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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-4-14 15:14:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-14 07:12
公社论坛首页google框搜stable

此文也提了

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-4-14 15:15:57 | 只看该作者 Only view this author
请教大家,用类似 g09<test.gjf>test.out的方法 (如下图)在linux提交任务,回车后左侧不显示当前目录,输入命令也没有反应,只能等任务完成或报错后命令才生效,请问是什么原因呢,该如何避免呢?  ——ps 本人刚学linux,问题过于小白,请见谅



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 15:19:06 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2021-4-14 15:15
请教大家,用类似 g09test.out的方法 (如下图)在linux提交任务,回车后左侧不显示当前目录,输入命令也没有 ...

看输出文件里的信息,贴这个没用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 15:19:40 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-4-14 14:39
请教一下各位老师,我已经把RDG_maxrho设为0,但还是存在很明显的环形等值面,我该怎么做才能使环形等值面 ...

重启Multiwfn,并且确保Multiwfn启动时没提示找不到settings.ini文件才生效

Multiwfn的问题不要在这里问,仔细看本帖1楼的说明
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发表于 Post on 2021-4-14 15:25:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-14 15:19
看输出文件里的信息,贴这个没用。

老师,我不是想请教为什么gauss报错,而是想请教关于linux下提交高斯的问题,我用这种方法提交后,在任务算完或报错之前,什么操作也做不了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 15:29:17 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2021-4-14 15:25
老师,我不是想请教为什么gauss报错,而是想请教关于linux下提交高斯的问题,我用这种方法提交后,在任务 ...

仔细把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

学点linux常识,起码知道什么叫前台和后台
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发表于 Post on 2021-4-14 15:36:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-13 09:03
那叫Hartree,不叫HF能量
0.006 Hartree的差异一点也不小,要么计算设定不同,要么优化到了不同结构,要 ...

不好意思,sob老师,还想打扰您问一下,一般情况下怎么确定优化的结构是否正确呢,即使和单晶实验数据对比发现差异也非常微小,我使用相同方法和基组上次算出的两个结构键长键角都非常相似。是需要用不同的初始结构多次计算来对比嘛?
即使都加了stable关键词得出的能量仍然不一样,感到十分困惑。

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发表于 Post on 2021-4-14 15:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-14 15:29
仔细把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci. ...

好的,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 17:51:52 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-4-14 15:36
不好意思,sob老师,还想打扰您问一下,一般情况下怎么确定优化的结构是否正确呢,即使和单晶实验数据对 ...

加stable是让你根据输出检验波函数是否稳定,又不直接影响能量

搞清楚势能面的概念,什么叫局部极小点,什么叫全局最小点
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发表于 Post on 2021-4-14 20:26:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-14 17:51
加stable是让你根据输出检验波函数是否稳定,又不直接影响能量

搞清楚势能面的概念,什么叫局部极小点 ...

就是想问下怎么确定自己找到的是不是全局极小点呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-15 07:23:08 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-4-14 20:26
就是想问下怎么确定自己找到的是不是全局极小点呀?

看具体体系
简单情况摆成不同可能的结构都优化看哪个能量最低。极小点较多,不容易考虑周全或者一个个手算太麻烦的情况用molclus做构型/构象搜索
主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
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发表于 Post on 2021-4-15 11:01:53 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2021-4-14 15:44
好的,谢谢老师!

g09 < opt.gjf > opt.out &
在最后加个 & 就能让它后台运行了
另外命令里最好多几个空格,看得清爽很多
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-4-15 17:22:43 | 只看该作者 Only view this author
找寻过渡态遇到问题  针对(多环芳烃直接脱氢/双分子直接结合生成芳烃初始物)等类似基元反应(有一部分文献认为没有能垒;一部分认为有能垒,4 Kcal/mol左右)

根据文献优化好反应物与反应物后,运用QST2搜索,针对此类反应总是出现报错:{反应物与产物结构差别过大,程序无法(迭代)产生过渡态初始猜测}

运用TS,直接初猜结构,跑IRC后发现又不能和 反应物或生成物 吻合。   (1)难道即使不吻合,也认为此结构就是基元反应过渡态? (2)还是出现此问题是因为不存在过渡态

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发表于 Post on 2021-4-15 17:28:55 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果分子基态是开壳层的,应该如何设置优化基态,s1, t1的关键词?

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发表于 Post on 2021-4-15 19:16:58 | 只看该作者 Only view this author
发光 发表于 2021-4-15 17:22
找寻过渡态遇到问题  针对(多环芳烃直接脱氢/双分子直接结合生成芳烃初始物)等类似基元反应(有一部分文 ...

可能不是基元反应……
不要以为你以为的就是你以为的,甲基环己烷的甲基从平伏键翻到直立键就不是基元反应,尽管它看上去很简单
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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