ...

这种键长偏离石墨烯中实际键长的区域远离吸附物就行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

12975#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 20:50:05 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-4-6 09:09
sob老师您好,从TS1,TS2的LMO-EDA能量分解可以看出TS2能垒比TS1高的原因吗?是什么因素导致TS2能垒比较高呀

这种事得结合具体结构判断,从化学直觉上试图给计算的数据找点能解释的意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 15:07 , Processed in 0.186542 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list