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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-4-6 21:04:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2021-4-6 21:05 编辑
sobereva 发表于 2021-4-6 20:50
这种事得结合具体结构判断,从化学直觉上试图给计算的数据找点能解释的意义

sob老师您好,我的结构是过渡金属上的氢原子转移到两种不同烯烃,产生两种碳自由基,一个离域的多(TS1),一个不怎么离域(TS2).能量分解时烯烃一个片段,其余一个片段

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发表于 Post on 2021-4-6 21:54:10 | 只看该作者 Only view this author

查看DLPNO-CCSD(T)计算单点能数据

各位老师好:我在用ORCA DLPNO-CCSD(T)计算单点能,输出结果正常结束,输出结果中FINAL SINGLE POINT ENERGY     -4037.492351024527,请问这样的输出结果怎么转换成ev单位,万分感谢!



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发表于 Post on 2021-4-6 22:08:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-6 22:20 编辑

orca手册4.2节写了

Snipaste_2021-04-06_22-12-17.png (54.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

Snipaste_2021-04-06_22-12-17.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-7 00:39:06 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2021-4-6 21:54
各位老师好:我在用ORCA DLPNO-CCSD(T)计算单点能,输出结果正常结束,输出结果中FINAL SINGLE POINT ENERG ...

这么简单的事直接google,不要单独发主贴。搜Hartree eV
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-7 15:27:48 | 只看该作者 Only view this author
想问一下老师们,过渡金属的有机配合物,能通过优化出的能量高低来比较他与对应失氢离子的稳定性吗?

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12981#
发表于 Post on 2021-4-7 16:17:48 | 只看该作者 Only view this author
还有一个新手的低端问题,想问下怎么样来判断算出的结构是否正确呢?一般能和什么实验数据进行对比呀?(再过渡金属有机催化方向,优化结构及过渡态计算时)

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发表于 Post on 2021-4-7 19:50:44 | 只看该作者 Only view this author

离子的输入文件怎么写

高斯view中如何画出离子的图,怎样书写离子的输入文件。

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发表于 Post on 2021-4-7 21:26:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-7 00:39
这么简单的事直接google,不要单独发主贴。搜Hartree eV

老师 我设个计算出来的是负值 但是 1 Hartree=27.2114 eV 换算过来也是不对的

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12984#
发表于 Post on 2021-4-7 21:40:08 | 只看该作者 Only view this author
你想画什么离子呢?
就画出那个离子的结构,主要是写对电荷和自旋多重度就好了

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发表于 Post on 2021-4-7 22:15:06 | 只看该作者 Only view this author
如NO3- :画一个NH3,把H替换成O,然后保存为输入文件,电荷设置为-1,自旋多重度为1。之后再拿去优化
真·探

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发表于 Post on 2021-4-7 23:54:08 | 只看该作者 Only view this author
想问一下sob老师,molclus可以在搜索团簇吸附有机小分子的最稳定构型时,能否保持住团簇和有机小分子的刚性,不改变团簇和有机小分子结构,只是使他们的位置发生相对变化?如何在molclus中实现呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-8 01:14:43 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-4-7 16:17
还有一个新手的低端问题,想问下怎么样来判断算出的结构是否正确呢?一般能和什么实验数据进行对比呀?(再 ...

看具体情况、具体问题
诸如实验晶体结构、实验上反应难易程度、和其它类似体系/反应文章里给的结构是否类似等等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-8 01:16:24 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-4-7 23:54
想问一下sob老师,molclus可以在搜索团簇吸附有机小分子的最稳定构型时,能否保持住团簇和有机小分子的刚性 ...

不能
对于Gaussian等一般量化程序,本身这种优化就是不支持的。ORCA是支持,但molclus调用ORCA时不考虑这个
如果仅仅是保持团簇结构不变,这倒是很容易,molclus的settings.ini里设freeze
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-8 01:17:03 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2021-4-7 21:26
老师 我设个计算出来的是负值 但是 1 Hartree=27.2114 eV 换算过来也是不对的

都不知道你要问什么
明明你问的就是单位转换本身
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-8 01:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-4-7 15:27
想问一下老师们,过渡金属的有机配合物,能通过优化出的能量高低来比较他与对应失氢离子的稳定性吗?

显然不能
化学组成不同的体系绝对能量毫无可比性,你只能对比失氢离子这个过程的能量变化的大小
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