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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-4-1 10:26:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 15:19
CRC handbook就有小分子的结构参数

也可以查晶体结构,但注意晶体环境和孤立环境的差异,注意阅读

那老师我想要引用这本书,怎么写参考文献呢?我找到的是CRC--Handbook-of-Chemistry-and-Physics-97th edition
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发表于 Post on 2021-4-1 11:54:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 20:31
本身ALPB和GBSA就不是同一种溶剂模型

不好意思发错文件了。其实即使写了“--gbsa water”(第76行),也会显示“GBSA solvation                  false”(第126行)。
1.xtb.out (52.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-1 14:26:33 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-4-1 11:54
不好意思发错文件了。其实即使写了“--gbsa water”(第76行),也会显示“GBSA solvation               ...

对比一下和不写的时候结果的差异,如果不同,应该是生效了,可能输出提示有bug。可以联系作者确认
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-1 14:27:52 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-4-1 10:26
那老师我想要引用这本书,怎么写参考文献呢?我找到的是CRC--Handbook-of-Chemistry-and-Physics-97th ed ...

所有期刊都会有author guideline,里面都会说明怎么引用书籍。你也可以看此期刊上其它文章是怎么引用书籍的
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发表于 Post on 2021-4-1 14:57:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-1 14:26
对比一下和不写的时候结果的差异,如果不同,应该是生效了,可能输出提示有bug。可以联系作者确认

结果是一模一样的。我联系作者好了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-1 15:01:49 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-4-1 09:08
不好意思sob老师,是我没有表述清楚。

我想探究有机小分子发光荧光探针的工作机制。

发光是从激发态回到基态,怎么可能“应该是从S0跃迁到S2态”,顶多是反kasha规则出现S2发射光子回到S0
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发表于 Post on 2021-4-1 15:22:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 20:59
这是程序操作上的事,不可能有文献给你讲这个
仔细看程序帮助

收到  谢谢老师

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发表于 Post on 2021-4-1 17:43:02 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-4-1 10:26
那老师我想要引用这本书,怎么写参考文献呢?我找到的是CRC--Handbook-of-Chemistry-and-Physics-97th ed ...

这本书前面几页我记得提到了怎么引用这本书
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-4-1 17:44:09 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-4-1 09:09
嗯嗯 是指的S1态激发态结构优化,我没有优化S2态激发态结构,S2态的光谱信息,是从S1态的输出文件中看的 ...

等于你的S2激发能是在S1平衡结构的基础上算的?你要和实验的S1->S2瞬态吸收谱对比?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-4-1 18:56:02 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-4-1 11:54
不好意思发错文件了。其实即使写了“--gbsa water”(第76行),也会显示“GBSA solvation               ...

我用自己编译的纯windows版本(6.4.0)跑出来的倒是没问题,显示是用了GBSA,例子是你最开始的那个0.xyz

log.log

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发表于 Post on 2021-4-1 21:38:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-30 12:48
要求输出gesp根本没意义。直接用Multiwfn算RESP电荷就完了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的 ...

请问社长,如果想用antechamber方法构建拓扑文件(参考使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件),其中可以用Multiwfn代替antechamebr去拟合RESP电荷吗?(就是我不清楚Multiwfn生成的chg文件能否用来生成想得到的拓扑文件)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-2 03:27:58 | 只看该作者 Only view this author
黄舒伟 发表于 2021-4-1 21:38
请问社长,如果想用antechamber方法构建拓扑文件(参考使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力 ...

类似问题别在两个地方问
http://bbs.keinsci.com/thread-22389-1-1.html
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发表于 Post on 2021-4-2 09:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-1 14:27
所有期刊都会有author guideline,里面都会说明怎么引用书籍。你也可以看此期刊上其它文章是怎么引用书籍 ...

好的,多谢老师解答!
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发表于 Post on 2021-4-2 09:44:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-4-1 17:43
这本书前面几页我记得提到了怎么引用这本书

好的,谢谢老师,我去看看!
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发表于 Post on 2021-4-4 15:25:25 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,您好!在重复您量化基础课程中“茜素紫外可见光谱”一例时,我遇到下面的问题,请教您:下图中结构是我自己在gview中手动画的,左右两个结构都在基态进行了优化和振动分析,然后进行激发态计算的。两个结构唯一的差异就是-OH官能团的朝向。两个结构都无虚频,计算得到的光谱有所差异。想请教您:
1. 这种由于官能团朝向不同产生的不同构象,单靠结构优化很难翻转,这种情况下,是不是要人为计算不同的官能团朝向,然后相互比较能量来确认哪一种是最稳定构象?
2. 这个结构是没有手性的分子,您在课程中提供的计算结果,ECD光谱是一条值为0的水平线,为什么这里计算出的ECD光谱并不是等于零?(所有的关键词都是按照讲义中进行设置的)

本版积分规则 Credits rule

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